A vírusok rendszertana

A vírusok rendszerezése sokat változott az elmúlt öt évben. Ennek kivételesen nincs köze a járványhoz, ez előtte lejátszódott, de a járványhoz már van annak köze, hogy mostanság többet nézegettem a vírusok rendszerezését taglaló oldalt, és vettem észre, hogy alaposan felforgatták, vagy inkább felülforgatták a korábbi rendszert.

Az élőlényekkel szemben, amelyek felépítésének és anyagcsere-folyamataiknak számos jellemzője enged arra következtetni, hogy egy közös ősből származnak, a vírusokról a közmegegyezés, hogy nem egy egységes, egy tőről fakadó része a létezőknek (nem tekintem a vírusokat élőnek). A korábbi rendszertan úgy kezelte ezt a sokféle eredetet, hogy csak ott csoportosított, ahol van közös jellemző, ami a közös eredetre utal, de magasabb rendszertani kategóriákat nem vezetett be. Közös jellemzőket viszont találtak, amiket eddig egyszerűen szupercsoportoknak hívtak.

Egy kicsit messzebbről kell indulnunk. A linnéi kategóriák mára a következő szinteket jelentik: a fajokat nemzetségekbe (genus), azokat családokba (familia), majd azokat rendekbe (ordo), osztályokba (classis), törzsekbe (phylum), országokba (regnum) és birodalmakba (domain) osztjuk be, így egyre magasabb rangú kategóriákba rakva a fajt.

Rendszertani rang	Rendszertani besorolás
Birodalom	Eukarióta
Királyság	Állatok (Animalia)
Törzs	Gerinchúrosok (Chordata)
Osztály	Emlősök (Mammalia)
Rend	Főemlősök (Primata)
Család	Emberfélék (Hominidae)
Nem	Emberek (Homo)
Faj	Ember (Homo sapiens)

A vírusfajokat eddig zömében nemzetségekbe (állatoknál ezt nemnek hívjuk), családokba és igen ritkán rendekbe osztották. Ennél nagyobb szintű felosztás az úgynevezett Baltimore osztályozás. Ebben az örökítő anyag alapján lettek nagyobb csoportba osztva a vírusok: (I) kétszálú DNS, (2) egyszálú DNS, (3) kétszálú RNS, (4) + szálú RNS, (5) - szálú RNS, (6) RNS genom reverz transzkripcióval és (7) DNS genom reverz transzkripcióval. Ez a felosztást fenomenológikus, azaz egy kiragadott tulajdonság alapján történt és nem mutat evolúciós leszármazást.

Úgy a 2010-es évek derekán, éppen, amikor sebtében írtam a makrotaxonómia fejezetet a tankönyvemhez, kezdték pedzegetni, hogy legalábbis bizonyos víruscsoportok, akár egész rendek, mutatnak olyan evolúciósan magyarázható kapcsolatot, ami összesorolásukat jogossá tenné. Továbbá az örökítőanyag milyensége nem jelenti, hogy akár különböző örökítő anyagú (negatív vagy pozitív szálú RNS molekulák) egy közös ősből fakadjanak. Akkor úgy voltam vele, hogy megemlítem a könyvben, hogy van ilyen, hátha később tisztul a kép. A ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses) 2019-ben fogadott el egy új osztályozást, amiben rendnél magasabb rangok is szerepelnek.

Egyrészt izgalmas, hogy találtak nagyobb leszármazási vonalakat a vírusokon belül. Sőt minden nagyobb csoportot (birodalmak és királyságok) jellemez valamilyen közös fehérje megléte. Némelyik ráadásul akár igen ősi is lehet, visszavezethet abba a korba, az RNS világ végéhez, ami a szűkebb szakterületem. Másrészt viszont a linnéi rendszernek megvannak a maga problémái. A fő kategóriák egyszerűen kevesek ahhoz, hogy rengeteg elágazásból álló törzsfát leírják. Minden fajkeletkezéskor történik egy elágazás. Ha birodalom, királyság, törzs, osztály, rend, család, nemzetség és faj szintjeink vannak, akkor nyolc elágazást tüntethetek ki, hogy ők fontosak, a többi meg nem. A kitüntetés önkényes, és általában kevés ez a 8 szint.

A SARS-CoV-2 rendszertani besorolása

Olyannyira kevés ez a nyolc szint, hogy a vírusrendszertan rögtön 15-öt fogad el. Minden fő csoport mellett van egy alcsoport: a birodalom (realm) alatt az albirodalmak vannak, az alatt királyságok, alkirályságok, törzsek, altörzsek, osztályok, alosztályok, rendek, alrendek, családok, alcsaládok, nemzetség és alnemzetségek vannak. Persze, amikor ez kevésnek fog bizonyulni, akkor a klasszikus rendszertanból jöhetnek az öregrendek (superordo, rend feletti kategória), alrendágak (infraordo, alrend alatti kategória) és a hasonlóan elnevezett újabb al- és feljebbvaló szintek.

A kladisztika, amennyire én értem (és most nagyon egyszerűsítek), pont ezt szeretné kiküszöbölni: egy-egy elágazást követő kládoknak adhatunk nevet, de nem mondjuk meg, hogy az elágazás milyen rangú. Mert van ahol sok rangot tudunk megkülönböztetni és van ahol keveset. Van, ahol az ismert vírusok egy csoportban annyira közel állnak egymáshoz, hogy egy egész birodalom egyetlen családból áll.

Az egyszálú DNS vírusok birodalmán (Monodnaviria) belül egyetlen királyság a Sangervirae található, amin belül egyetlen törzs a Phixviricota, egyetlen osztály a Malgrandaviricetes, egyetlen rend a Petitvirales és egyetlen család a Microviridae található. Mondjuk az elnevezések legalább frappánsak. Az ide tartozó Φ-X174 fág volt az első megszekvenált DNS örökítőanyagú vírus (a törzs neve erre utal), amely szekvenálást Fred Sanger és munkatársai végezték (rá utal a királyság neve). Az osztály, rend és családnév pedig arra utal, hogy ezek a vírusok alapvetően aprók. A Microviridae név elég régóta (1978) létezik, a többit 2019-ben rakták hozzá. Növényeknél szinte biztos, hogy Microvirales rend és Microviricetes osztály lenne a nevük, de itt az osztálynév a "nem nagy" kifejezésből ered, a rendnév pedig franciául a kicsi.

Sok család és nemzetség nem került még bele a nagy rendszerbe, mert nincs meg a helyük (főleg az archaeákat fertőző vírusok ilyenek, a gazdákról is keveset tudunk). És ahogy korábban említettem vírusok sokszor keletkeztek a földi élet története során, így biztos számos csoportjuk létezik, többük még keresi a helyét.

Most osztály szintig mutatom be a vírusok rendszertanát (néha rendeket is beírom). Ez gépelni pont elég, bár így a rend és családnevekhez szokottak nehezen fogják megtalálni a szokásos csoportjaikat. Lehet egyszer majd kiegészítem, bár így is egy telefonkönyv izgalmasságával ér fel a következő lista. A fontosabb embereket fertőző vírusokat megemlítettem a helyükön.

A vírusok rendszertana osztály szintig (2021-ben)

birodalom Duplodnaviria: Mindegyikük rendelkezik a HK97-szerű fő kapszid fehérjével. Örökítőanyaguk kettősszálú DNS

királyság Heunggongvirae: A típusvírus a Escherichia virus HK97, amiben a HK Hong Kongra ural, innen a királyság neve.

törzs Peploviricota

osztály Herviviricetes

rend Herpesvirales: A herpeszt is okozó herpeszvírusok rendje, ide tartozik még a bárányhimlőt és övsömört okozó Varicella-zoster virus, az Epstein-Barr virus, a Kaposi-szarkómához társuló herpeszvírus és a citomegalovirus.

törzs Uroviricota: Az úgynevezett fej-farok vírusok tartoznak ide, amik baktériumokat és archaeákat fertőznek. Az elnevezés az ikozaéderes feji és hosszanti farokrészre utal.

osztály Caudoviricetes

rend Caudovirales

birodalom Monodnaviria: Forgó kerék (rolling-circle) replikációt iniciáló HUH szupercsaládba tartozó endonukleáz fehérje mindegyikükben megtalálható.

királyság Loebvirae: Pálcika vagy fonal alakú viononnal rendelkező, csak baktériumokat fertőző vírusok. FtsK-HerA szupercsaládba tartozó ATPáz fehérje jellemzi őket. Nevét Tim Loeb-ről kapta, aki 1960-ban leírta a f1 fágot

törzs Hofneiviricota: Nevét Peter H. Hofschneider-ről kapta, aki 1963-ban leírta a M13 fágot.

osztály Faserviricetes: a német rost/szál jelentésű Faser-ből, ami a virion alakjára utal.

rend Tubulavirales: A vironok alakjára utaló tubuláris kifejezésből.

királyság Sangervirae: Prokarióták fertőző egyszeres β-hordó fő kapszid fehérjével rendelkeznek, a replikáz génjük illetve egy fehérje, ami a sejtburkon való átjutást teszi lehetővé valószínűleg csak erre a királyságra jellemző.

törzs Phixviricota: A kapszid ikozaéderes, a virionnak nincs burka. A genom (+)-os és kör alakú, csekély számú gént tartalmaz. A vírusok fágok (pl. φX174).

osztály Malgrandaviricetes: Az eszperantó malgranda, azaz apró/kicsi jelentésű szóból ered a neve.

rend Petitvirales: Neve a francia kicsi szóból ered.

királyság Shotokuvirae: A Rep fehérje (a genom másolásáért felelős fehérje) N végén endonukleáz domén található, a C végén pedig 3-as szupercsaládba tartozó helikáz domén. Nevét egy japán császárnőről kapta, aki egy versében valószínűsíthetően egy ebbe a királyságba tartozó vírus okozta növénybetegséget ír le.

törzs Cossaviricota: Nevét Yvonne Cossart-ról kapta, aki leírta a parvovirus B19-et. Ez a vírus a hétköznapi néven lepkehimlőnek nevezett kiütéses betegséget okozza.

osztály Mouviricetes: Gerincteleneket fertőznek.

osztály Papovaviricetes: Ide tartoznak az emberi papillómavírusok (HPV) és a poliómavírusok.

osztály Quintoviricetes: A fentebb említett parovirus B19 ebbe az osztályba tartozik.

törzs Cressdnaviricota: Nevét a CRESS DNA rövidítésből (Circular Rep-Encoding Single-Stranded DNA) kapta. Nekem kicsit ilyen "egyéb ide tartozó vírusok" törzsnek tűnik. Sokféle alakú és gazdaszervezetű vírus tartozik ide.

osztály Arfiviricetes: Sokfajta gazdát fertőző vírusok, a redondovirusok embert is fertőznek.

osztály Repensiviricetes: Az ismert gazdájúak növényeket fertőznek.

királyság Trapavirae: Egy karakterisztikus membránfúziós fehérjét kódol mindegyikük. Nevét Trapani olasz városról kapta, ahol a típusfajként szolgáló Halorubrum pleomorphic virus 1-t felfedezték.

törzs Saleviricota: Nagyjából gömb alakú, felszínükön tüskékkel ellátott, archaeákat fertőző vírusok. A virion burkolt. Az olasz sale = só kifejezésből ered a neve, a fertőzött archaeák zöme sótűrő (halofil).

osztály Huolimaviricetes

rend Haloruvirales: A típusfaj (Halorubrum pleomorphic virus 1) nevéből ered az elnevezés.

birodalom Riboviria: Zömében RNS örökítőanyaggal rendelkező vírusok. Vagy RNS alapú RNS polimerázt vagy reverz transzkriptázt kódolnak.  Eukariótákat leginkább RNS vírusok fertőznek, így rengeteg emberi kórokozót találunk körükben.

királyság Orthornavirae: RNS genomú és RNS alapú RNS polimerázzal rendelkező vírusok. Ennek a fehérjének jelenléte definiálja a királyságot, az enzimnek konzerválódott kezet formázó alakja van.

törzs Duplornaviricota: A név a kettőszálú RNS örökítőanyagra utal.

osztály Chrymotiviricetes: Gombáklat és egysejtű eukariótákat fertőző vírusok.

osztály Resentoviricetes: Ide tartoznak a rotavírusok.

osztály Vidaverviricetes: Baktériumokat fertőző vírusok.

törzs Kitrinoviricota: A név a sárgaláz vírusra utal, a görög sárgára utalva. Pozitív (+) értelmű egyszálú RNS vírusok.

osztály Alsuviricetes: Ide tartozik a Hepatitis E-t okozó vírus, a rózsahimlőt okozó Rubella virus, a Chikungunya-lázat okozó Chikungunya virus

osztály Flasuviricetes: Ide tartoznak a Nyugat-nílusi lázat, a Dengu-lázat és a sárgalázat okozó vírusok, és a ZIKA-vírus is.

osztály Magsaviricetes: Állatokat fertőző vírusok. Az első leírt tagja a Nodamura virus az osztály neve is ebből ered elég bonyolultan.

osztály Tolucaviricetes: Növényeket és ízeltlábúakat fertőző vírusok.

törzs Lenarviricota: Prokariótákat fertőző + értelmű egyszálú RNS vírusok.

osztály Allassoviricetes

osztály Amabiliviricetes

osztály Howeltoviricetes

osztály Miaviricetes

törzs Negarnaviricota: Negatív (-) szálú (értelmű) RNS örökítőanyaggal rendelkező vírusok

altörzs Haploviricotina

osztály Chunqiuviricetes: Gerincteleneket fertőző vírusok.

osztály Milneviricetes: Hosszúkás alakú növényi vírusok

osztály Monjiviricetes: Ide olyam emberi kórokozók tartoznak, mint az Ebola virus, az emberi respiratórikus szinciciális vírus (RSV), a kanyaróvírus, a mumpsz virus, a Nipah-virus és a veszettség-vírus

osztály Yunchangviricetes: A név a kínai történelem egy korszakára utal. Gerincteleneket fertőznek.

altörzs Polyploviricotina

osztály Ellioviricetes

rend Bunyavirales: Ízeltlábú vektorok által terjesztett vírusok. Az embert fertőzők közül kiemelendőek a hantavírusok és a krími–kongói vérzéses láz vírusa.

osztály Insthoviricetes

rend Articulavirales: Ide tartoznak az influenzavírusok. A név a szegmentált (több részből álló) genomra utal.

törzs Pisuviricota: Ez a picornavírus-szerű vírusok szupercsoportja, neve is innen ered: picornavirus supergroup.

osztály Duplopiviricetes: Főleg növényeket és gombákat fertőző vírusok, de egyik családjukban van emberi vírus is (human picobirnavirus), ami béltraktust fertőzi. Kétszálú RNS genomjukra utal az osztály elnevezése.

osztály Pisoniviricetes: Eukariótákat fertőző pozitív értelmű egyszálú RNS vírusok. A legfontosabb három rend nevének első két betűjéből ered a név: (Picornavirales, Sobelivirales, Nidovirales)

rend Nidovirales: Jellegzetesen szerveződik a genomjuk, ami a nagy méretbeli különbségek ellenére az egész rendre jellemző. Az örökítőanyag 5' felén van a polimerázt is kódoló rész, majd szerkezeti fehérjéket és segítő fehérjéket kódoló részek jönnek. Ide tartonznak a koronavírusok is.

rend Picornavirales: calicivírusok, náthát okozó rhinovírusok, a hepatitisz A-t okozó Hepatovirus A, a járványos gyermekbénulást okozó poliovírus, enterovírusok.

rend Sobelivirales: Gombákat és páncélos ostorosokat fertőző vírusok.

osztály Stelpaviricetes: Ide tartoznak az embereket is fertőző astrovírusok, amelyek hányós-hasmenős betegséget okoznak főleg gyerekekben.

királyság Pararnavirae: Reverz transzkriptázzal rendelkező vírusok.

törzs Artverviricota: Reverz transzkriptázzal rendelkező RNS vírusok. Ezek a vírusok képesek beépülni a gazdaszervezet örökítőanyagába. A nevük az aláhúzott részek fordítva olvasva.

osztály Revtraviricetes: Reverz transzkriptázzal rendelkező RNS vírusok. A név most normál irányban olvasva... Érdekes nevek az biztos.

rend Ortervirales: Retro visszafele... Viszont nagyon érdekes csoport! Egy részük retrotranszpozon, egy részük kettős DNS-sel rendelkező vírus, a korábbi 8. Baltimor osztályból, és ide tartoznak a klasszikus retrovírusok is, mint a HIV.

rend Blubervirales: A reverz transzkripció elkezdéséhez fehérjét (és nem tRNS-t) használnak. A nevét Barry Blumberg-ről kapta, aki a Hepatitis B kutatásában szerzett elévülhetetlen érdemeket. A hepatitis B vírus természetesen ide tartozik.

birodalom Varidnaviria: Függőleges β-hordó fő kapszid fehérjével rendelkeznek (egyszeres vagy kétszeres). A név egyszerűen arra utal, hogy sokféle DNS vírus (various DNA viruses)

királyság Bamfordvirae: dupla β-hordó fő kapszid fehérjével rendelkeznek. Ez a korábbi PRD1-adenovírus leszármazási vonal. A név Dennis Bamford nevéből ered, aki propagálta az ilyen kapsziddal rendelkező vírusok egy csoportba összehozását.

törzs Nucleocytoviricota: A nukleo-citoplazmatikus nagy DNS-vírusok (NCLDV) tartoznak ide, neve is ezen elnevezés elejéből ered.

osztály Megaviricetes: Ezek az óriásvírusok. Egyes képviselőik fénymikroszkóppal is láthatóak és örökítőanyaguk nagyobb, mint egy kisebb baktériumé.

osztály Pokkesviricetes: Ide tartoznak a himlővírusok és az afrikai sertéspestist okozó vírus is. A név a himlő régies angol elnevezéséből (pokkes) ered.

törzs Preplasmiviricota:

osztály Maveriviricetes: Virofágok tartoznak ide, azaz olyan vírusok, amelyek más vírusok jelenlétében tudnak csak sokszorozódni, azaz lényegében vírusok vírusai.

osztály Tectiliviricetes

rend Belfryvirales: Archaeákat fertőző vírusok.

rend Kalamavirales: Baktériumokat fertőző vírusok.

rend Rowavirales: Adenovírusok. Az adenovírusok náthát okoznak. Második generációs oltásokban vektorként alkalmazzák őket.

rend Vinavirales: Baktériumokat fertőző vírusok.

királyság Helvetiavirae

törzs Dividoviricota

osztály Laserviricetes: Extrém környezetben élő archaeákat és baktériumokat fertőznek. A viron külsején van egy fehérje burok, azon belül egy lipidburok, és ezen belül a kétszálú DNS genom.

Hivatkozott irodalom

• International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Commitee. 2020. The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks. Nature Microbiology 5(5): 668–674
• Krupovic, M., Dolja, V. V. és Koonin, E. V. 2019. Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts. Nature Reviews Microbiology 17(7): 449–458

A nátha elleni viszonylagos védettségünk 1 mutáción múlik

A rhinovírusok a megfázás egyik okozói. Ezek a pozitív szálú RNS vírusok alapvetően aprók. Három "fajuk" ismert, amelyeket az A, B és C betűkkel jelölnek (teljes nevük így például emberi rhinovírus C). A C variánst 2006-ban fedezték fel (Lamson et al. 2006). Kései felfedezésének egyik oka nem elterjedésében, hanem "tenyészthetőségében" (sejtkultúrában szaporíthatóak) rejlik: a szokásos sejtkultúrákban nem nőt. A másik két náthát okozó rhinovírussal szemben ez néha, gyerekeknél súlyosbíthatja az asztmát.

A vírus az emberi kadherinnel rokon családba tartozó 3-as fehérjén (CDHR3) keresztül kapcsolódik a sejthez (Bochkov et al. 2015). Ezen sejtmembránban levő fehérjének több változata ismert emberi populációból: a leggyakoribb verzióban az 529. pozícióban cisztein van, míg a súlyosabb asztmával összefüggő változatban itt tirozin van. Ez a 7. kromoszómánk 106018005. pozícióján levő guanin → adenin (G→A) nukleotidcsere következménye. A tirozint tartalmazó változat mellett a vírus gyorsabban sokszorozódik.

Rhinovírus

A történet itt véget is érne azzal, hogy találtunk egy betegséget okozó mutációt. Sajnos léteznek ilyenek. Ellenben furcsa, hogy egyes afrikai népcsoportokban 30% feletti gyakoriságú az elterjedése. Ázsiában viszont 5% alatti az előfordulása. Egy új és hátrányos mutációval kapcsolatban azt várjuk, hogy igen ritka legyen.

Mivel szerencsénkre sok más élőlény teljes genetikai állománya rendelkezésre áll, így megnézhetjük, hogy megtalálható-e bennük ez a gén és milyen formában. A gén megtalálható minden gerincesben, amelynek tüdeje van, sőt a bojtosúszós halakban is, és az ősi formájában tirozin van ebben a pozícióban (Bønnelykke et al. 2014). Egyedül emberben található meg a ciszteint kódoló változat, és minden ismert főemlősben a tirozint kódoló változat van jelen. Sőt a neandervölgyiekben és a gyenyiszóvai emberben is ez a változat található meg. Tehát az súlyosabb gyerekkori asztmával összefüggésbe hozott változat nem új mutáció, hanem az az ősi változat, amit egyes népességekben az már lényegében leváltott az új – ciszteint kódoló – változat.

Az emberi rhinovírus C – nevéhez híven – egy emberi kórokozó, s mint ilyen koevolúciós kapcsolatban lehet velünk. Változásai, esetleges patogenitásának növekedése elterjeszthet új változatokat, amelyek ellenállóbbak a vírussal szemben. Ez játszódhatott le ebben az esetben is (Palmenberg 2017). Ez az evolúciós változás is mutatja, hogy az ember is folyamatosan evolválódik: pár ezer év távlatából az evolúciós folyamat eredménye is igen jól látszik.

A történet viszont itt nem ér véget. Nem csak az ember evolúciójára vagy az egy bázis mutációja okozta jelentős fenotípusos változásra példa ez a rendszer, hanem arra is, hogy egy egyik fajról a másikra átugró betegség mennyire veszélyes is lehet. Az emberek és a csimpánzok, közeli rokonságunk dacára (vagy inkább a miatt), igen ritkán kerülnek közel egymáshoz: más életteret töltünk be. Így kórokozóink is mások. De mivel annyira hasonlítunk egymáshoz, így bizony elképzelhető, hogy kórokozóink képesek megfertőzni a másik fajt is. A betegség kimenetele viszont nem ismert előre. Nem következtethetünk az egyik fajban mutatott enyhe lefolyásból arra, hogy a másik fajban is enyhe lesz a betegség.

A csimpánzok megfertőződhetnek az emberi rhinovírus C-vel. Kanyawara (Uganda) 56 főből álló csimpánzközösségét három hullámban érte egy emberi rhinovírus C okozta járvány (Scully et al. 2018). Az elsőben 24-en betegedtek meg és egy gyerekcsimpánz halt meg, a második hullámban 40-en betegedtek meg és 4 felnőtt meghalt, míg az utolsó hullámban 31-en betegedtek meg és senki nem halt meg. A járvány mortalitási rátája 8,9%-os volt.

Betty az emberi náthába meghalt kiscsimpánz. Forrás: Leakey Alapítvány

Az elhunyt 2 éves kiscsimpánz tetemét felboncolták és mintát vettek belőle. A kiscsimpánz tüdőgyulladásban halt meg. Szervezetéből rhinovírus C-t izoláltak. A PCR teszttel megerősített eredmény nem azért biztos, mert erre a vírusra pozitív eredmény adott, hanem mert egy tucat másik légúti betegséget okozó kórokozóra negatívat adott.

Minden csimpánz homozigóta volt a CDHR3-Y529 allélra (azaz az ősi tirozint kódoló változat van bennük) csakúgy mint az összes ismert csimpánzgenom. Ez lehet az egyik oka a súlyos betegségnek. Nem véletlen, hogy maszkot kell hordani a turistáknak, ha csimpánzok közelébe mennek. A mi inkább csak kellemetlenséget okozó kórokozóink megölhetik az amúgy is veszélyeztetett állatokat. És viszont se csodálkozzunk, hogy mindenféle vadállat kórokozója világjárvány okozhat emberben.

A cím, ahogy a címek általában, túloz, hiszen nem minden nátháról van szó, csak egy bizonyos vírus okozta nátháról. De remélem nem bántad meg, hogy elolvastad a bejegyzést!

Hivatkozott irodalom

• Scully, E. J., et al. 2018. Lethal respiratory disease associated with human rhinovirus C in wild chimpanzees, Uganda, 2013. Emerging Infect. Dis. 24(2): 267–274
• Lamson, D., et al. 2006. MassTag polymerase-chain-reaction detection of respiratory pathogens, including a new rhinovirus genotype, that caused influenza-like illness in New York State during 2004-2005. The Journal of Infectious Diseases 194(10): 1398–1402
• Bochkov, Y. A., et al. 2015. Cadherin-related family member 3, a childhood asthma susceptibility gene product, mediates rhinovirus C binding and replication. PNAS 112(17): 5485–5490
• Bønnelykke, K., et al. 2014. A genome-wide association study identifies CDHR3 as a susceptibility locus for early childhood asthma with severe exacerbations. Nature Genetics 46(1): 51–55
• Palmenberg, A. C. 2017. Rhinovirus C, asthma, and cell surface expression of virus receptor CDHR3. J. Virol. 91(7): e00072-17
   

COVID-19: Hol tartunk az első és második hullámmal Európában?

Ahogy a lezárások megszűntek a legtöbb országban nem nőtt meg azonnal, még a két hetes eltéréssel sem az esetszám. De most, nagyjából egy-két hónappal később több országban újból egyre több fertőzöttet találtak.

A vírus nem tűnt el, csak nagyon lelassult az átadása itthon

Magyarország eddig alapvetően megúszta a járványt. Ez is hozzájárul, hogy többet beszélünk arról, hogy volt-e járvány vagy szükséges volt-e egyáltalán a lezárás. Ezzel szöges ellentétben az egyetem majd csak augusztus végén fog újból kinyitni, s bár személyes jelenlét mellett tervezzük elkezdeni a következő félévet, de felkészülünk, hogy bármikor vissza kell térnünk a távolsági oktatásra. Mindenki döntse el, hogy a megmondóembereknek vagy a természettudósoknak hisz.

A járványgörbének megfelelően az esetszám a járvány elején meredeken (exponenciálisan) emelkedik, majd a korlátozó intézkedések következtében csökken (az is exponenciális, ezért tűnhet úgy, hogy csak úgy eltűnt a vírus). Ez volt az első hullám. Viszont mivel a vírus nem tűnt el, csak a fertőzöttek száma lett nagyon alacsony, illetve a nemzetközi forgalom visszaállásával újból van honnan importálni a betegséget, így újabb gócok alakulhatnak ki. Kialakulhat egy második hullám, azaz megint emelkedhetnek az esetszámok.

A napi adatokat február-márciusban még naponta többször is megnéztem. Ekkor ez előbb csak a kínai járvány alakulását mutatta, a világ többi országában levő pár megbetegedés egy apró zajként adódott erre. Majd az olaszországi járvány dominálta a számokat. Most USA és Brazilia a dobogós a napi új felderített fertőzöttel. Tegnap (július 3) több mint 50 ezerrel nőtt a fertőzöttek száma az USA-ban, ez több mint ahány fertőzöttje összesen volt több európai országnak együtt. Éppen ezért az egész világra aggregált adatok már semmit nem jelentenek. Országonként kell megnézni, hogy mi történik.

Kontrollált járvány, második hullám vagy még az elsőnek az utóélete?

Osszuk az országokat három csoportba: amelyekben a járvány kontroll alatt van, második hullám van és nem volt kontroll alatt (lényegében az első hullámnál tartanak). Mi például kontroll alatt tartjuk a járványt, nem szökött fel a napi új esetszám.

Napi új esetszám Magyarországon (forrás Worldometers)

Második hullám van több szomszédunknál is, például Horvátországban. Horvátországban egy teljes elfojtást követően durrant be újból a járvány. Május második felében alig volt új fertőzött, de június vége óta emelkednek a számok.

Napi új esetszám Horvátországban (forrás Worldometers)

A nem csillapodás esetére Románia példa. Májusban is napi 200 esetet regisztráltak, ami körülbelül fele-harmada az első hullám csúcsának. Most viszont újból emelkedő esetszámokat jelentenek.

Napi új esetszám Romániában (forrás Worldometers)

A fenti önkényes és kvalitatív felosztást alkalmazom európai országokra.

Ország	Járvány alakulása	Forrás
Ausztria	kontroll alatt
Belgium	kontroll alatt
Bulgária	emelkedőben
Horvátország	második hullám
Ciprus	kontroll alatt
Csehország	második hullám
Dánia	kontroll alatt
Észtország	kontroll alatt
Finnország	kontroll alatt
Franciaország	kontroll alatt
Németország	kontroll alatt
Görögország	kontroll alatt
Magyarország	kontroll alatt
Írország	kontroll alatt
Olaszország	kontroll alatt
Málta	kontroll alatt
Lettország	kontroll alatt
Litvánia	kontroll alatt
Luxemburg	emelkedőben
Hollandia	kontroll alatt
Lengyelország	kontroll alatt, de nem volt jelentős csúcs korábban sem, napi 200-400 eset
Portugália	Alacsony csúcsot követően beállt napi 300-400-ra
Románia	nem volt kontroll alatt
Szlovákia	emelkedőben, bár alacsony bázisról
Szlovénia	emelkedőben
Spanyolország	kontroll alatt
Svédország	nem volt kontroll alatt
Nagy Britannia	csökkenőben az első hullám után
Szerbia	második hullám
Ukrajna	nem volt kontroll alatt és emelkedik
Norvégia	kontroll alatt
Svájc	kontroll alatt

A szomszédaink, akiket hozzánk hasonlóan az első hullámnak csak a szele csapott meg, most kezdenek visszaesni. Nem szeretnék riogatni, de a maszkviselést nem viccből tették kötelezővé egyes helyeken, sem a távolságtartásra való felszólítást.

COVID-19: Mikor találták ki hogy az legyen a neve hogy koronavírus?

Ezt a kérdést kaptam a VIBES YouTube videóm alatt ("régi" videó, még lezárás előtt készült)*. Erre a kérdésre van egy rendszertanász válasz. Bár nem vagyok rendszertanász, de szeretem a témát, és írtam egy picit vírusokról a könyvemben. Szóval hogy lesz elnevezve egy vírus, hogy lesz besorolva egy, ebben az esetben a koronavírusok közé?

Az első megismert koronavírus, bár akkor még nem így hívták, a madár fertőző hörghurut vírus (avian infectious bronchitis virus). A betegséget a 1930-as években írták le, a vírust 1937-ben izolálták (Beaudette & Hudson 1937). 1964-ben már elektormikroszkópos felvétel készült ilyen vírusról (Berry et al. 1964) és 1967-ben embert fertőző hasonló vírusokról is készül kép (Almeida és Tyrrell 1967). Ezek az eredmények, és hasonló viselkedésük okán merült fel, hogy ezen vírusok egy közös csoportba tartoznak.

Az embert fertőző 229E vírustörzs elektromikroszkópos képe Becker et al. 1967-es tanulmányából.

A korona a napkoronára utalás, és nem a királyi fejdíszre

A nevet 1968-ban vetették fel J. D. Almeida; D. M. Berry; C. H. Cunningham; D. Hamre; M. S. Hofstad; L. Mallucci; K. McIntosh; és D. A. J. Tyrrell virológusok (Nature 1968). Több vírus hasonlóan néz ki, hasonló méretű, RNS örökítőanyaggal rendelkeznek, van lipidburkuk és a sejtplazmában sokszorozódnak. Ilyen volt az akkor már ismert 229E emberi koronavírus (HCoV-229E) és a szintén embert fertőző B814-es vírustörzs (amiről nem tudjuk, hogy melyik ma ismert vírusnak felel meg, mert nem maradt belőle minta), az egér hepatitis vírus és az elsőnek leírt madár fertőző hörghurut vírus. Az ajánlás szerint az elektromikroszkópos kép alapján a vírusrészecskét a napkoronához hasonlónak találták, így egységesen a koronavírus nevet ajánlották a csoport elnevezésére. Akkor ez egy vírusnemzettséget jelentett.

A koronavírus elnevezés 1968-ból származik

A szabályok szerint a Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottságnak (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) kellett benyújtani ezt az ajánlást, ami 1975-ben vált az elfogadott nevezéktan részévé. Ekkor már az aktuális vírusrendszertan könyv (Peter Wildy 1971 Classification and Nomenclature of Viruses, 1st Report of the International Committee on Nomenclature of Viruses. Karger, Basel) így tartalmazza a csoport nevét, és az ICTV döntése is erre hivatkozik. A rendszertanban bevett, hogy bizottságok döntenek az elismert nevekről.

Coronaviridae család és Nidovirales rend

A linnéi rendszertanban a fajok nemzetségekbe (állatok esetén nemekbe), azok családokba, rendekbe és osztályokba sorolhatóak. Az élővilág rendszerezésénél jelenleg a vezérfonál az evolúciós leszármazás bemutatása. Vírusoknál viszont ilyen evolúciós kapcsolatokat nehéz bemutatni, mert igen gyorsan változnak, így hasonlóságaik elvesznek. A vírusok besorolása egyrészt az úgynevezett Baltimore osztályozáson alapult (Baltimore 1971), ami az örökítő anyag milyensége és az mRNS-hez vezető út alapján 7 csoportba sorolja a vírusokat. A koronavírusok az egyszálú + RNS vírusok körébe tartoznak. Ez azt jelenti, hogy örökítőanyaguk RNS, amely mRNS-ként funkcionálhat, azaz "értelmes" (+).**


Ezen fenotipikus osztályzáson kívül, ami nem jelent közös evolúció múltat, a vírusokat alapvetően családokba és nemzettségekbe osztották. Az 1975-ös ICTV döntés értelmében (Fenner 1976) a koronavírusok a Coronaviridae családba tartoztak. Akkor egyedüli nemzetségként a Coronavirus nemzetséget ismerték el. Később több nemzetségre osztották ezt (jelenleg 5 nemzetsége van) és 1996-tól bekerült a Nidovirales rendbe. A vírusokat ritkán osztották rendbe, csak, ha találtak a családok között valami hasonlóságot. A Nidovirales rendbe tartozó vírusok genetikai anyagában a 5' vég után mindig a replikáz enzimet kódoló régió jön, majd szerkezeti fehérjék és ezt követően egyéb segítő fehérjéket kódoló régiók jönnek. Ez az igen konzervált genomszerkezet alapján feltételezhető a közös eredet és így jogos az egy rendbe sorolás. Mára (2018-ban) a vírusrendszertan megirigyelte az élőlények rendszerének számos szintjét és bevezetett mindenféle szinteket (szerintem meggondolatlanul). Erről majd egy másik bejegyzésben írok.

A vírusok elnevezése nem követi a kettős elnevezést

A vírusok tudományos elnevezése nem követi a kettős elnevezést, ami a nemzettség- (genus) és a fajnévből (species) áll. Így az ember latin neve Homo sapiens, ahol a Homo a genus (állatoknál nem, csak azért, hogy bonyolult legyen), a sapiens pedig a fajt jelöli. A vírusoknak nincs ilyen nevük. Az első felfedezett vírus a dohánymozaikvirus, aminek a tudományos neve egyszerűen az angol neve "Tobacco mosaic virus". A vírusok neve ma is alapvetően arra a betegségre utal, amit okoznak.

A COVID-19 betegséget okozó vírus hivatalos neve: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

Az ICTV nem volt túlságosan fantáziadús az elnevezésnél (Gorbalenya et al. 2020): a fenti név fordításban Súlyos akut légúti szindrómával rokon koronavírust jelent, ami annyit tesz, hogy a vírus hasonló a 2002/03-ban járványt okozó SARS vírushoz (de az nem a legközelebbi rokona). A vírust a járvány elején 2019-nCOV-ként azaz 2019-es új koronavírusként nevezték, bár voltak, akik egyszerűen Vuhan vírusként emlegették (én is). Az ICTV mindenképpen el akarta kerülni a "kínai vírus" és az ezzel majdnem egyenértékű "Vuhan vírus" neveket. Ez egyszerűen politika. Van rá példa, hogy egy vírust földrajzi helyről neveznek el, például a Zika-vírus egy ugandai erdőről kapta a nevét. A SARS-CoV-2 viszont lássuk be fantáziátlan név és nagyon összekeverhető a SARS-al (SARS-CoV). Egy csapat kínai virológus például a HCoV-19 (Human coronavirus 2019) nevet javasolta (Jiang et al. 2020). De most már marad, amit kapott.


Szóval ez a "koronavírus" elnevezésének rövid története. Bár a média egyszerűen csak koronavírusként emlegeti, ez majdnem olyan, mintha az ember "valami főemlős" (emberszabású) címkével illetnénk. Olyan szempontból félrevezető, hogy négy embert is fertőző koronavírus szezonális náthát okoz, azaz sokunknak volt már koronavírus fertőzése, csak nem a SARS-COV-2-vel fertőződtünk.

* A kérdés nem csak az internet népét érdekelheti, mert bár ez a wikin is szerepel, de külön közlemény is van, ami a név eredetét felfedi (Henry 2020).
** Negatív értelmű (-) egyszálú vírusok esetében a vírus örökítőanyagát előbb másolni kell, és az így keletkezett komplementer szál működhet mRNS-ként.

Hivatkozott irodalom

• Beaudette FR & Hudson CB. 1937. Cultivation of the virus of infectious bronchitis. J Am Vet Med Assoc. 90:51–58.
• Berry, D. M., Cruickshank, J. G., Chu, H. P. és Wells, R. J. H. 1964. The structure of infectious bronchitis virus. Virology 23(3): 403–407
  
• Becker, W. B., McIntosh, K., Dees, J. H. és Chanock, R. M. 1967. Morphogenesis of avian infectious bronchitis virus and a related human virus (strain 229E). J. Virol. 1(5): 1019–1027
• Almeida, J. D. és Tyrrell, D. A. J. 1967. The morphology of three previously uncharacterized human respiratory viruses that grow in organ culture. J. Gen. Virol. 1(2): 175–178
  
• 1968. Virology: Coronaviruses. Nature 220(5168): 650–650
• Baltimore, D. 1971. Expression of animal virus genomes. Bacteriological Reviews 35(3): 235–241
  
• Fenner, F. 1976. The classification and nomenclature of viruses. J. Gen. Virol. 31(3): 463–470
• Gorbalenya, A. E., et al. 2020. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology 5(4): 536–544
• Jiang, S., et al. 2020. A distinct name is needed for the new coronavirus. Lancet 395(10228): 949
• Henry, R. 2020. Etymologia: Coronavirus. Emerging Infect. Dis. 26(5): 1027
  
  
  

A mindefélét összeesznek és az új fertőzések

Mostanság sokan beszélnek arról, hogy ha a világ különböző tájain nem ennének össze-vissza mindent, akkor ezt az egész koronavírus ügyet megúszhattuk volna. És jön az európai felsőbbrendűség, hogy bezzeg nálunk ilyen nem fordulhat elő, hiszen mi nem eszünk tobzoskát vagy denevért.

Én most – sok kutató társamhoz hasonlóan gondolom – a megszokotthoz képest több vírusokról és járványokról szóló cikket olvasok. Kezembe került egy a MERS-ről (Killerby et al. 2020). Ez a Közel-Keleti Légzőszervi Szindróma koronavírus által okozott betegség. Ez a hatodik ismert embert fertőző koronavírus (a hetedik tombol éppen Európában). 2012-ben Szaúd-Arábiában ütötte fel a fejét, >2400 fertőzöttet ismerünk, akik közül >850 meghalt (a halálozási rátája így 35% körüli). Ezen betegség kapcsán is felmerült a denevérek szerepe, de a közvetlen gazda az egypúpú teve (Camelus dromedarius). Egyes vidékeken a tevék igen jelentős részében megtalálható lehet a vírus (Reusken et al. 2013).

Hogyan került a MERS vírus állatról emberre?

A kézenfekvő magyarázat az lenne, hogy az emberek mindenfélét összeesznek, beleértve a tevét is. Igen, ahol tartanak tevét ott néha eszik is. Mi is eszünk lóhúst. Amúgy nem jellemző a tevehús evés, de tobzoska zabálás sem (az átlag kínai rizst eszik, és a pacalpörkölt hazájában a furcsaságért nem kell a szomszédba menni). A tevék vérében nem mutatható ki a vírus, a húsevésen keresztüli fertőződést nem valószínűsítik. A tevetejben elvileg megmaradhat a vírus (de az nem teljesen tisztázott, hogy oda hogyan kerülhet), de a felforralást nem bírja ki. A járványos MERS megbetegedésekben a tejivást sem találták kiváltó körülménynek. Az adott koronavírus a tevékben is légúti betegséget okoz, a takonyban, nyálban, garatváladékban a vírus kimutatható. Azaz a ritka (!) emberre való átkerülés mögött cseppfertőzés állhat. Az állatokat el kell látni, a gondozók közel vannak az állatokhoz, főleg, ha azok betegek (a jószág érték). Nem kell véres mészárszékeket, különleges állatok habzsolását vizionálni egy emberre való átfertőzés hátterében!

A MERS fertőzés továbbadásának lehetőségei. A folytonos nyilak a jellemző átadási formák.

Sok betegségünk mögött a háziállataink állnak

Az emberi történelem betegségei mögött nem kell mindig különleges állatokat (cibetmacskát, tobzoskát, majomagyat, kígyókat, stb.) képzelni. A kanyarót szarvasmarháktól kaphattuk el (oltás van ellene) ugyanúgy mint a TBC-t, a fekete himlőt rágcsálóktól, a szamárköhögést valami emlőstől, mumpszot akár disznótól (Wolfe et al. 2007). Ezek azok az élőlények, amelyekkel Eurázsiában igen közeli kapcsolatban élünk már több ezer éve.

Kaphatunk el betegséget a kedvenceinktől is, például macskakarmolásos lázat macskáktól, leptoszpirózis kutyától, ornitózis szárnyasoktól (papagájtól és galambtól is). Igaz, ezek egyelőre emberről, emberre nem terjednek.

Itt Európában biztos nem ugorhat át valami emberre?

Koronavírusos megbetegedés például kutyákból (wiki) és macskákból (wiki) is ismert, de van a disznóknak is sajátjuk. És mostanság a háziállatokat túlságosan is családtagnak tekintik egyesek. Nem tudom mekkora veszélyt jelent ez. De amikor túl egyszerűen a távoli kultúrák fura étkezési szokásaira kenjük bajainkat, gondolkodjunk el saját szokásainkon is.

 Hivatkozott irodalom

• Killerby, M. E., Biggs, H. M., Midgley, C. M., Gerber, S. I. és Watson, J. T. 2020. Middle East Respiratory Syndrome coronavirus transmission. Emerging Infectious Diseases 26(2): 191–198
• Reusken, C. B. E. M., Haagmans, B. L., Müller, M. A., Gutierrez, C.,
  Godeke, G.-J., Meyer, B., Muth, D., Raj, V. S., Vries, L. S.-D., Corman,
  V. M., Drexler, J.-F., Smits, S. L., El Tahir, Y. E., De Sousa, R., van
  Beek, J., Nowotny, N., van Maanen, K., Hidalgo-Hermoso, E., Bosch,
  B.-J., Rottier, P., Osterhaus, A., Gortázar-Schmidt, C., Drosten, C. és
  Koopmans, M. P. G. 2013. Middle East respiratory syndrome coronavirus neutralising serum antibodies in dromedary camels: a comparative serological study. The Lancet Infectious Diseases 13(10): 859–866
• Wolfe, N. D., Dunavan, C. P. és Diamond, J. 2007. Origins of major human infectious diseases. Nature 447(7142): 279–283
   

COVID-19: WHO összefoglalója a járványról

Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) kiadott egy Kínai-WHO közös összefoglalót (Report of the WHO-China Joint Missionon Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)). Ebből szemezgetek. Alant minden fordítás (dőlttel saját megjegyzéseim), de nem az egész dokumentumot fordítom le (40 oldal és sok része a Kínai intézkedésekről szól).
Egyes esetekben biztosan nem szakszerű az orvosi terminológia fordítása, ott bent hagytam az angol részt.
Az adatok február 20-ai állapotot tükrözik, a közlemény február 28-án (pénteken) jött ki.

---

A COVID-19 vírus egyedi az embert fertőző koronavírusok között abban, hogy egyszerre nagyon fertőzőképes, magas a halálozási rátája egyes rizikócsoportokban, és óriási társadalmi és gazdasági károkat okoz. A tervezés és felkészülés szempontjából úgy kell tekintetni, hogy a teljes emberiség fogékony a vírusra.

A fertőzöttek demográfiai jellemzői

A február 20-ig 55924 laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött eset alapján, a fertőzöttek életkorának mediánja 51 év (2 napostól a 100 évseig terjed a teljes intervallum). A legtöbb eset (77,8%) a 30–69 éves korosztályba tehető. A fertőzöttek 51,1%-a férfi.

A fertőzés lehetséges útjai

A COVID-19 cseppfertőzéssel terjed a fertőzött és a fertőzendő közeli, védelem nélküli érintkezésekor.

Levegőben való terjedést eddig nem jelentettek, és nem hisszük, hogy ez lenne a COVID-19 jellemző fertőzési útja a jelenlegi bizonyítékok alapján. Elképzelhető azonban a levegőben való terjedés, amennyiben egy egészségügyi intézményben bizonyos aeroszol előállító eljárásokat alkalmaznak. A vírus ürülékkel is távozhat, majd onnan a levegőbe kerülhet, és fertőző vírust mutattak ki néhány esetben, de nem ez tűnik az átadás jellemző módjának. Szerepét és jelentőségét még vizsgálják.

Otthoni vírusátadás

Kínában a vírus átadása (a fertőzés) jellemzően családon belül történik. A Kuangtungból és Szecsuánból jelentett 1836 esetből 1308 besorolható 344 csoportba, amelyből 78%–85% családi  csoport. Bár még az otthoni fertőződési rátákat vizsgálják, de az előzetes eredmények alapján (Kuangtung-ból) a másodlagos támadási rátára a becslés 3-10%.
Ez az a valószínűség, hogy valaki megkapja a fertőzést, ha egy háztartásban van egy fertőzöttel. Ennél magasabb valószínűséget is láttam, igaz az alig fél tucat közös étkezés során való átadásról ír.

Fogékonyság

A COVID-19 egy újonnan azonosított kórokozó, és nincs ismert, meglevő immunitás ellene emberekben. Az eddigi, Kínában tapasztalt járványtani jellemzők alapján mindenkit fogékonynak (fertőzhetőnek) kell tekintenünk, bár egyes rizikófaktorok növelhetik a fertőződésre való hajlamot. Ezt tovább kell tanulmányozni, ahogy azt is, hogy van-e semlegesítő immunitás a fertőzésből való felépülést követően.

Fertőzés / vírusátadás dinamikája

Az sokat emlegetett R₀ 2–2,5 ami azt jelenti, hogy egy fertőzés átlagosan hány új fertőzöttet generál egy teljesen fogékony és jól keveredő populációban. Ez a terjedési ráta kezdetben és óvintézkedések nélkül értendő.

Gyerekek

A 18 vagy fiatalabbakról rendelkezésre álló adatok alapján alacsony a "támadási ráta" a körükben, a jelentett esetek 2,4%-a. Vuhanban a rendszeres influenzatesztek újraelemzésekor ebből a korcsoportból senkit nem találtak fertőzöttnek november-december időszakban és január első két hetében. A rendelkezésre álló adatok alapján nem lehet megállapítani, hogy mennyire elterjedt a gyerekek körében a fertőzés, és hogy milyen szerepük van a fertőzés terjedésében. Az sem egyértelmű, hogy kevésbé fogékonyak vagy a betegség máshogy hat rájuk (a betegség lefolyása általában enyhébb náluk). Az összefoglalón dolgozók (van egy Joint Mission nevű panel, de ezt a nevet nem tudom értelmesen lefordítani) azt hallották, hogy a fertőzött gyerekeket zömében a fertőzött felnőttek kapcsolatainak feltérképezésekor találták meg. Megjegyezendő, hogy akikkel beszélt a panel, nem emlékeznek olyan eseményre, amikor a fertőzés gyerekről felnőttre terjedt volna.

Tünetek

Az 55924 laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött eset alapján a tipikus jelek és tünetek a következőek: láz (87,9%), száraz köhögés (67,7%), fáradság/kimerültség (38,1%), köpet termelés (mifelénk slejmnek hívják) (33,4%), légszomj (18,6%), torokfájás (13.9%), fejfájás (13,6%), izom- és ízületi fájdalom (14,8%), hidegrázás (11,4%), hányinger és hányás (5,0%), orrdugulás (nasal congestion) (4,8%), hasmenés (3,7%), vér felköhögése (hemoptysis) (0,9%), és bevérzett szemek (conjunctival congestion) (0,8%).

A COVID-19-ben szenvedő betegek a fertőzést követően általában 5-6 napon belül (átlagosan 5-6 nap, a teljes intervallum 1-14 nap) mutatják a tüneteket, beleértve az enyhe légzőszervi tüneteket és a lázat.

Egy esetet szoktak emlegetni 27 napos lappangással, illetve egyet 24 és egyet 19 napossal. A WHO fenntartja, hogy a lappangás legfeljebb két hét.

Betegség lefolyása

A legtöbb COVID-19-ben szenvedő személy enyhe lefolyású betegségen esik át és felépül.

Körülbelül a laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött esetek 80%-ban a betegség enyhe vagy mérsékelt, amiben van tüdőgyulladásos és nem tüdőgyulladásos eset is. Az esetek 13,8%-ban a betegség súlyos (légszomj, légzésvételi gyakoriság 30/percnél magasabb, a vér oxigéntelítettsége ≤93%, PaO2/FiO2 arány <300, és/vagy a tüdő teljes felszínének több mint 50% valami oda nem illővel telített (>50% of the lung field within 24-48 hours). Az esetek 6,1%-a kritikus (légzési elégtelenség, szeptikus sokk, és/vagy több szerv elégtelensége/működésképtelensége). Teljesen tünetmentes fertőzésről is van jelentés, de azon igen ritka esetekben, amikor a fertőzés azonosításakor az illető még tünetmentes, később általában kialakul a betegség. A ténylegesen tünetmentes fertőzöttek arányát nem ismerjük, de relatíve ritka lehet és nem tűnnek a fertőzés terjedésének meghatározó okozóinak.

A súlyos betegség és halál leginkább a 60 évesnél idősebbeket veszélyezteti és azokat, akiknek meglevő betegségeik vannak, mint magas vérnyomás, cukorbetegség, szív és érrendszeri betegség, krónikus légúti betegség és rák. A betegség gyerekekben ritka és enyhe, az összes jelentett eset 2,4% származik 19 év alatti személytől. Igen kis részüknél válik súlyossá (2,5%) vagy kritikussá (0,2%) a betegség.

Február 20-án laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött 55924 esetből 2114 halt meg  (durva halálozási arány, crude fatality ratio 3,8%). A halálozási ráta erősen függ a helytől és az járvány kiterjedésétől (pl. 5,8% Vuhanban és 0,7% Kína más területén). Kínában a halálozási ráta magasabb volt a járvány elején (17,3% a tünetek január 1-ei kezdetekor) és 0,7%-ra csökkent a február 1 utáni betegség kezdettel. A panel megjegyzi, hogy az egészségügyi szolgáltatás jelentősen javult a járvány alatt. Azaz a halálozási ráta nagyon függ az egészségügy fejlettségétől és kapacitásától.

A jelenleg elérhető előzetes adatok alapján a betegség kezdetétől a klinikai felépülésig eltelt idő medián értéke enyhe esetben körülbelül 2 hét, súlyos és kritikus esetekben pedig 3-6 hét. Az előzetes adatok alapján a kezdetektől 1 hétre alakul ki a súlyos betegség, beleértve a légszomj (hypoxia) is. Az elhunytak körében a tünetek jelentkezésétől a halál beálltáig 2-8 hét telt el.

Mit tegyünk?

1. Vedd figyelembe, hogy a COVID-19 egy új és aggodalomra okot adó betegség, amelynek járványa a megfelelő intézkedésekkel kezelhető és a betegek túlnyomó többsége felépül.
2. Már most kezd el a gyakori kézmosást és köhögés/tüsszentés esetén a szád eltakarását, ami a legfontosabb megelőző tevékenység.
3. Figyeld a híreket és saját magadon a tüneteket (pl. magas láz és száraz köhögés), egyre többet tudunk a járványról, így ennek fényében változik a stratégia és a szükséges válaszlépések
4. Légy kész, hogy támogasd a COVID-19-re adandó válaszokat a legkülönbözőbb módokon, legyen az egy szigorúbb "szociális távolság" tartás vagy a veszélyeztetett idősek segítése.

COVID-19 és a gazdaság: Az összeesküvéselméleteknek még mindig semmi értelmük

A jelenlegi adatok alapján 79 ezren fertőződtek meg az új koronavírussal (SARS-CoV-2) és 2400-an haltak bele a fertőzésbe (az azzal járó tüdőgyulladásba és általános legyengülésbe). A világ továbbra is aggódva figyeli az eseményeket, főleg mert egyre több halálos áldozatról van tudomásunk Kínán kívülről.

Mivel a fertőzöttek száma túl van azon a határon, ami emberi ésszel felfogható, innentől már csak a nagy számot látjuk. Ez tovább erősítheti az összeesküvéselméletek híveit. Mivel próbálok minél több híradást olvasni a járvánnyal kapcsolatban, bizony belefutok a fura elképzelésekbe is.

Kína hazudik, ennyi emberért nem zárná le a gazdaságát. Biztosan már milliók haltak meg.

Mivel a halál végleges, így természetesen azt a számot nézzük alapvetően. Egy járvány viszont területi szinten nem a pár ezer halálos áldozat miatt problémás. Hupej tartományban, és persze leginkább Vuhanban tízezrek vannak kórházban. Azaz a szokásos sokszorosára emelkedett a kórházi ápolásra szorulók száma. Amennyiben nem kapnák meg a megfelelő kezelést, a halálozás is magasabb lenne. Továbbá, ha Kína nem próbálja meg megállítani a vírus terjedését, az leginkább a saját országát fogja érinteni. Hupej az ország közepén van, jelentős kereskedelmi csomópont, így onnan nagyon egyszerűen tovább terjedhet a járvány (ahogy terjed is). Kína gazdasága, de az egész világgazdaság megérzi a mostani leállást. Képzeljük el, ha ez a járvány szabadon tombolhat végig egész Kínán! Nem az a kérdés, hogy 1% vagy 4% a halálozási ráta. Az a kérdés, hogy mennyi munkaóra esik ki.

Magyarországon betegszabadságra nem igen szokás járni, sőt egyre kevésbé vesszük igénybe ezt (KSH), de így is átlagosan körülbelül 10 munkanap esik ki. Amerikai adatok alapján egy influenza megbetegedés miatt átlagosan 3,7–5,9 nap marad ki (Keech & Beardsworth 2008). Ez országos szinten már több millió munkanap kiesés jelent itt Magyarországon, ahol kevesebb ember él, mint Vuhanban! Ez Amerikában és Európában is milliárdos (dollárban és euróban) költséget jelent (Gasparinin et al. 2012; Klepser 2014). Egy ország reakcióját e szerint is kell megítélni.

A gazdasági racionalitás alapján is érdemes Kínának a járvány terjedését gátolni.

Irán hirtelen 28 fertőzöttet és 2 halottat ismert el (ez ma már 56 fertőzött és 8 halott, azaz Hepejen kívül a 3. legtöbb halálos áldozat). Nem tudni, hogy eddig nem ismerték fel a betegséget (ami egy influenzaidőszak közepén érthető lenne) vagy próbálták titkolni az esetleges járványt. Ez utóbbi is érthető lenne. Így is van pánik és a gazdaság meg fogja sínyleni. És a gazdaság sokkal jobban meg fogja sínyleni, mint önmagában a betegség tenné. A pánik hozadéka, hogy bizalmatlanok vagyunk az adott ország termékeivel szemben, akkor is, ha ennek biológiai alapja nincs (nem marad fertőzőképes a vírus egy több napos szállítást követően, sőt órákat sem bír ki¹). Továbbá a turizmus is csökkenni fog, aminek újból van gazdasági következménye. Olaszország ma bejelentette, hogy felfüggeszti a velencei karnevált...

A fertőzés kiterjedését mutató naponta kétszer frissülő adatsor és térkép. Forrás itt.

Továbbá van olyan tanulmány, ami szinte biztosra veszi, hogy Indonéziában is van fertőzött, miközben az ország ilyet nem ismer el. A vélelmezés nem jelenti, hogy van fertőzött egy adott országban! Viszont egyértelmű, hogy van alapja annak, hogy egy ország eltitkolja a fertőzés tényét. Csak nem azért, amiért az összeesküvés elméleteket kedvelők képzelik.

Nem a halálozási ráta túl magas, hanem a gazdasági költség.

Viszont, amint egy fertőzöttet bevallottak, onnan mindegy, hogy hány fertőzött van a külső megítélés szempontjából. Figyeljük meg, hogy Európa területével majdnem azonos nagyságú Kína, amelynek lakossága Európa sokszorosa, számunkra egy nagy massza. Mindentől rettegünk, ami onnan származik. Miközben Európában országra lebontva figyeljük az esetek számát, a tőlünk távoli helyek egybeolvadnak. Csinghaj tartományban alig van fertőzött és azok is mind már meggyógyultak.



Bár sok helyen próbálják hangsúlyozni, hogy az ismert fertőzött turista, nem helyi, tehát helyben nincs probléma, a fertőzések terjednek. Van ahol úgy tűnik tudják kezelni a helyzetet és van ahol elszabadult a fertőzés. A mozgás korlátozása viszont mindenhol elemi érdek!

1 Erre a vírusra vonatkozólag nem tudjuk mennyi ideig marad fertőzőképes különböző felületeken. A becslés más hasonló vírusok ismeretéből ered.

Hivatkozott irodalom

• Keech, M. és Beardsworth, P. 2008. The impact of influenza on working days lost. PharmacoEconomics 26(11): 911–924
• Klepser, M. E. 2014. Socioeconomic impact of seasonal (epidemic) influenza and the role of over-the-counter medicines. Drugs 74(13): 1467–1479
• Gasparini, R., Amicizia, D., Lai, P. L. és Panatto, D. 2012. Clinical and socioeconomic impact of seasonal and pandemic influenza in adults and the elderly. Human Vaccines & Immunotherapeutics 8(1): 21–28

COVID-19: Egyre több fertőzött, de nem a vírus lett jobb

Először is már nem kéne Vuhan vírusnak hívnom a vírust, mert kapott egy saját nevet a Vírustaxonómia Nemzetközi Bizottságától (ICTV). Ez a nemzetközi kutatókból álló csapat hagyja jóvá a vírusok neveit.

A vírus hivatalos neve a SARS-CoV-2.

A SARS név, ami egy korábbi koronavírus neve, a "severe acute respiratory syndrome" kifejezésből ered, ami annyit tesz, hogy "súlyos akut légzőszervi szindróma". Ez a vírus által okozott betegségre utal. Ez amúgy jellemző a vírusnevekre. Egyes kínai kutatók szerint a névválasztás nem túl szerencsés (szerintem sem). A SARS koronavírusnak nem közeli rokona az új vírus, és nem szabadna a fejekben a kettőnek keverednie. A 2002-2003-ban kiteljesedő járvány körülbelül 8000 embert fertőzött meg és 774 ember halt meg. A mostani vírus sokkal gyorsabban terjed (a jelenlegi állapot szerint majdnem 70 ezer fertőzött van), de kevésbé halálos. De nem árt tudni, hogy aki a SARS-CoV-2-től beszél, az a jelenlegi emberi koronavírus járvány vírusáról szól.

SARS-CoV-2 elektormikroszkópos képe. Forrás NIAID

Sok hírportál rosszul hozta le, hogy a vírus neve COVID-19. Nem az, az a járvány neve.

Az első kimutatott fertőzött Afrikában

Pénteken az első Afrikában levő fertőzöttet is azonosították Egyiptomban, az illető nem egyiptomi. Ezzel valóra váltak a félelmek, hogy a járvánnyal kevésbé megküzdeni tudó Afrikába is bekerül a vírus. Kutatók szerint (erről majd egy másik bejegyzésben részletesebben) eleve már régen megjelent Afrikában a vírus, de ott nem tudják kimutatni. Ez nem technikai kérdés, mintsem pénzügyi. A kimutatás lassú, költséges a beteg gyógyulásához nem járul hozzá (annyiban igen, ha tudják, hogy bakteriális vagy virális problémáról van szó), ellenben a járvány megfékezéséhez elengedhetetlen.

Akik figyelik a John Hopkins kórház által frissített adatokat, észrevehették, hogy február 13-án nagyot ugrott a megbetegedettek száma: 44 ezerről 59 ezerre emelkedett a fertőzöttek száma. Meg kell nyugodni, nem a vírus lett durvább.

A kínai egészségügy Hupej tartományban engedélyezte, hogy a légzési problémákkal, lényegében tüdőgyulladással orvoshoz kerülőket koronavírussal fertőzöttnek lehessen nyilvánítani a vírus kitenyésztése nélkül.

Az, hogy valakinek tüdőgyulladása van és ezzel kórházba kerül nem jelenti, hogy a SARS-CoV-2-vel fertőződött. Azt előbb ki kell mutatni. Ott ahol kevés az eset, ezt az eljárást végig is viszik, de Hupej tartományban ez túl lassú Ugyanis, ha a valószínűleg koronavírussal fertőzötteket nem azonnal különítik el, illetve kezdik el kezelésüket, az a halálozást is növelheti, illetve a terjedés megfékezését nehezítheti.


Vírusokat lehet tenyészteni például sejtkultúrákban, és mikroszkóppal figyelni, hogy a sejtek szétesnek a vírussokszorozódás következtében. Ez a módszer viszont csak a vírus jelenlétét mutatná ki, sok esetben nem is alkalmazható. Modernebb technika, ha a vírus örökítőanyagát felszaporítjuk. Ehhez ismerni kell az adott vírust (ezért volt fontos, hogy a szekvenciáját megosztották). Ezt követően az egy reverz transzkripciós PCR-rel felszaporítható (azért a bonyodalom, mert RNS vírusról van szó). A keletkezett DNS (ezért reverz transzkripció, mert RNS-ről kell DNS-t másolni, míg a normál transzkripció során DNS íródik át RNS-sé) mennyiségét mérik. Amennyiben nincs a mintában a keresett vírus, úgy nincs mit felszaporítani, és nem keletkezik DNS. Ha van mit felszaporítani, akkor lesz DNS és az kimutatható.


Ez a módszer igen érzékeny. A SARS-CoV2 esetében a többi embert fertőző koronavírust, és más vírusokat nem mutat ki, ellenben a közeli, denevérekben megtalálhatóakat igen (lásd itt). Ez a módszer (nagyon felületesen), és ennek eredményére kell várni, hogy a fertőzést biztosan kimutassák. Az új vírus esetében a világ többi táján fontos, hogy biztosan kimutassuk a vírust!


Magyarországon a 6. héten több mint 30 ezer ember kereste fel orvosát influenzaszerű tünetekkel. Ezeket különböző influenzavírusok okozzák. Általában nem tudjuk meg, hogy pontosan mely vírus fertőzte a zömében gyermek megbetegedetteket, mert kevésnél kérik a kitenyésztést (indokolatlan is lenne). A magyar influenzahelyzetet azért írom sokszor le, hogy érzékeljük, hogy egy járvány milyen megbetegedésszámokat tud produkálni. Ez esetben lényegesen nagyobbakat, mint aminél a SARS-CoV-2 tart. Az új vírus viszont halálosabb a szezonális influenzánál, gyorsabban is terjed és újdonsága okán több figyelmet kap (ami egyrészt érthető és fontos, másrészt a média működésének mellékterméke).