Fotoszintetizáló baktériumok utódai vagyunk

Luca nap van és az evolúcióbiológusok nem tudják kihagyni, hogy beszéljenek a LUCA-ról. A LUCA az a Last Universal Common Ancestor, magyarul az utolsó univerzális közös ős. Ez az az élőlény, aminek minden ma élő élőlény az utódja. Ilyen élőlényből amúgy igen sok lehet, ezért az utolsó kitétel. A közös ős fogalmának megértése egyrészt könnyű, amikor a saját felmenőinkről van szó, de nem egy egyszerű agygimnasztika, amikor olyan különböző élőlényeket kell közös tőről fakadónak venni, mint a kutya, a magyar nőszirom, a zöld szemesostoros, a vérhasamőba és a veteménybab gyökérgümőiben nitrogént fixáló Rhizobium etli baktérium.

Haeckel törzsfája 1866-ból

A testvérem és jómagam legutolsó közös őse a szüleink. Közös őseink természetesen a nagyszüleink, a dédszüleink, az ükszüleink és így tovább, de a hozzánk időben legközelebbi őseink a szüleink. Az unokatestvéreimmel már a közös nagyszülők jelentik ugyanezt a kapcsolatot. A közös ősöknek ezen hozzánk időben, genetikailag és érzelmileg közel álló halmazát jól ismerjük, számon is tartjuk. A feleségemmel kapcsolatban egyikünk családja sem szólalt fel, hogy mi bizony rokonok vagyunk, így nem lenne ildomos összeházasodnunk. Pedig rokonok vagyunk. Szinte biztos, hogy legfeljebb pár száz év távlatlában van valaki, aki mindkettőnk ük-ük-akárhagyadik ük apja vagy anyja.

Aki úgy gondolja, hogy ez csak valami nemzetépítő mese, hogy mi magyarok egymás rokonai vagyunk valami nem túl közeli, de nem is túl messzi fokon, annak itt egy rövid gondolatmenet. Van két szülőm, négy nagyszülőm, nyolc dédszülőm, tizenhat ükszülőm, és így tovább, minden generációval korábban az ősök száma duplázódik. Minden más emberre is igaz ez. 21 generációval korábban (ez 28 éves generációkkal számolva 588 évnyire van, azaz 1432-ben) körülbelül 2 millió ősömnek kéne lennie, ha minden ősöm különböző. Ez másra is igaz. Tehát, ha semmilyen közös felmenőnk nincs, akkor a XV. században a Magyar Királyság területén élő emberek fele az én ősöm, a fele azon másik emberé. Egy generációval korábban viszont már valami átfedésnek kell lennie, mert több ősnek kéne lenni, mint ahányan éltek az országban. [Teljesen mindegy, hogy mit gondolunk arról, hogy melyikünk őse mikor keveredett a Kárpát-medencébe, pár generációval korábban olyan sok különböző ősünknek kéne lennie, hogy ez távolabbi vidékekről származókkal kapcsolatban is igaz.]

Nemcsak bármely két ma élő embernek van közös őse a múltban, de az embereknek és a csimpánzoknak is. Természetesen a csimpánzok nem az őseink, pláne nem valamelyik ma élő csimpánz sem az ősünk (már csak azért sem, mert egy kicsit rövidebb ideig élnek, mint mi). A csimpánzok és az emberek közös őse valamikor 5–7 millió évvel ezelőtt élt. Azóta mi is változtunk és a csimpánzok is.
Ahogy megyünk visszafele az időben olyan 80–90 millió évvel ezelőtt megtalálhatjuk az összes főemlős utolsó közös ősét. És újabb százmillió évvel korábban az összes emlős közös ősét. Ahogy megyünk visszafele úgy olvadnak egybe a most külön leszármazási vonalak: lesz valami hüllőszerű őse az összes mai hüllőnek, madárnak és emlősnek, majd csatlakoznak a kétéltűek, a tüdőshalak, az izmosúszós halak és így tovább. Na ezt a történetet szeretnénk addig visszatekerni, amíg megtaláljuk az utolsó olyan élőlényt, amely minden ma élőnek az őse.

Természetesen ezt az őst még lenyomatként sem fogjuk megtalálni az ősmaradványokban. Jellegzetességeire abból következtethetünk, hogy milyen jellemzőek univerzálisak az élővilágban (például a DNS örökítőanyag vagy a genetikai kódszótár), mely fehérjék tűnnek ősinek vagy milyen mai élőlényt találunk a törzsfa gyökeréhez leghasonlóbbnak.

A teljes élővilágra vonatkozó molekuláris adatokon alapuló törzsfa Carl Woese és Geroge Fox nevéhez fűződik, akik riboszomális RNS alapján az élővilágot három birodalomba (domén, de ezt a nevet később adták a csoportoknak) osztotta: valódi baktériumok (Eubacteria), ősbaktériumok (Archaebacteria) és sejtmagvasak (Eukaryota). Korábban a sejtmag nélküli élőlényeket egységesen prokariótának tekintették és a prokarióta – eukarióta volt az élők felosztásának legmagasabb szintje.

Amennyiben a prokariótákon belül találtak volna két nagyobb csoportot, akkor nem vezettek volna be új neveket, sőt megerősödött volna a prokarióta – eukarióta fő szétválás. Viszont azt találták, hogy az archaeák (az ősbaktérium nevet ma már nem használjuk, mert, ahogy később részletesen leírom, ma már nem gondoljuk, hogy ősiek lennének) közelebb állnak az eukariótákhoz (hozzánk), mint a baktériumokhoz, ahova eddig sorolták őket. Mivel az eukariótákat egy nagy egységes csoportként kezeljük, amelyek közelségük ellenére eléggé különböznek az archaeáktól, így az új birodalom létrehozása megalapozott. Ez a ma legáltalánosabban használt, úgynevezett három birodalmas felosztása az élőknek.

Ez a törzsfa nem mond semmit arról, hogy a LUCA milyen lehetett, esetleg melyik csoporthoz állt közelebb. A törzsfák gyökerét általában úgy állapítjuk meg, hogy veszünk egy olyan fajt (vagy fajokat), amely kívül van a csoporton (külcsoport) és amely fajok ehhez legjobban hasonlítanak az van a legközelebb a gyökérhez. Az emlősök törzsfájának gyökeréhez legközelebb a kacsacsőrű emlős van, ő hasonlít legjobban a hüllőkre (de sok tekintetben biztos nem így nézett ki az emlősök közös őse!). Az összes élőt magába foglalni vágyó törzsfáknál viszont nem lehet külcsoportot alkalmazni, mert definíció szerint nincs élő az élőkön kívül. Be lehet vetni trükköket, de mindnek megvan a maga problémája. Woese-ék egy későbbi tanulmánya a baktériumokat rakta közelebb a gyökérhez, de nem állította, hogy a LUCA baktérium lett volna. Sőt 2002-ben úgy gondolta, hogy nincs is jól definiálható LUCA. A gének egy fura katyvasza volt, amit a sejtek nagyon gyorsan cserélgethettek egymás között (úgynevezett horizontális géntranszfer ma is van, de nem túl gyakori). Ebből az őskáoszból emelkedett ki három független leszármazási vonal, amelyek már kevésbé cserélgettek géneket, így ma egységként tudjuk őket kezelni.

A problémák fókuszában az áll, hogy az archaeák és az eukarióták közelsége, amit a riboszomális RNS-en kívül több a DNS másoláshoz köthető gének és egyes speciális anyagcsereutak is valószínűsítenek, attól még nem érthető, mert sejtszerveződés tekintetében nagyon más a két csoport. Tovább ködösíti a képet, hogy bizonyos módszerekkel olyan törzsfák jönnek ki, amelyben az archaeák és az eukarióták nem testvérei egymásnak, hanem az eukarióták az archaeákon belül fejlődtek ki. Ebben az esetben csak két doménról lehet beszélni, az archaeákról és a baktériumokról. Az eukarióták csak alrészei az archaeáknak.

Ez sok érdekeset elmond az archaeákról, de szinte semmit a LUCA-ról, márpedig róla szeretnénk többet megtudni. Mivel közel állnak az eukariótákhoz is, de felépítésükben inkább a baktériumokra hasonlítanak, így Woese köztes formaként tekintett rájuk és őket helyezte a gyökérhez. Az archaeák akkor ismert fajai metanogének és extremofilek, azaz metántermelők és extrém körülmények, mint magas sókoncentráció vagy magas hőmérséklet mellett is megélő élőlények. Ezek az élőlények olyan helyeken élnek, amelyekkel kapcsolatban felmerült, hogy az élet keletkezésének színhelyei, így vélték őket ősinek. Ma úgy gondoljuk, hogy az archaeák nem ősiek, így az ősbaktérium kifejezést nem is használjuk.

Most egy kicsit el kell hagynunk az archeákat és beszélnünk kell a baktériumokról. A baktériumok osztályozása egy ideig egy festési eljárásban való színeződésük alapján történt. Ez alapján vannak Gram-pozitív (festődő) és Gram-negatív (nem festődő) baktériumok. A különbség a sejtfaluk vastagságában keresendő. A vastag sejtfalúak festődnek, míg a vékony sejtfalúak nem (legalábbis ez az általános megfigyelés, kivétel van). A vékony sejtfalúaknál amúgy nem is annyira a sejtfal vastagsága érdekes sejttanilag, hanem a tény, hogy két membrán veszi őket körül. Van egy sejtmembránjuk, ahogy megtanultuk, hogy minden sejtnek van. Azon kívül egy sejtfaluk, amivel még mindig nem térnek el igen sok sejtféleségtől, például a növényeknek és a gombáknak is van sejtfaluk (csak teljesen más, és más a bakteriális sejtfalhoz képest is). Az állati sejteknek amúgy nincs sejtfaluk. A Gram-negatív sejteknek (a jellemző képviselőknek) a sejtfalon kívül van egy újabb membránjuk. Ilyen baktérium az E. coli is, ami a baktériumok megtestesítője, modell élőlénye. És ezért van két membrán a mitokondrium és a kloroplasztisz körül is, mert az elsőnek az őse egy α-proteobaktérium és a másodiknak pedig egy cianobaktérium (kékbaktérium), és mindkét baktériumcsoportnak két membránja van.

A nagy kérdés, hogy melyik az ősibb? Az egy membrán egyszerűbbnek tűnik és szeretjük, ha az egyszerűbb szerkezetek az ősiek. Ebből következően az olyan baktériumtörzseknek kéne ősibbnek lenni, amelyek Gram-pozitívok (Actinobacteria és a Firmicutes a jellemző képviselője). Nehéz megmondanom, hogy mi az általánosan elfogadott a baktériumrendszertanban (nem vagyok mikrobiológus), de talán ez a nézet közelebb állhat vagy állhatott hozzá. Számomra is hihető forgatókönyvek szólnak e mellett (Sutcliffe 2010; Gupta 2011). A tankönyvembe is ezt írtam, mint szerintem érvényeset. De megjegyeztem, hogy Thomas Cavalier-Smith máshogy gondolja.

Thomas Cavalier-Smith a rendszertan megkerülhetetlen alakja. A mai modern rendszerek igen nagy részt az ő munkásságán alapulnak, a legutóbbi (2015-ös) az élővilág egészére kiterjedő rendszeréről írtam korábban. Nem mindig fogadják el az ajánlásait, bár sokról kiderült, hogy igaza van (és van, amiről az, hogy nincs, de saját nézeteit is hajlandó revideálni). A munkásságában az a nagyszerű, hogy ő ért az élőlényekhez, érződik a mély alázat és tisztelet a világ sokfélesége iránt. Azért írom le, mert a rendszertanok egyre inkább bioinformatikai és biokémiai/genetikai bravúrok eredményei, amennyiben egyre több élőlény örökítőanyagát ismerjük és azokat igen bonyolult módszerekkel törzsfákká tudjuk masszírozni. Ami elveszett az a mikrobiológiai ismeret, az, hogy az adott fa mit is mond nekünk, hogyan fejlődhetett ki egyik a másikból. És bizony lehet borzalmakkal találkozni, ami erőszakot tesz úgy a rendszerezésen, mint a mikrobiális sejttanon (Nayfach et al. 2020, 130+ törzset ajánl, hogy a törzsek közötti távolságot normalizálja).

Cavalier-Smith új mikrobiális rendszertant ajánlott ez év elején. Szokásához híven regény hosszúságú cikkben (133 oldal) taglalja a problémát, a lehetséges megoldásokat és egy új vagy inkább finomított rendszertant. Magáról a rendszerről majd írok később, az önállóan is érdekes lehet, azoknak, akiket érdekel az élővilág sokfélesége. Most itt arra fókuszálok, hogy ő mit ajánl, mi van a törzsfa gyökerénél. Az előzőekből talán sejthető, hogy a kétmembrános baktériumokat tartja ősinek, közülük is egy olyan csoportot (Chloroflexi), amit eddig inkább az egymembránosakkal láttam közös csoportban (lásd tankönyv 482. oldal 😉).

A Chloroflexi csoportba kétmembrános baktériumok tartoznak. A második membrán megléte kérdéses (volt), ami biztos, hogy a tipikus kétmembrános baktériumokkal ellentétben lipopoliszacharidjaik (membránba ágyazott molekulák, amelyeknek egy hosszú cukorrésze kifelé áll) nincsenek. Ide tartoznak a bíbor nem-kén baktériumok, akik fototrófok, azaz a fény energiáját használják molekuláik felépítéséhez. A LUCA biztosan anaerob volt, azaz oxigéntől elzárva élt (ilyen fajok vannak a Chloroflexin belül), ami az esetében a Föld akkori természetes állapota volt, a légkör akkor még legfeljebb nyomokban tartalmazott oxigént.

A tanulmány felveti, hogy a fotoszintézis képessége ez egyszer alakult ki, és minden más bakteriális fotoszintézis ebből levezethető (az eukarióták fotoszintézise cianobakteriális eredetű plasztiszhoz köthető, tehát áttételesen szintén ezen vonalba tartozna). Nem érzem azonban kötelezőnek, hogy a LUCA fotoszintetikus, illetve autotróf legyen. Az autotróf azt jelenti, hogy képes szervetlen anyagokból előállítani a számára szükséges szerves anyagokat. A közismert élőlények közül a növények ilyenek. Az állatok pedig úgynevezett heterotrófok, mi kénytelen vagyunk szerves molekulákat magunkhoz venni. Ebben a tekintetben a növényevők és a húsevők között nincs különbség, mindkettő más élőlény szerves anyagaiból képes csak lakmározni (csak a miheztartás végett, hogy mindenki értse, hogy a vegetarianizmus miért tarthatatlan morális alapon). Az első élő sejt biztosan heterotróf volt. Az autotrófia ugyanis feltételez egy összetett anyagcserét, ami viszont nem állhatott az első sejt rendelkezésére. Az élet hajnalán az élőlények számára a környezet biztosíthatta a szerves molekulákat. A LUCA és az első sejt között azonban sokféle élőlény élt, sőt a LUCA sem bolyongott egyedül az óceánban. Mivel nem volt egyedül, így biztosan volt mellette heterotróf élőlény is. Nem tudjuk miért ő lett minden mai élőlény őse. Ez sokszor a véletlenen múlik. Az biztos, hogy sok mindenre fel volt készülve, úgy tűnik nitrogént is képes volt megkötni. Ez az önellátás csúcsa, hiszen a növények például ammónium-ion vagy nitrát-ion formájában veszik fel a nitrogént (amire a fehérjéinkhez és nukleinsavakhoz is szükség van), a levegőben levő nagy mennyiségű nitrogént nem képesek hasznosítani. Arra csak bizonyos baktériumok képesek, mint a bevezetőben említett Rhizobium etli.

Bár én kutatóként azzal foglalkozom, hogy hogyan jutunk el a LUCA-ig, az élet keletkezésének vizsgálata nagyjából odáig tart, bár maga a szó szoros értelemben vett élet sokkal korábbi, de evolúcióbiológusként a földi élet történetének minden része érdekel. A rendszertan azért egy csodálatos tudomány (akkor is, ha még a legtöbb biológus is csak latin nevek telefonkönyvszerű magolásaként éli meg), mert egy történetet mesél el. Ahogy egy uralkodóház családfája elmond egy történetet, úgy egy törzsfa is elmond egyet. A fenti ábrán bemutatott történet (mert az nem egy törzsfa) egészen az eukarióták megjelenéséig visz minket. Az eukariótákat és ezzel együtt testvérét az archaeákat is, amiket együtt Neomura (új sejtfal) kládnak nevez, a Planctobacteria (máshol Planctomycetes néven is találkozhatunk velük) kládon belül vagy ahhoz közel elágazónak adja. Ez azért érdekes, mert a Plantobacterián belül találunk olyanokat, amelyeknek van belső membránrendszere, sőt olyat is, amelynek a DNS-ét egy membrán veszi körül. Ez nem olyan, mint a sejtmag, de utal egy belső membránrendszerre, ami a baktérium zömében nincs. A Planctobacteriáról hosszan szoktunk értekezni, mint példa, hogy egyes eukarióta szerű jellemzők a baktériumokon belül is megjelennek. Mivel az eddigi törzsfák két nagyon távoli ágra rakták őket és az eukariótákat, így ez megmaradt a konvergens evolúció érdekességének. Így viszont összeáll egy kerek történetté.

Boldog Luca-napot!

Hivatkozott irodalom

• Woese, C. R. és Fox, G. E. 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 74(11): 5088–5090
  Woese, C. R. 2002. On the evolution of cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 99(13): 8742–8747
• Woese, C. R., Kandler, O. és Wheelis, M. L. 1990. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 87(12): 4576–4579
• Sutcliffe, I. C. 2010. A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture. Trends in Microbiology 18(10): 464–470
• Gupta, R. S. 2011. Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes. Antonie van Leeuwenhoek 100(2): 171–182
• Nayfach, S. et al. 2020. A genomic catalog of Earth’s microbiomes. Nature Biotechnology, DOI: 10.1038/s41587-020-0718-6
• Cavalier-Smith, T. és Chao, E. E. Y. 2020. Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (eukaryotes, archaebacteria). Protoplasma 257(3): 621–753

A pestist Közép-Ázsiából hurcolták be újra és újra Európába

A pestis a történelmünk része, és egyben egy mikrobiológiai, egészségügyi kérdés is. Adja magát, hogy megismerése, járványtana (tehát terjedésével kapcsolatos ismeretek) nem egy-egy tudományterület kizárólagos sajátja, hanem mai divatos szavakkal élve interdiszciplináris vagy multidiszciplináris azaz tudományágak közötti együttműködés, sőt több tudományág együttműködését szükségelteti. Én általában keresem az olyan tanulmányokat, amelyek a biológia és más tudományok kapcsolatára, határterületeire épülnek. Korábban már bemutattam egy olyan tanulmányt, ahol a járványmatematika segítségével próbáltak egy történelmi kérdést megoldani. A most bemutatandó tanulmányban az ősi genomok analízise és a történelemtudomány együtt próbál arra válaszolni, hogy a pestis hol húzta meg magát, hogy több évszázadig időszakosan vissza-visszatérve sújtsa kontinensünket.

A budai várban található szentháromságszobor. Közép-Európára jellemző forma pestisjárványoknak állít emléket. Dudoros alakja az oszlopnak a bubópestis testi elváltozásaira utal (csomósan megnagyobbodó nyirokcsomók). Ez az 1709-es járványnak állít emléket. (forrás: wikipedia)

A pestist a Yersinia pestis nevű baktérium okozza. A fertőzés jellemzően nem emberről emberre terjed, hanem a patkányok bolhái a fő terjesztők. Tehát emberre bolhacsípéssel kerül a kórság, és alakul ki jellemzően a bubópestis, ami nevét a nyirokcsomók duzzanatiról kapta. Ez a betegség a fertőzöttek 30–60%-át elvitte. A ritkább tüdőpestis esetében cseppfertőzéssel emberről-emberre is terjedhet a kórság, és ez esetben szinte biztosan halállal végződik a betegség. A fertőzést továbbá fertőzött emberi szövettel vagy tárggyal való érintkezéssel is elkapható.

Az első pestisjárvány névvel a 541–747 közötti, főleg a mediterráneum környékén pusztító pestisjárványokat említik. A második pestisjárvány az Európát 1348-ban elérő, Fekete Halálnak nevezett járvánnyal kezdődött, és egészen a XIX. századik okozott kisebb kitöréseket. A Magyar Királyság területén az 1708–1741 közötti Aradi pestis ennek a járványsorozatnak a része. A török elől menekülők illetve a hadsereg hurcolta be fertőzést, amely egyes esetekben, mint például a 1738-as temesvári pestisjárvány esetébe, a királyság távolabbi részeibe is eljutott.

A harmadik pestisjárvány néven a 1855–1960 közötti jellemzően ázsiai kitöréseket említjük. Az elnevezésekből is sejthető, hogy alapvetően az Európát valamilyen módon érintő járványokról van szó. Az utolsó esetében a gyarmattartókra volt hatással a járvány, bár földrajzilag messzebb történt. Ez az európacentrikusság befolyásolhatja, hogy hogyan gondolkozunk a járványról, az újabb és újabb kitörésekről és arról hogy a kórokozó hol él túl a járványok között.

A molekuláris biológia egyik csodálatos vívmánya, hogy ha több millió éves borostyánba zárt rovarból nem is, de pár tízezer éves leletekből lehet örökítőanyagot kivonni, az elmúlt kétezer évből pedig pláne. Azaz nem csak királyaink etnikai hovatartozásán merenghetünk, hanem az embereket fertőző betegségekén is. Ugyanis ahol az emberi maradványok megmaradnak, ott a bennük levő baktériumok maradványai is jelen lehetnek. Egy ideje már gyűlnek az elmúlt pár ezer (!) évből a pestisszekvenciák.

A tanulmány a következő új szekvenciákkal járul hozzá, az egyre növekvő adatbázishoz:

• Egy svéd szekvencia az 1710–1711-es járványból. Bár ebből az időből pontos egyházi feljegyzés is lehetne az elhunytakról, sajnos azok egy 1800 körüli tűzvészben odavesztek. A holtest mellett talált érmék viszont 1667–1710 között lettek verve így az ezt követő pestis pontosan beazonosítja a maradványok korát. Láthatjuk, hogy a történelmi tudás mennyit segít az ennél pontatlanabb kormeghatározás tekintetében!
• Hat dél-tiroli mintából izolálták a pestisbaktériumot. Ez a járvány 1636-hoz köthető. Ezt a temetőt a VI. és a XVII. század között használták.
• Egy csecsenföldi minta jelentette az egyetlen Európán kívüli mintát, és mint ilyen a XVI–XVIII. századból egyedülálló.
• Egy olasz, középkori – 1363-as járványhoz köthető – tömegsírból is sikeresen izolálták a pestisbaktérium genetikai állományát. Ez a Fekete Halál idejéből való minta.

A pestisbaktérium-szekvenciák törzsfája. A szürkített részen a második járványból származó szekvenciák vannak. A zöld rész a harmincéves háborúhoz kapcsolható, míg a kék a XVIII. századi utolsó nagy kitörésekhez. A lilával jelölt német és olasz lelet a Fekete Halál időszakából való

A meglevő pestisszekvenciákat egy úgynevezett törzsfán ábrázolva azt látjuk, hogy mely szekvenciák állnak legközelebb egymáshoz. Már az önmagában megnyugtató, hogy a második pestisjárvány idejéből származó európai minták mind közel vannak egymáshoz, azaz tényleg egy járványként tekinthetünk erre az eseménysorozatra. Jól elkülönül az első pestisjárvány szekvenciájától, de a történelmi idők előtti mintáktól is (amelytől időben és így a genetikai térben is messzebb áll).

A XVII. századi olasz minták egybeesnek a korban hasonló német mintákkal (az ábra középső zöld része). Ezek a harmincéves háború (1618–1648) alatt pusztító pestisjárványhoz kapcsolhatók.

A XVIII. századi minták egybeesése külön érdekes. Svédországba feltételezhetően az Ottomán birodalomból került a 1710–1711 évi járványt okozó fertőzés. Marseille-be Szíriából került tengeri úton a ragály 1722-ben. Az időben és a törzsfán is utolsó leágazás (lásd kék rész) a csecsenföldi minta, ami így 1720 utánra tehető. Mivel itt történelmi alátámasztás nincs, ellenben feltételezhető, hogy a pestisbaktérium hasonló ütemben változik, így 1729-re tehető ez a minta (1613–1836 közé, a bizonytalanság elég jelentős). Mivel az első kettő egyértelműen a Közel-Kelethez köthető, és a csecsenföldi járvány fizikai közelsége és a történelmi ismeretek alapján inkább köthető szintén valamilyen közeli forráshoz, mintsem a francia királyságból való importnak, így kimondhatjuk, hogy ez a fertőzéshullám Ázsiából származik. Ezzel elvethetjük azt a feltételezést, hogy valahol Európában volt olyan rágcsálópopuláció, amelyben a pestis folyamatosan jelen volt a második járvány ideje alatt és forrása lenne minden kitörésnek a következő évszázadokban.

A XVIII. századi behurcolások forrásai és célpontjai a feltételezett csecsenföldi forrással együtt.

Egy korábbi tanulmány is a mellett érvel, hogy a pestis mindig valahonnan (közép) Ázsiából lett behurcolva Európába. Ezen területek (a Kaukázus és a Kaszti-tenger környéke), ahogy a csecsenföldi lelet környéke is, ma is otthont ad olyan rágcsálópopulációnak, amelyben a pestisbaktérium jelen van. Ezen helyek többségében található pestisbaktériumok az Európában a második pestisjárvány alatt keringő törzshöz hasonlók. Ez a régió lehet tehát a természetes gyűjtőhelye a pestisbaktérium rágcsáló gazdáinak.

Pestisbaktériumot hordozó rágcsálópopulációk a Független Államok Közösségén belül. A MED-el jelölt területekről, így a sárga részekről és a kaukázusi 1-es és 2-es számmal jelöltekről kimutatható a második pestisjárványt okozóhoz hasonló baktériumtörzs.

Az európacentrikus történelemszemlélet és kutatás is félrevezető lehet, amikor egy sokkal tágabb földrajzi kiterjedésű eseményt, a pestisjárványokat szeretnénk értelmezni. A korábbi jellemzően Európai minták alapján akár lehetséges is lehetett volna egy helyi gyűjtőterület (rezervoár). Az új adatok, amelyek genetikai és történelmi adatok összegzéséből jöttek, az Ázsiából való behurcolást támasztják alá.

Persze, most mondhatjuk, hogy „lám, lám ez is Ázsiából jött”. Európa viszont – legyünk őszinték – Ázsia távolnyugati csücske. Így ezen tágabb földrajzi skálán érdemes minden folyamatot vizsgálni, és nem szorítkozni Európára, annak is a nyugati részére.

A pestis lehet, hogy számunkra csak egyike a történelmi járványoknak, amelyek ma nem léteznek. A pestis azonban ma is létezik. A WHO adatai szerint a pestis által jelenleg legérintettebb államok a Kongói Demokratikus Köztársaság, Peru és Madagaszkár. A fekete himlővel ellentétben ez a betegség nem lett kiirtva, és bár korán felismerve gyógyítható, a létező rezervoárok miatt (beleértve a szibériai talajba fagyott, de felolvadóban levő kórokozókat is!) okozhatnak gondot, így folyamatos monitorozásuk erősen ajánlott.

Hivatkozott irodalom

Guellil, M., Kersten, O., Namouchi, A., Luciani, S., Marota, I., Arcini, C. A., Iregren, E., Lindemann, R. A., Warfvinge, G., Bakanidze, L., Bitadze, L., Rubini, M., Zaio, P., Zaio, M., Neri, D., Stenseth, N. C. és Bramanti, B. 2020. A genomic and historical synthesis of plague in 18th century Eurasia. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 117(45): 28328–28335

Kutyrev, V. V., Eroshenko, G. A., Motin, V. L., Nosov, N. Y., Krasnov, J. M., Kukleva, L. M., Nikiforov, K. A., Al’khova, Z. V., Oglodin, E. G. és Guseva, N. P. 2018. Phylogeny and classification of Yersinia pestis through the lens of strains from the plague foci of Commonwealth of Independent States. Frontiers in Microbiology 9:1106

Schmid, B. V., Büntgen, U., Easterday, W. R., Ginzler, C., Walløe, L., Bramanti, B. és Stenseth, N. C. 2015. Climate-driven introduction of the Black Death and successive plague reintroductions into Europe. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 112(10): 3020–3025

Az élővilág rendszere - Baktériumok és Archaeák

Baktériumok (Bacteria)

A baktériumokat régen egy bizonyos festékkel való elszíneződésük alapján Gram-pozitív és Gram-negatív csoportokba sorolták. A Gram-pozitív baktériumok legismertebb képviselői a Firmicutes és Actinobacteria csoportokba (a rendszertani csoportra a klád és a taxon kifejezést is lehetne használni, most a nyelvezet egyszerűsítése végett engedjék meg nekem a csoport kifejezés használatát) tartoznak és egyetlen membránjukon kívül vastag sejtfal veszi őket körül. A Gram-negatív baktériumok legismertebb csoportja a proteobaktréiumok, amelyek két membránnal rendelkeznek, amely között egy vékonyabb sejtfal található.

Gram-negatív és Gram-pozitív bakteriális sejt vázlatos rajza

A baktériumok rendszertana a genetikai hasonlóságon alapul, amit egyelőre igen kevés morfológiai (alaktani) és fiziológiai (élettani) hasonlóság támaszt alá. Éppen ezért igen kevés közös jellemzőről írhatunk, bár mára elindult egy folyamat, amelyben például a genomszerveződésben találnak hasonlóságokat, s ezek beépülnek a csoportok jellemzésébe.
Alapvetően két nagy csoportra oszthatóak a baktériumok. Az egyik a Gracilicutes csoport, ami a proteobaktériumokat is tartalmazza. A másik csoportnak nincs külön neve és nem teljesen biztos, hogy monofiletikusak (azaz, hogy tényleg egy leszármazási vonalhoz tartoznak). Ezen második csoporthoz tartoznak a Gram-pozitív baktériumok.
Bár a következőkben főleg a betegségeket okozó baktériumokat emelem ki, fontos tudni, hogy a baktériumok zöme nem támadja az embert, sőt igen sok hozzá tartozik az egészséges bőrhöz, bélflórához. Bennünk és rajtunk is milliószám élnek baktériumok, sőt több bakteriális sejt van bennünk, mint emberi.

A baktériumok rendszertana. Bevallottan sok kérdés van még a bakteriális rendszertanban, ez egy interpretációja az ismert adatoknak.

Terrabacteria szupertörzs

Az ismert Gram-pozitív baktériumokat is tartalmazó szupertörzs, ami nevét onnan kapta, hogy a tagjai zömében szárazföldiek. A három legismertebb csoportról írok itt csak.

Firmicutes

A Firmicutes törzs a vastag, merev sejtfaláról kapta nevét. Ide tartoznak olyan kórokozók, mint a gennykeltő Staphylococcus aureus, a tetanuszt okozó Clostridium tetani (gyorsan jegyezzük meg, hogy a tetanusz véletlen fertőzés eredménye, a baktérium magában nem akar emberben szaporodni) vagy a lépfenét okozó Bacillus anthracis. Természetesen nem csak kórokozók tartoznak ide, a bélflóránkban is igen sok baktérium található ebből a baktériumcsoportból. Említsük meg itt a reklámok által is ismertté tett Lactobacillus casei-t.

Actinobacteria

A csoport valaha a sugárgombák nevet viselte, a gombákhoz természetesen nincs közük. Legismertebb tagjai a Streptomyces nemzettségbe tartoznak, amelyek a sztreptomicin nevű antibiotikumot termelik. Az Actinomyces nemzetség tagjai főleg talajlakó, lebontó elágazó fonalakat képző baktériumok, de egyes tagjai az egészséges hüvelyflórának is a részei. A Bifidobacterium nemzetség tagjai közül sok része az egészséges bélflórának, s pozitív hatásai miatt ételekkel is magunkhoz vesszük (Bifidus essensisről hallottatok ugye? olyan baktérium természetesen (?) nincs). Ebbe a csoportba tartozik a torokgyíkot (diftériát) okozó Corynebacterium diphtheriae, a leprát okozó Mycobacterium leprae és a tuberkolózist okozó Mycobacterium tuberculosis.

Cianobaktériumok (Cianobacteria)

A cianobaktériumok nevüket kékes színükről kapták, amelyet a fotoszintetikus pigmentjeik adnak nekik. Ez a baktériumcsoport tartalmazza a legismertebb oxigént termelő fotoszintézisre képes baktériumokat. Az őseik felelősök az oxigéndús légkörünkért, ami az élet keletkezésekor még oxigént csak nyomokban tartalmazott. Egyik ősüket kebelezték be az elsődleges plasztisszal rendelkező élőlények (Archaeplastida) ősei s váltak így a plasztisszá.

Gracilicutes

Proteobacteria

Nevük Próteusz görög isten nevéből ered, aki nagyon sok alakot képes felvenni. A csoport tagjai alaktanilag igen sokfélék. A legismertebb Gram-negatív baktériumok ide tartoznak. Ide tartozik A BAKTÉRIUM az Escherichia coli (E. coli). A legelterjedtebben használt bakteriális modell szervezet, s így a legtöbbet erről a baktériumról tudunk. legtöbb leszármazási vonaluk a bélflóra részei, némelyek ételmérgezést okoznak. Olyan kellemetlen tagjai vannak a csoportnak, mint a Salmonella, Vibrio cholerae (kolera okozója), Yersinia pestis (pestis okozója) vagy a gyomorfekélyben részt vevő Helicobacter pylori.

PVC szupertörzs

Nevüket nem a poli-vinil-kloridról kapták, hanem három fő csoportjukról a Planctomycetes, Verrucomicrobia és Chlamydiae csoportokról. A legelőször leírt szupertörzs az övéké, azaz elsőként sikerült rokonság alapján bakteriális törzseket egybe vonni. Mára, mint látjuk több ilyen szupertörzset is leírtak. Egyedül a Chlamydiae csoportban találunk patogéneket, ott mindegyikük sejtekben élősködő parazita. A Chlamydia trachomatis szexuálisan terjedő betegséget okoz. A Planctomycetes csoport egyes tagjai úgy tűnik rendelkeznek belső membránrendszerrel és egy membrán veszi körbe a genetikai állományukat (a baktériumok zömétől ellentétben, ahol belső membránrendszer nem igazán van).

FCB szupertörzs

Nevüket a Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes csoportokról kapták. A Bacteroidetes csoport tagjai megtalálhatók a szájunkban és a vastagbélben, ritkán válnak kórokozóvá. A Fibrobacteres csoport tagjai segítik a kérődzőket a cellulóz lebontásában (az állatok a növényi sejtfalat alkotó cellulózt nem képesek bontani, azt a növényevők tápcsatornájában élő baktériumok bontják) A Chlorobi csoportot magyarul zöld kénbaktériumoknak nevezzük, fotoszintézisre képesek, de oxigént nem termelnek.

Archaeák

Az Archaeák törzsfája.

Az Archaeákat kinézetre sokáig baktériumnak tekintették, bár membránjuk felépítése más. Amikor genetikai állományuk markáns eltérése kiderült, az Archaebaktérium, azaz ősbaktérium nevet kapták. Ma a kutatók többsége szerint azonban inkább fiatalabbak a baktériumoknál, mintsem ősibbek (a biológiában persze semmi nem ilyen egyszerű, s van, aki az ősiségük mellett teszi le a voksot). Hogy a baktériumokkal ne keverjük őket, a nevükből is kikerült a "-bacteria" utótag.


Általánosságban elmondhatjuk, hogy nagyon keveset tudunk az archaeákról. Nagyon nehezen tenyészthetőek, s így a legtöbb nem megfigyelhető. A DPANN szupertörzs szinte teljes egészében olyan fajokból áll, amelyeket soha senki nem látott, csak a DNS-üket sikerült kihalászni a tengerből. Ezt hívják metagenom elemzésnek. Kiszednek valahonnan vizet, talajmintát, vagy valamit amit éppen vizsgálni akarnak, s kinyerik belőle a DNS-t. Ezt felszaporítják és a nukleotid sorrendet meghatározzák (megszekvenálják). A DNS alapján akár azt is meg lehet mondani, hogy feltehetőleg milyen enzimei vannak az adott élőlénynek, s, hogy mely más élőlényekhez hasonló. Az új törzsek leírása arra enged következtetni, hogy az archaeák jelentős részét még nem ismerjük, nem is fedeztük fel.


Talán ismereteink hiánya az oka, hogy patogén Archaeát nem ismerünk, s ismerve a tudomány működését, ez egyben konzerválja tudásunk csekély voltát. Ami embert nem bánt, azt kevéssé kutatják. A betegítés hiánya azért is érdekes, mert a bélflóránkban találhatóak Archaeák, tehát élnek emberrel és állatokkal együtt ilyen élőlények.

Euryarcheota

Ide tartoznak a bélflóra metánt termelő tagjai (metanogének), egyes extrém sós környezetben élő archaeák és néhány magas hőmérsékleten élő egysejtű. Az eredetileg leírt két archaea csoport egyike.

TACK szupertörzs

Legelőször a Crenarchaeota és az Euryarchaeota törzsbe soroltak minden ismert Archaeát. Az előbbi csoportot később tovább osztották, illetve hozzá közel álló újonnan megismert csoportokból alakult a TACK szupertörzs.


A  Crenarchaeoták az extrém meleg vizes élőhelyeken fordulnak elő. Ez 70-113 °C-ot jelent! A savas környezetet kedvelik, s zömük képes a kén oxidációjával energiát szerezni.


A Thaumarchaeoták talaj-, hőforrás és tengerlakó, ammóniát oxidáló, autotróf élőlények. Mindegyikük képes az ammóniát nitritté oxidálni aerob (oxigénes) körülmények között. A jellemzően nagyon meleg környezetben élő Crenarchaeotákhoz képes közepesen meleg (nekünk a termálvíz vagy forró fürdőnek megfelelő hőmérsékleten) élőhelyeket kedvelik.


Az Aigarchaeota és Korarchaeota csoportok jellemzően csak metagenom alanízisból ismertek, s így szinte semmi közös jellemzőt nem mondhatunk el róluk. 

DPANN szupertörzs

Ez a szupertörzs csak metagenom elemzésekből "ismert" szervezetek alapján lett javasolva. Egyetlen tényleg ismert tagja a Nanoarchaeota törzsbe sorolt Nanoarchaeum equitans. Ez az apró sejt az Ignicoccus hospitalis nevű archaea külsejéhez tapadva tölti létét.

---

Az élővilág rendszere - Áttekintés
Eukarióták - Excavata és Podiates
Eukarióták - Corticates

A nyelvek rendszertana

Megszakítom rendszertani sorozatomat, mert ma megjelent egy cikk, ami egyrészt érdekes (mi másért kerülne ide), másrészt köze van a rendszertanhoz, harmadrészt köze van a biológiához is. Szeretem azokat a témákat, amelyek megmutatják, hogy egyes tudományterületek egymásnak is segíthetnek, s a tudományterületeknek nem szabad a saját külön kis erődjeikbe elbújniuk. Ezekkel az átfedésekkel, egymásra gyakorolt jótékony hatással foglalkozom az integratív biológia kurzusomban is.

Szóval nyelvészkedés. Ahhoz úgyis mindenki ért, legalábbis igen gyakran szeretnek emberek rokonítani nyelveket a szavak alapján. Amúgy ezt a törekvést teljességgel megértem. Aki egy kicsit is tud valamilyen Indo-Európai nyelven, lehetőleg vagy a latin vagy a germán nyelvcsaládban, az nagyon gyorsan megtalálhatja a hasonlóságokat ezen nyelvek között egyszerűen a szavakra nézve. Persze ezek a nyelvek nem váltak régen el egymástól, s így kevés szükség van bevetni a nyelvészet minden eszközét, hogy hasonlóságaikat meglássuk. Saját nyelvünk a legközelebbi ma is létező rokonaitól (s most fogadjuk el a finn-ugor nyelvi rokonságok) is több ezer éve elvált. Nem csoda, hogy a hasonlóság észrevehetetlen (bár messziről a finn hangzása abban nagyon hasonló a magyarhoz, hogy a hangsúly mindig az első szótagon van. Találkoztam már olyan amerikaival, aki ezért finnek nézett, mondván, hogy a családommal beszélt nyelv nagyon hasonlít egy finn ismerősük által beszéltre.).

Szóval a nyelvészek azért annyira nincsenek odáig a szavak hasonlítgatásáért. Mégis a most ismertetendő cikkben pontosan ez történik. A nyelvész szerző fogott egy adatbázist, amiben igen sok nyelv (4400 nyelv van benne a ma létező körülbelül 6000-ből) 40 szava szerepel pontos fonetikus lejegyzéssel. Na ehhez viszont kellenek a nyelvészek, mert aki angolul vagy franciául tanult az tudja, hogy az írásnak és a kiejtett szavaknak nem nagyon vagy egymáshoz közük. Ebben az adatbázisban tehát az van ahogy a szavakat kiejtik.

S itt jön be a rendszertan eszköztára. Vannak karakterláncaink (szavak), amelyek között hasonlóságot kell megállapítani, majd ebből egy "törzsfát" készíteni. Erre a biológiában bevett bioinformatikai eszközök állnak rendelkezésre. Természetesen azokat a GCTU betűkből álló hosszú "szavak" hasonlóságának elemzésére fejlesztették ki, de most alkalmazzuk őket az emberi nyelv szavaira.

A csodálatos ebben az, hogy lényegében visszakapták azokat a nyelvcsaládokat, sőt nagyobb nyelv szupercsaládokat, amelyeket a nyelvészek hosszas elemzéssel megállapítottak a nyelvtan és a hangváltozások szabályai alapján. Az ilyen nyelvészeti vizsgálódás azonban csak körülbelül 10.000 évre visszamenőleg tud leszármazási vonalakat megállapítani. Az emberi nyelvek ennél régebbi elválásokkal is rendelkeznek. A mostani elemzés ebben segíthet.

Nyelvcsaládok rendszere. Csak Európában és Ázsiában beszélt nyelvekre korlátozták az elemzést, az Afrikai, Afrikai-Ázsiai és az amerikai nyelveket (pl. eszkimó) kihagyták. Mi az uráli nyelvek közé tartozunk.

Az ismert nagy nyelvcsaládokat teljesen visszaadja ez a fa (ezeket a belső elágazásokat nem mutatja az ábra). Érdekes ugye a nyelvcsaládok egymáshoz való viszonya. Vegyük a saját uráli nyelvcsaládunkat (ennek egy alhalmaza a finn-ugor nyelvcsalád)! Legközelebbi rokonunk a nivkh nyelv (nyelvcsalád). Ezt a nyelvet külső mandzsúriában Oroszország távol-keleti részén beszéli talán 4000 ember. Hmm. A Yugakhir nyelvet szintén valahol Szibéria keleti részén beszélik, mára alig 600-an. Erről a nyelvről korábban is felvetődött, hogy rokona az urálinak. Az Indo-Európai (ugye ide tartozik lényegében a többi európai nyelv) és a Chukotko-Kamchatkai közel kerültek egymáshoz. Ez utóbbi Szibéria legészak-keletibb csücskében beszélt olyan 2-5 nyelv összefoglaló neve. Összesen 2500 beszélőjük lehet. A nyelvészek az urálit is összeháziasították már a szibériai nyelvekkel. De ezekhez még mindig túl közel áll az Indo-Európai. A felső pirossal jelöl csoport viszont lényegében megegyezik az Eurázsiai nagy nyelvcsaláddal (amibe még az altáji nyelvek tartoznak a török-, mongol- és tunguszi nyelvcsaládokkal), amelynek létezéséről azért van még némi vita. Ez az elemzés némi alátámasztást ad neki.

Az elemzés a szerző által is bevallottan még nyers. A távolságmátrix számolásánál figyelembe vettek bizonyos nyelvészeti ismereteket, de a bioinformatika a változásra nézve is alkalmaz ismereteket a biológiai mutációról alkotott ismereteink alapján. Hasonlóan a hangtani változások szabályai segíthetnek tovább finomítani a módszert. De a módszer még így is meglepően jól egybecsengő eredményt adott a más - nyelvészeti - módszerekkel alkotott fákkal.

Úgy érzem a nyelvészek nekiállhatnak rendszertant/bioinformatikát tanulni. Vagy mi nyelvészetet, hogy segítsük őket.

Hivatkozott irodalom

Jäger, G. 2015. Support for linguistic macrofamilies from weighted sequence alignment. Proceedings of the National Academy of Sciences 112(41): 12752-12757

Az élővilág rendszere - áttekintés

Az állatok és a növények rendszerezésén kívül igen keveset lehet hallani az élővilág többi részének rendszeréről, sőt magáról az élővilág többi részéről. Általában el vannak intézve egy "egysejtűek" címkével és kész. Úgy gondolom mégis illik ismerni legalább nagy vonalakban az élővilág sokszínűségét.


A következőkben makrotaxonómiáról lesz ró, azaz az élővilág nagyobb léptékű rendszeréről. Mitől nagyobb léptékű ez? Az emberek általában a rendszertan azon részével találkoznak, hogy vannak a gerincesek, azon belül az emlősök, azon belül a főemlősök, s azon belül az ember. Vagy, hogy minden bogár rovar, de nem minden rovar bogár (mert a bogarak egy rend a rovarok osztályán belül). Itt viszont minket odáig érdekelnek a csoportok, míg el nem jutunk az állatokig. Ahhoz a csoporthoz, ahova minden ma élő állat tartozik a szivacsoktól, a csalánozókon, puhatestűeken és ízeltlábúakon át a gerincesekig. Úgy is megfogalmazhatom a makrotaxonómiát, hogy az állatok és növények helye az élővilágban.

Az élővilágot korábban állatokra és növényekre osztották. A gombákat helytülő, nem mozgó életformájuk következtében a növények közé sorolták. Az egysejtűek felfedezését követően részükre létrehoztak egy egysejtűek csoportot is. Később a sejtmag nélküliek a prokarióta / Monera csoportba kerültek, míg a sejtmagvas egysejtűek a protiszta csoportba. Az élőlények örökítő anyagának (genomjának) egyre szélesebb körű megismerése jelentősen felül írta ezt a felosztást. Amikor én tanultam a rendszertant a '90-es évek második felében, akkor már egyes változások sejthetőek voltak, de megleptek az új csoportok, amelyekről aztán később olvastam. Így aztán úgy döntöttem, hogy újra kell tanulnom a rendszertannak ezt a részét. Három hét intenzív olvasást követően vettem magamnak a bátorságot, hogy egy törzsfát szerkesszek. Teljes képernyőn nézve biztos, hogy olvasható is. A rengeteg latin név ne rettentsen vissza senkit, a tudományos teljesség miatt vannak ott, alább - ahol lehet - magyar nevekkel és ismert példaélőlényekkel illusztrálom az egyes csoportokat.

Az élővilág nagy léptékű rendszere ahogy azt 2015-ben látjuk. A nagyobb csoportok nevei a körön belül szerepelnek. A fontosabb "kisebb" csoportok nagyobb betűvel vannak szedve a kör szélén.

Az élőlényeket három nagy csoportba (birodalomba) osztjuk: Baktériumok, Archaeák és Eukarióták. A törzsfa közepére egy üres kört raktam. Ezzel jelzem, hogy nem kívánok kitérni arra, hogy ezen három birodalom egymáshoz hogyan viszonyul. Számunkra most itt csak az a fontos, hogy van ez a három csoport.

A baktériumok és archaeák egyszerűbb szervezetek, nincs belső membránrendszerük, nincs sejtmagjuk és kör alakú DNS-ük van. Az archaeák membránja más felépítésű, mint a baktériumok vagy az eukarióták membránja. A eukariótáknak nevükhöz - valódi sejtmagvasok - hűen van sejtmagjuk, amelyen belül nem körbe záródó ("egyenes") DNS molekulákban (kromoszómák) tárolják genetikai anyagukat. Az eukariótáknak fejlett belső membránrendszere van. Mi eukarióták vagyunk.

Az élővilág rendszere pár példaélőlénnyel. A baktériumokat a Staphylococcus aureus és az Escherichia coli képviseli képpel. A eukariótákon belüli ősi Excavata-nak nevezett csoportot a zöld szemesostoros (Euglena viridis) képvésel illusztrálom. A Corticates csoport tagjainak zömében van valamilyen sejtfala vagy más a sejtjüket burkoló köpeny. A növények (a képen egy tölgyfa látható), a mészmoszatok és a barnamoszatok ide tartoznak. A Podiates csoportba az amőbák és az állatokat és gombákat magába foglaló csoport található.

Az eukariótákat három nagy csoportra osztjuk: az ősi eukariótákra (Eozoa), valamilyen köpennyel rendelkező eukariótákra (Coricates) és az állábat növeszteni képes eukariótákra (Podiates). Az első csoportba tartozó egysejtűek a legelső leágazásai az eukarióta törzsfának. A legszélesebb konszenzus alapján az Excavata nevű csoport tartozik csak ide. A köpenyesek csoportjának őse biztosan rendelkezett valamilyen sejtfallal vagy más a sejtet kívülről burkoló képződménnyel, s mai tagjaik is zömével rendelkeznek ilyennel. A szárazföldi növények, amelyek cellulóz sejtfallal rendelkeznek, ide tartoznak. De a Corticates csoportba tartozik a legtöbb fotoszintézisre képes eukarióta. Az állábasok őse olyasmi lehetett, mint a mai amőbák: alakját képes volt változtatni, s ezzel mozogni vagy bekebelezni áldozatát. Kis fajszámú, alapi csoportján (Sulcozoa) kívül az amőbák és a hátsó ostorosok (Opisthokonta) tartoznak ide. Az igazi meglepetés, hogy ez a csoport magába foglalja az állatokat és a gombákat. Szóval a gombáknak semmi közük a növényekhez (a fotoszintézis hiánya miatt ezt azért régóta tudjuk), ellenben igen közel állnak az állatokhoz.

A következő hónapokban részletesebben bemutatom az itt említett csoportokat. Hogy emészthetőbb legyen három részre osztom a bemutatást.

Baktériumok és Archaeák
Eukarióták - Excavata és Podiates
Eukarióták - Corticates