COVID-19: Mikor találták ki hogy az legyen a neve hogy koronavírus?

Ezt a kérdést kaptam a VIBES YouTube videóm alatt ("régi" videó, még lezárás előtt készült)*. Erre a kérdésre van egy rendszertanász válasz. Bár nem vagyok rendszertanász, de szeretem a témát, és írtam egy picit vírusokról a könyvemben. Szóval hogy lesz elnevezve egy vírus, hogy lesz besorolva egy, ebben az esetben a koronavírusok közé?

Az első megismert koronavírus, bár akkor még nem így hívták, a madár fertőző hörghurut vírus (avian infectious bronchitis virus). A betegséget a 1930-as években írták le, a vírust 1937-ben izolálták (Beaudette & Hudson 1937). 1964-ben már elektormikroszkópos felvétel készült ilyen vírusról (Berry et al. 1964) és 1967-ben embert fertőző hasonló vírusokról is készül kép (Almeida és Tyrrell 1967). Ezek az eredmények, és hasonló viselkedésük okán merült fel, hogy ezen vírusok egy közös csoportba tartoznak.

Az embert fertőző 229E vírustörzs elektromikroszkópos képe Becker et al. 1967-es tanulmányából.

A korona a napkoronára utalás, és nem a királyi fejdíszre

A nevet 1968-ban vetették fel J. D. Almeida; D. M. Berry; C. H. Cunningham; D. Hamre; M. S. Hofstad; L. Mallucci; K. McIntosh; és D. A. J. Tyrrell virológusok (Nature 1968). Több vírus hasonlóan néz ki, hasonló méretű, RNS örökítőanyaggal rendelkeznek, van lipidburkuk és a sejtplazmában sokszorozódnak. Ilyen volt az akkor már ismert 229E emberi koronavírus (HCoV-229E) és a szintén embert fertőző B814-es vírustörzs (amiről nem tudjuk, hogy melyik ma ismert vírusnak felel meg, mert nem maradt belőle minta), az egér hepatitis vírus és az elsőnek leírt madár fertőző hörghurut vírus. Az ajánlás szerint az elektromikroszkópos kép alapján a vírusrészecskét a napkoronához hasonlónak találták, így egységesen a koronavírus nevet ajánlották a csoport elnevezésére. Akkor ez egy vírusnemzettséget jelentett.

A koronavírus elnevezés 1968-ból származik

A szabályok szerint a Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottságnak (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) kellett benyújtani ezt az ajánlást, ami 1975-ben vált az elfogadott nevezéktan részévé. Ekkor már az aktuális vírusrendszertan könyv (Peter Wildy 1971 Classification and Nomenclature of Viruses, 1st Report of the International Committee on Nomenclature of Viruses. Karger, Basel) így tartalmazza a csoport nevét, és az ICTV döntése is erre hivatkozik. A rendszertanban bevett, hogy bizottságok döntenek az elismert nevekről.

Coronaviridae család és Nidovirales rend

A linnéi rendszertanban a fajok nemzetségekbe (állatok esetén nemekbe), azok családokba, rendekbe és osztályokba sorolhatóak. Az élővilág rendszerezésénél jelenleg a vezérfonál az evolúciós leszármazás bemutatása. Vírusoknál viszont ilyen evolúciós kapcsolatokat nehéz bemutatni, mert igen gyorsan változnak, így hasonlóságaik elvesznek. A vírusok besorolása egyrészt az úgynevezett Baltimore osztályozáson alapult (Baltimore 1971), ami az örökítő anyag milyensége és az mRNS-hez vezető út alapján 7 csoportba sorolja a vírusokat. A koronavírusok az egyszálú + RNS vírusok körébe tartoznak. Ez azt jelenti, hogy örökítőanyaguk RNS, amely mRNS-ként funkcionálhat, azaz "értelmes" (+).**


Ezen fenotipikus osztályzáson kívül, ami nem jelent közös evolúció múltat, a vírusokat alapvetően családokba és nemzettségekbe osztották. Az 1975-ös ICTV döntés értelmében (Fenner 1976) a koronavírusok a Coronaviridae családba tartoztak. Akkor egyedüli nemzetségként a Coronavirus nemzetséget ismerték el. Később több nemzetségre osztották ezt (jelenleg 5 nemzetsége van) és 1996-tól bekerült a Nidovirales rendbe. A vírusokat ritkán osztották rendbe, csak, ha találtak a családok között valami hasonlóságot. A Nidovirales rendbe tartozó vírusok genetikai anyagában a 5' vég után mindig a replikáz enzimet kódoló régió jön, majd szerkezeti fehérjék és ezt követően egyéb segítő fehérjéket kódoló régiók jönnek. Ez az igen konzervált genomszerkezet alapján feltételezhető a közös eredet és így jogos az egy rendbe sorolás. Mára (2018-ban) a vírusrendszertan megirigyelte az élőlények rendszerének számos szintjét és bevezetett mindenféle szinteket (szerintem meggondolatlanul). Erről majd egy másik bejegyzésben írok.

A vírusok elnevezése nem követi a kettős elnevezést

A vírusok tudományos elnevezése nem követi a kettős elnevezést, ami a nemzettség- (genus) és a fajnévből (species) áll. Így az ember latin neve Homo sapiens, ahol a Homo a genus (állatoknál nem, csak azért, hogy bonyolult legyen), a sapiens pedig a fajt jelöli. A vírusoknak nincs ilyen nevük. Az első felfedezett vírus a dohánymozaikvirus, aminek a tudományos neve egyszerűen az angol neve "Tobacco mosaic virus". A vírusok neve ma is alapvetően arra a betegségre utal, amit okoznak.

A COVID-19 betegséget okozó vírus hivatalos neve: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

Az ICTV nem volt túlságosan fantáziadús az elnevezésnél (Gorbalenya et al. 2020): a fenti név fordításban Súlyos akut légúti szindrómával rokon koronavírust jelent, ami annyit tesz, hogy a vírus hasonló a 2002/03-ban járványt okozó SARS vírushoz (de az nem a legközelebbi rokona). A vírust a járvány elején 2019-nCOV-ként azaz 2019-es új koronavírusként nevezték, bár voltak, akik egyszerűen Vuhan vírusként emlegették (én is). Az ICTV mindenképpen el akarta kerülni a "kínai vírus" és az ezzel majdnem egyenértékű "Vuhan vírus" neveket. Ez egyszerűen politika. Van rá példa, hogy egy vírust földrajzi helyről neveznek el, például a Zika-vírus egy ugandai erdőről kapta a nevét. A SARS-CoV-2 viszont lássuk be fantáziátlan név és nagyon összekeverhető a SARS-al (SARS-CoV). Egy csapat kínai virológus például a HCoV-19 (Human coronavirus 2019) nevet javasolta (Jiang et al. 2020). De most már marad, amit kapott.


Szóval ez a "koronavírus" elnevezésének rövid története. Bár a média egyszerűen csak koronavírusként emlegeti, ez majdnem olyan, mintha az ember "valami főemlős" (emberszabású) címkével illetnénk. Olyan szempontból félrevezető, hogy négy embert is fertőző koronavírus szezonális náthát okoz, azaz sokunknak volt már koronavírus fertőzése, csak nem a SARS-COV-2-vel fertőződtünk.

* A kérdés nem csak az internet népét érdekelheti, mert bár ez a wikin is szerepel, de külön közlemény is van, ami a név eredetét felfedi (Henry 2020).
** Negatív értelmű (-) egyszálú vírusok esetében a vírus örökítőanyagát előbb másolni kell, és az így keletkezett komplementer szál működhet mRNS-ként.

Hivatkozott irodalom

• Beaudette FR & Hudson CB. 1937. Cultivation of the virus of infectious bronchitis. J Am Vet Med Assoc. 90:51–58.
• Berry, D. M., Cruickshank, J. G., Chu, H. P. és Wells, R. J. H. 1964. The structure of infectious bronchitis virus. Virology 23(3): 403–407
  
• Becker, W. B., McIntosh, K., Dees, J. H. és Chanock, R. M. 1967. Morphogenesis of avian infectious bronchitis virus and a related human virus (strain 229E). J. Virol. 1(5): 1019–1027
• Almeida, J. D. és Tyrrell, D. A. J. 1967. The morphology of three previously uncharacterized human respiratory viruses that grow in organ culture. J. Gen. Virol. 1(2): 175–178
  
• 1968. Virology: Coronaviruses. Nature 220(5168): 650–650
• Baltimore, D. 1971. Expression of animal virus genomes. Bacteriological Reviews 35(3): 235–241
  
• Fenner, F. 1976. The classification and nomenclature of viruses. J. Gen. Virol. 31(3): 463–470
• Gorbalenya, A. E., et al. 2020. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology 5(4): 536–544
• Jiang, S., et al. 2020. A distinct name is needed for the new coronavirus. Lancet 395(10228): 949
• Henry, R. 2020. Etymologia: Coronavirus. Emerging Infect. Dis. 26(5): 1027
  
  
  

Hihetetlenül felgyorsult a publikációs idő a járvánnyal kapcsolatos cikkeknél

A 2020-as év első 2,5 hónapjában, azaz január 1 és március 19 között megjelent, a COVID-19 járvánnyal vagy a SARS-CoV-2 vírussal kapcsolatos cikkek a benyújtás követő 9 nappal megjelentek (medián). A kutatási cikkeknél ez kicsit hosszabb volt (11 nap), az összefoglalóknál 13 nap, esettanulmányoknál 9 nap, és 7 nap minden más cikktípusnál (megjegyzés, perspektíva, vélemény, hírek, szerkesztői bevezető, stb.).

Ebből az időszakból 833 publikációt azonosítottam és dolgoztam fel. Ezekből 62 darab áttekintés/összefoglalás (7,4%), 136 kutatási eredmény (16,3%), 126 esetleírás (15,1%) és 509 egyéb típus (61.2%) (szerkesztői írás, hír, kitekintés, nézőpont, megjegyzés, vélemény, stb.). Az összes cikk medián elfogadási ideje 3 nap volt, a kutatási és összefoglaló cikkeknél 6 nap, esetleírásoknál 4 nap, egyéb cikkeknél 2 nap. Az írások tényleges megjelenéséhez további 4 napra volt szükség (kutatási eredményeknél 3,5 nap, esetleírásoknál 5 nap, összefoglalóknál 6 nap és egyéb cikkeknél 4 nap). Elmondható, hogy a publikációs sebesség a tízszeresésre nőtt a járvány elején a releváns cikkekre.

Ezek a száraz eredmények, itt most inkább a cikk történetéről írnék. Mert a tanulmányoknak van története is, de ezek nem jelennek meg a végleges formában, és általában ismeretlenek maradnak. Szóval ez egy a szokásos tématerületemen kívül eső tanulmány története:


Jogosan kérdezhetitek, hogy egy biológus miért ír publikálásról? Erre többféle válasz lehet, némelyik személyesebb, mások tudományosabban hangzanak.

Az írás egyfajta terápia is

Blogot is azért ír az ember, mert valamit ki akar írni magából. Az én szintemen ez nem pénzkeresés (ahhoz keveset írok és kevesen olvassák), csak egyfajta szellemi és lelki megnyugvás, hogy megoszthatom gondolataimat másokkal. Már január óta figyelemmel követem a járvány kiteljesedését és a tanulmányokat, amelyek kijönnek vele kapcsolatban. Némelyikről írtam is a blogomon, később a Qubiten is. Szóval kezdett némi olvasottságom lenni a témáról.


Aztán jött a karantén és az azzal járó mentális terheltség. Egyik napról a másikra itthon ragadtunk. Ha csak nekem kellett volna itthon lenni, és nem lett volna egyetemi oktatás, akkor ezt az időt nyugodt kutatással tölthettem volna. Az online oktatásról majd máskor (borzalmas), és ugye ott volt még az otthoni tanulás a gyerekeknél (amit átvett a nejem, mert én kb. egy hét után bedobtam a törölközőt, hogy ennek így nincs értelme a másodikos fiamnál). Ehhez adódott, hogy a munkahelyem megtiltotta, hogy a járványról engedély nélkül nyilatkozzunk és ha lehet inkább ne is nyilatkozzunk róla.


Szóval ott álltam sok cikk elolvasásával, amelyekről nem írhattam a nagyközönségnek, de tudományos tanulmányt mindig írhatok. Szóval tudományba kell csatornáznom az energiáimat.

Egy másik kutatásom rávilágított, hogy fontosak a publikálási idők

 
Az ősszel cikkeket gyűjtöttem emberi együttműködésről. Azok eredményeit szeretném összevetni gazdasági mutatókkal, de természetesen azon évből, amikor a kísérletet végezték. Viszont főleg a korábbi cikkek nem írják le, hogy mikor voltak a kísérletek. Egyedüli információ a cikk megjelenése és egyes esetekben az írásmű benyújtásának időpontja. A kísérlet biztosan ez előtt volt kivitelezve. Az ismert kísérleti és publikálási időkből próbáltuk becsülni, hogy a nem ismertek mikor voltak. Szóval az ősszel kénytelen voltam ilyen adatokat nézegetni.

Gondolkozz a dobozon kívül!

A fentebb említett őszi kutatást a Kőszegi Felsőbbfokú Tanulmányok Intézetében végeztem, amely intézet mottója, hogy gondolkozz a dobozon kívül (Think outside of the box!). Ez nagyjából azt jelenti, hogy a megoldás nem mindig azon kereteken belül van, amelyeket megszoktunk. Az én dobozom az evolúcióbiológia, elméleti biológia. Ezen gondolatvilágon belül a SARS-CoV-2-ről szekvenciaelemzést vagy esetleg valami járványtani modellt írhattam volna. De ezeket azok a csoportok, amelyek napi szinten ilyennel foglalkoznak gyorsabban tették meg és már márciusban is tömegével jelentek meg elméleti cikkek. Ez az út nem volt járható (bár dolgozunk egyfajta járványtani - evolúciós modellen olyanokkal, akik a számolás részében nagyon jók). És így jött az ötlet, hogy a publikációs viselkedésről írhatnék. Arról, hogy a publikáció volumene jelentősen megnőtt már voltak hírek, de a sebességéről még nem. Illetve mivel írtam már egy cikket publikációs kérdésekről (etikaiakról) így legalább tudtam merre fele kell olvasgatnom.

A "Big data" korát éljük

Olyan világban élünk, amelyben több az adat, mint amennyit fel tudunk dolgozni, meg tudunk érteni. Adat van, értelmeznünk kell őket. A cikkek beküldésének, elfogadásának és megjelenésének dátuma is ilyen adat. Az elméleti biológia, különösen a bioinformatika foglalkozik a nagy adatmennyiség feldolgozásával és elemzésével. Ilyen tekintetben ez a kutatás "testhezálló" volt számomra.

A publikációs folyamat most is pozitív élmény volt

Az adatok feldolgozásába március 4-én vágtam bele, a cikket április 8-án nyújtottam be, azaz kicsit több, mint egy hónap alatt kész volt az elemzés és a cikk megírása. Ez a legrövidebb tanulmány a részemről, pláne úgy, hogy teljesen egyedül végeztem.

A bírálási folyamat meglelően hosszú volt. Lényegében egy hónap múlva kaptam vissza a kéziratot bírálatokkal. Ez most lényegesen hosszabb, mint más járvánnyal kapcsolatos cikkeknél, de így is gyorsabb volt az átlagos időkhöz képest.

A bírálatok alapvetően pozitívak voltak, nem az alap adatokat és az elemzést kifogásolták, hanem annak prezentálását. Elsőre lényegesen bulvárosabbra fogtam a stílust, ami nem nyerte el a tetszésüket. Illetve kiegészítő adatokat kértek, amelyeket, ha megtaláltam boldogan beleírtam a cikkbe. Persze majdnem minden változtatáson képes az ember egy kicsit morogni. A helyesírási és nyelvtani hibák javításáért persze nem, sajnos az is maradt benne az első benyújtáskor. De vannak változtatások, amelyektől jobb lesz a cikk: jobban olvasható vagy teljesebb képet nyújt.

Bevallom ezen cikkel kapcsolatban legszívesebben kihagytam volna a megbeszélést. Tudományos közleményekben a bevezetés felveti a problémát és elhelyezi az eddigi ismeretekben. A módszer leírja, hogy mit csinált a szerző, míg az eredmények az elemzés kimenetelét mutatják be. Az újdonság lényegében idáig tart. A megbeszélés egy nehezebben megfogható rész. Ez hivatott bemutatni, hogy mit is jelent az új eredmény. Itt el lehet vetni a sulykot, és végül egy igen egyszerű elemzés végén beírni, hogy megoldottuk a világbékét IS. Illetve lehet az embernek olyan véleménye az eredmények kapcsán, amelyek nem következnek az adatokból, de azok utalnak rá.

Problémásan gyors lett a bírálati fázis

Egy tanulmány benyújtását követően a szerkesztőnek találnia kell 2-3 szakértőt, akik véleményt nyilvánítanak a tanulmányról. Néha ez is kihívás, volt olyan cikkünk, ami hónapokat állt, mert nem találtak senkit, akit elbírálná (szerintem a szerkesztő nagyon a témán kívül volt és nem ismert megfelelő embereket, akiket felkérhetett volna). A szakértőknek bár nem kell sok idő – nekem olyan 4–6 óra – egy bírálatra, de ezt valahogy bele kell illeszteni az amúgy is túlzsúfolt életünkbe (nekem most 2-3 bírálatot kéne elvégeznem a következő hetekben). Ez a része hosszú a folyamatnak, de ha értelmes bírálatot akarunk, akkor nem szabad siettetni. A siettetett bírálatok zöme egyszerűen elutasító, az a biztonságos, azért még nem hurcoltak meg senkit. Ezt követően vagy kell módosítani a szövegen, ami idő és utána újra ellenőriztetni kell a szakértőkkel vagy – jó esetben – elfogadott állapotba kerül a cikk. Az elfogadást követően jön az újság feladata, hogy a szöveget tördelje, felrakja a honlapra, stb. Ez technikai jellegű munka, elvileg akár gyors is lehet, illetve gyorsítható, hogy előbb lényegében formázatlan szöveg kerül fel, majd később a véglegesen betördelt. Az tehát, hogy ez a technikai idő lerövidült, nem meglepő és jó is lenne, pláne, amikor az információra azonnal szüksége van az orvosoknak, járványtanászoknak, döntéshozóknak.


Viszont a gyors bírálás, az esetleges negatív bírálatok kevéssé komolyan vétele, a cikkek gyors kiszórása okozhat olyan anomáliákat, hogy alapvetően rossz eredmények jelennek meg (ez különben is megtörténhet, de így még gyakoribb). Viszont nem bizonyítható, hogy bárki részéről direkt siettetés történt, vagy azért gyorsítanak be az újságok, hogy felüljenek a COVID-19 vonatra, ami most – a médiához hasonlóan – a tudományban is viszi a prímet. Valami ilyesmit írtam bele a következtetésekbe, ami még mindig benne van, bár igen óvatosan. Ami tény, hogy gyorsabb lett a bírálat. Hogy ez azért, mert a bírálók és a szerkesztők is tudják, hogy ezen emberélet múlhat vagy azért, mert ez jó az újságnak, azt nem lehet tudni. Lehet mindkettő, lehet cikkenként, újságonként és szerkesztőként eltérő a válasz. Véleményem van, de most akár magamba is tartottam volna.

A cikk pedig itt érhető el:

Kun, Á. 2020. Time to acceptance of 3 days for papers about COVID-19. Publications 8:30.

COVID-19: Egyre több fertőzött, de nem a vírus lett jobb

Először is már nem kéne Vuhan vírusnak hívnom a vírust, mert kapott egy saját nevet a Vírustaxonómia Nemzetközi Bizottságától (ICTV). Ez a nemzetközi kutatókból álló csapat hagyja jóvá a vírusok neveit.

A vírus hivatalos neve a SARS-CoV-2.

A SARS név, ami egy korábbi koronavírus neve, a "severe acute respiratory syndrome" kifejezésből ered, ami annyit tesz, hogy "súlyos akut légzőszervi szindróma". Ez a vírus által okozott betegségre utal. Ez amúgy jellemző a vírusnevekre. Egyes kínai kutatók szerint a névválasztás nem túl szerencsés (szerintem sem). A SARS koronavírusnak nem közeli rokona az új vírus, és nem szabadna a fejekben a kettőnek keverednie. A 2002-2003-ban kiteljesedő járvány körülbelül 8000 embert fertőzött meg és 774 ember halt meg. A mostani vírus sokkal gyorsabban terjed (a jelenlegi állapot szerint majdnem 70 ezer fertőzött van), de kevésbé halálos. De nem árt tudni, hogy aki a SARS-CoV-2-től beszél, az a jelenlegi emberi koronavírus járvány vírusáról szól.

SARS-CoV-2 elektormikroszkópos képe. Forrás NIAID

Sok hírportál rosszul hozta le, hogy a vírus neve COVID-19. Nem az, az a járvány neve.

Az első kimutatott fertőzött Afrikában

Pénteken az első Afrikában levő fertőzöttet is azonosították Egyiptomban, az illető nem egyiptomi. Ezzel valóra váltak a félelmek, hogy a járvánnyal kevésbé megküzdeni tudó Afrikába is bekerül a vírus. Kutatók szerint (erről majd egy másik bejegyzésben részletesebben) eleve már régen megjelent Afrikában a vírus, de ott nem tudják kimutatni. Ez nem technikai kérdés, mintsem pénzügyi. A kimutatás lassú, költséges a beteg gyógyulásához nem járul hozzá (annyiban igen, ha tudják, hogy bakteriális vagy virális problémáról van szó), ellenben a járvány megfékezéséhez elengedhetetlen.

Akik figyelik a John Hopkins kórház által frissített adatokat, észrevehették, hogy február 13-án nagyot ugrott a megbetegedettek száma: 44 ezerről 59 ezerre emelkedett a fertőzöttek száma. Meg kell nyugodni, nem a vírus lett durvább.

A kínai egészségügy Hupej tartományban engedélyezte, hogy a légzési problémákkal, lényegében tüdőgyulladással orvoshoz kerülőket koronavírussal fertőzöttnek lehessen nyilvánítani a vírus kitenyésztése nélkül.

Az, hogy valakinek tüdőgyulladása van és ezzel kórházba kerül nem jelenti, hogy a SARS-CoV-2-vel fertőződött. Azt előbb ki kell mutatni. Ott ahol kevés az eset, ezt az eljárást végig is viszik, de Hupej tartományban ez túl lassú Ugyanis, ha a valószínűleg koronavírussal fertőzötteket nem azonnal különítik el, illetve kezdik el kezelésüket, az a halálozást is növelheti, illetve a terjedés megfékezését nehezítheti.


Vírusokat lehet tenyészteni például sejtkultúrákban, és mikroszkóppal figyelni, hogy a sejtek szétesnek a vírussokszorozódás következtében. Ez a módszer viszont csak a vírus jelenlétét mutatná ki, sok esetben nem is alkalmazható. Modernebb technika, ha a vírus örökítőanyagát felszaporítjuk. Ehhez ismerni kell az adott vírust (ezért volt fontos, hogy a szekvenciáját megosztották). Ezt követően az egy reverz transzkripciós PCR-rel felszaporítható (azért a bonyodalom, mert RNS vírusról van szó). A keletkezett DNS (ezért reverz transzkripció, mert RNS-ről kell DNS-t másolni, míg a normál transzkripció során DNS íródik át RNS-sé) mennyiségét mérik. Amennyiben nincs a mintában a keresett vírus, úgy nincs mit felszaporítani, és nem keletkezik DNS. Ha van mit felszaporítani, akkor lesz DNS és az kimutatható.


Ez a módszer igen érzékeny. A SARS-CoV2 esetében a többi embert fertőző koronavírust, és más vírusokat nem mutat ki, ellenben a közeli, denevérekben megtalálhatóakat igen (lásd itt). Ez a módszer (nagyon felületesen), és ennek eredményére kell várni, hogy a fertőzést biztosan kimutassák. Az új vírus esetében a világ többi táján fontos, hogy biztosan kimutassuk a vírust!


Magyarországon a 6. héten több mint 30 ezer ember kereste fel orvosát influenzaszerű tünetekkel. Ezeket különböző influenzavírusok okozzák. Általában nem tudjuk meg, hogy pontosan mely vírus fertőzte a zömében gyermek megbetegedetteket, mert kevésnél kérik a kitenyésztést (indokolatlan is lenne). A magyar influenzahelyzetet azért írom sokszor le, hogy érzékeljük, hogy egy járvány milyen megbetegedésszámokat tud produkálni. Ez esetben lényegesen nagyobbakat, mint aminél a SARS-CoV-2 tart. Az új vírus viszont halálosabb a szezonális influenzánál, gyorsabban is terjed és újdonsága okán több figyelmet kap (ami egyrészt érthető és fontos, másrészt a média működésének mellékterméke).

COVID-19: médiaparadicsom

A bizonyítottan 2019-nCoV vírussal fertőzöttek száma közel 10 ezer és a halottak száma 200 felett van. A WHO kihirdette az egészségügyi vészhelyzetet. Európában Olaszországban és Svédországban is találtak fertőzött személyt.

Ezek a hírek a legkülönbözőbb formában és hosszal jellemzik a tegnapi napot. Minden napra több cikk is jut (Index mai termés 1, 2), talán a Qubit visszafogottabb, csak napi egy cikk van a témáról (29., 29., 30., 31.) (na jó nem, több van).

Az új járvány szenzáció és lehet róla írni

Vegyük észre, hogy ez most minden mást feledtet. Az Egyesült Királyság kilép az EU-ból. Nem erről kéne szólnia mindennek? Közben egy távoli országban levő tízezer (biztos) betegről írunk és olvasunk. Még akkor is, ha a fertőzöttek számát modell számítások alapján (itt és itt) 39–190 ezer közé teszik jelenleg Vuhanban, miért kéne pánikolnunk? A korábbi évek statisztikái alapján ez alatt az idő alatt többen haltak meg Hupei tartományban (ahol ugye Vuhan is van) közúti szerencsétlenségben, mint az új vírusfertőzés okozta tüdőgyulladásban. És mégsem a kínai utakról, autókról vagy vezetési stílusról beszélgetünk.

Könnyű belátni a veszélyét

Egy vírusjárvány problémáit egyszerű belátni. Emberek betegek lesznek, napokig rosszul vannak, nyomják az ágyat, egyesek akár kórházba is kerülhetnek. Lehet, hogy kicsit más a lefolyása, de betegséget már láttunk. El tudjuk képzelni. A vírus a távolság ellenére elérhet ide, hiszen már Európában is jelen van. A járványoktól félünk. Jó okkal. Ez evolúciós múltunk része. Járványok mindig is voltak. És mindig veszélyesek voltak (sőt, sokkal veszélyesebbek, mint most).

Rájátszik az idegenekkel szembeni előítéleteinkre

A járványok terjedése ellen lehet tenni. Például az idegen kizárásával. Ugye ez reflex rögtön beütött? Hirtelen minden ázsiai (még csak ne is szorítkozzunk kínaira) gyanús lett. A kínai büfés, akit minden nap látunk a boltjában, nem hordozza a vírust. Nem, hiszen minden nap láttuk, itt él már évek, ha nem évtizedek óta. Nem ment rokonokat látogatni karácsonykor, mert esetleg a kínai újévkor szerette volna ezt tenni. És különben is Csilinből származik, ahol 14 ismert fertőzött van (a 27 millió lakosból). A gyerek iskolájába járó másik "ferdeszeművel" mi van? Persze tudjuk, hogy a nagyszülei költöztek ide Vietnámból (ilyen távolságból apróságra nem adunk), de miért írná ez felül a jól beidegzett idegengyűlöletünket? Az indiaiakról ne is beszéljünk! Biztosan annak az 1 ismert fertőzöttnek a rokona (a több mint 1 milliárd lakosból) az aki szembe jött az utcán.

No és ott vannak a kínai áruk, amelyek biztosan fertőzöttek. Ne zavarjon a tisztánlátásban, hogy ezek a vírusok nagyjából órákat léteznek fertőző formában a szabadban, a most megkapott áru meg két-három hetet utazott. Persze ahol a vírusfertőzésre antibiotikumot eszünk, ne is lepődjünk meg ezen a gondolatmeneten (a baktériumok akár ki is húzhatnák azt a hajóutat).

És kiélhetjük az összeesküvés elméletek iránti beteges vonzódásunkat

Rossz információs buborékban élek. Én csak a cáfolatait olvasom ezeknek az elméleteknek. Gondolom, a hívők meg pont azokat nem. És miért ne hinnénk el minden rosszat a háttérhatalmakról meg a gyógyszerlobbiról? Lehetőleg egyszerre azt, hogy a teszteletlen oltásaikkal au..., aut..., auzi... (nem mindegy? valamit) okoznak, de ha a meg nem levő vakcináról azt állítják, hogy biztonságos kifejlesztéshez kell legalább egy év, akkor meg a gyógyszerlobbi szeretne így meggazdagodni. Értsd úgy, hogy nem elad, hanem vár. Mert a várakozás pénzt termel, de legalábbis rózsát. Venezuela is azért áll olyan jól anyagilag, mert bár tömegével adhatna el olajat, de inkább kivár (szarkazmus). Bill Gates meg biztosan azért pénzelte ezt a járványt, hogy megmutassa, ha minden emberen is Windows futna, akkor nem terjednének rajtuk számítógépes kórokozók. Vagy valami ilyesmi. A fene érti a háttérhatalmakat.

Végre lehet egy kicsit a reflektorfényben lenni

És a lényeg. Nem csak jól kommunikálható a probléma, hanem olyan világban élünk, ahol a figyelemért versengünk leginkább. Még mi kutatók is. A mi teljesítményünket is lényegében figyelemben mérik (tanulmányokra kapott hivatkozások). Nekünk is reklámozni kell magunkat és az intézményünket is. És miért ne lovagolnánk meg a trendeket? Az elmúlt hetekben több, mint 50 szakcikk jelent meg az új koronavírusról (lásd a Nature összefoglalóját itt). Önmagában persze az is indikatív, hogy a legnagyobb tudományos szaklap is folyamatosan frissülő hírben tudósít a járványról.

Továbbá minden kutató adhat a történetnek egy olyan vetületet, ami a saját/intézménye kutatási területének fontosságát mutatja. Ne feledjük, hogy ingyenélőnek lettünk titulálva egész 2019-ben, aztán most milyen jól jön, hogy valaki mégiscsak tudja értelmezni a világot. Például Kemenesi Gáborral készített interjú rendkívül higgadt hangvételben tájékoztat a helyzetről egy olyan kutató által, aki ilyen vírusokkal foglalkozik. Müller Viktor barátom az ELTE elméleti biológusa, akinek a kutatási területe is a járványok, betegségek evolúciója szintén a pánik ellen szólt. Jövő szerdán (febr. 5.) az MTA épületében fog előadni újságíróknak az új járványról és, hogy hogyan kéne ezt kommunikálni. (Csak megjegyzem, hogy én pedig a klímaváltozásról fogok előadni ugyanott, de az úgy sem érdekel sokakat.)

De szűkebb pátriám, az Ökológiai Kutatóintézet munkatársai is nyilatkoztak az ügyben. Evolúciótudományi intézetünk kórokozók evolúciójával is foglalkozik, amely kutatásokat Rózsa Lajos vezeti. Ő és Garamszegi László (az Ökológiai és Botanikai Intézet igazgatója) volt a vendége január 29-én az M5 ez itt a kérdés műsorának. Garamszegi László a VálaszOnline-nak is nyilatkozott az ügyben, kiemelve az intézményi tervünket, hogy egy megfigyelőszolgálatot üzemeltessünk be, amely a klímaváltozás okán hazánkba újonnan megjelenő kórokozókra figyelmeztetne.

Tehát tudunk kapcsolódni a témához és így a higgadt tájékoztatás felé tudjuk terelni a diszkurzust (pánikot egyetlen kutató sem keltett) és el tudunk oszlatni félreértéseket. És nem mellesleg megmutatjuk az országnak, hogy van értelme tudományra és kutatókra költeni.

Én is valami ilyen indíttatásból írom ezeket a bejegyzéseket. Evolúcióbiológiát oktatóként tanítom az új kórokozók emberre való átugrásának kihívásait és lehetséges következményeit (ez nagyjából 3 hét múlva lesz terítéken a tavaszi félévben, most majd időben közeli példával szemléltethetem a témát). Elméleti biológusként láttam már azokat a SIR alapmodellre (lásd egy korábbi bejegyzésemet erről a modellről itt) épülő egyenletrendszereket, amelyekkel a járvány lefutásának paramétereit becslik. És mivel ezt most aktuális (és nagyobb olvasottságot is generál), így más érdekes hírek háttérbe szorulnak (pedig gyülekeznek egy alkönyvtárba mindenféle íráskezdemények és egy másikba az érdekes szakcikkek, amelyekről írni kéne).

Köszönöm, hogy olvastok!

COVID-19: Emberről emberre terjed

A Nature folyamatosan frissülő beszámolója alapján több esetben, Kínán kívül is kimutatták az emberről-emberre terjedését a fertőzésnek. Bár a 8000 felett járó, bizonyítottan fertőzött beteg önmagában is jelzi, hogy ennyien nem biztos, hogy mind jelen voltak a vuhani halpiacon, a dokumentált emberről emberre átadás fontos mérföldkő a vírus megismerésében.

A fertőzés Afrikán és Dél-Amerikán kívül minden kontinensen jelen van. Európában Németországból, Franciaországból és Finnországból jelentettek megbetegedést.

Január 27-én (hétfőn) Japánból és Vietnámból adtak hírt emberről-emberre való átterjedésről. Egy kínaiakat szállító buszsofőr fertőződött meg Japánban. Vietnámban családon belül adódott tovább a vírus.

Január 28-án (kedden) egy német férfiről derült, ki hogy fertőzött. Ő egy Vuhanban járt kollégájától kapta el. Itt nagyon fontos a terjedési hálózat ismerete. A szóban forgó személy nem járt Kínában, de kapcsolatban volt valakivel, aki igen (és aki szintén fertőzött).

Január 30-án (csütörtökön) az USA-ban is dokumentáltak egy fertőzést, amely során egy Kínából hazatérő hölgy fertőzte meg férjét.

A Lancet orvosi folyóirat 24-én számol be egy esettanulmányban (Chan et al. 2020) a szencseni kórházban kezelt betegekről, akik emberről-emberre terjedés következtében fertőződtek meg. A betegek rokonokat látogattak december 29 és január 4 között Vuhanban. Egyikük sem járt a halpiacon és nem fogyasztott vadételt az ott tartózkodás során. A rokonok sem látogatták a halpiacot, de más piacot igen. Viszont közösen meglátogatták egy beteg rokonukat a vuhani kórházban. Ez lehetett a fertőzés színhelye. Érdekes, hogy a 7 éves kislány, aki szülei utasításának megfelelően végig maszkot viselt nem fertőződött meg, míg 10 éves bátyja, aki a maszkot levette, igen.

A vuhani betegek alapján a vírus alapvetően idősebb, más, meglevő betegségben legyengült embereket fertőz inkább (Chen et al. 2020). A fertőzöttek között több a férfi. A láz és a köhögés, mint tünetek, az esetek 80%+-ban jelen voltak. A kezelt betegek mind tüdőgyulladásban szenvedtek.

A fenti esetekben a betegeket letesztelték mindenféle ismert influenzavírusra, több légúti fertőzést okozó vírusra és baktériumra, valamint az új koronavírusra. Minden esetben ez utóbbit kimutatták. Egyes esetekben bakteriális felülfertőzést is azonosítottak.

Hivatkozott irodalom

• Chan, J. F.-W., Yuan, S., Kok, K.-H., To, K. K.-W., Chu, H., Yang, J., Xing, F., Liu, J., Yip, C. C.-Y., Poon, R. W.-S., Tsoi, H.-W., Lo, S. K.-F., Chan, K.-H., Poon, V. K.-M., Chan, W.-M., Ip, J. D., Cai, J.-P., Cheng, V. C.-C., Chen, H., Hui, C. K.-M. és Yuen, K.-Y. 2020. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. The Lancet, DOI:10.1016/S0140-6736(20)30154-9
• Chen, N., Zhou, M., Dong, X., Qu, J., Gong, F., Han, Y., Qiu, Y., Wang, J., Liu, Y., Wei, Y., Xia, J. a., Yu, T., Zhang, X. és Zhang, L. 2020. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet, 10.1016/S0140-6736(20)30211-7

COVID-19: jobb félni, mint megijedni

Vuhan (egy 11 milliós város Kínában) most sokszor szerepel a világsajtóban, mert egy új vírus ütötte fel a fejét a halpiacán. A vírus valamilyen vadon élő állatról került át az emberre, feltételezések szerint kígyóról (ezt a tudósok jelentős része vitatja, ez a vírus eddig emlősökben és madarakban volt csak kimutatható), amit ugye ott esznek (Kínában én is megkóstoltam a sült kígyót, nagyon sok éve volt és Pekingben). A vírus biztosan terjed emberről emberre is, erre utal, amikor kórházi dolgozók is elkapják. Ők ugyanis valószínűleg az ápoltaktól kapták el és nem valami egzotikusabb hússal való érintkezés vagy annak fogyasztása okán.

Az új koronavírus elektromikroszkópos felvételen. Az elnevezés onnan ered, hogy a vírionon található fehérjekitüremkedések következtében kinézete egy napkorongra hasonlít.

Az első fertőzések decemberben lehettek. Január elején még pár tucat fertőzöttről adtak hírt Kínában. Jelenleg (január 23-án) 618 fertőzöttet tartanak nyilván a világban, amelyből 17 halt meg. Ez 2,8%-os halálozási ráta.

Vuhan igen kiterjedt légi és vasúti kapcsolatokkal rendelkezik. Párizsba, Londonba, Moszkvába, Rómába és Isztambulba is van közvetlen járat onnan, hogy csak a közelieket említésem. A vírust Kínán kívül, ahol majdnem minden tartomány érintett, Thaiföldön, Japánban, Dél-Koreában, Taiwanon és az USA-ban mutatták ki. Az USA-ban január 21-én azonosították az első beteget, ezzel egy új kontinensen is megjelent a vírus. Európát 25-én érte el, amikor három fertőzött személyről adtak hírt Franciaországban.

Az emberre újonnan átkerült vírus egy úgynevezett koronavírus, egy egyszálú RNS örökítőanyagból, vírusburokból és membránból álló csomagocska, ami igen beteggé tud minket tenni.

A Vuhanból közvetlenül elérhető repterek a Flightradar 24 alapján.

A tudományos világ is – ahogy az ilyen esetekben mindig – feszülten figyeli a fejleményeket. Több rangos tudományos folyóirat részletesen és gyakran frissülve számol be az eseményekről (lásd pl. a Nature-ban). A fentiek az eddigi száraz tények.

Miért is kell most pár száz beteg ember miatt izgulni?

Teljesen jogos a kérdés, hogy miért is érdekel pár száz, nagyjából megfázásos tüneteket mutató ember? Viszonyítási alapként legyen itt pár adat. Egy-egy influenza szezonban itthon tízezrek fordulnak orvoshoz, ami még mindig csak egy része a tényleges fertőzötteknek (én is próbálom lábon kihordani, mert vizsgákat és határidőket nem lehet lemondani betegség miatt...). Például a múlt héten 12370 fő kereste fel háziorvosát influenza szerű tünetekkel. És bár minden évben végigsöpör rajtunk, nem tartjuk egy kimondottan halálos betegségnek. Egy-egy szezonban 389 ezer (294–518 ezer) ember haláláért felelős világszerte az influenza-szerű megbetegedés (Paget et al. 2019). Azaz nagyjából olyan halálos, mint a malária, ami 2018-ban (WHO) 228 millió fertőzött mellett 405 ezer halálos áldozatot szedett.

A 2018/2019-es téli influenza szezon lefolyása a megbetegedettek számával (kék görbe) 100 ezer emberre vetítve (forrás ANTSZ). Ha nagyjából 10 millióan vagyunk (már nem, de úgy könnyebb számolni), akkor a bal oldali Y tengely százszorosa az egész országra vonatkozó betegszám.

A történelmi rémképek

A világtörténelemben a leggyorsabb lefolyású, legtöbb halálos áldozatot követelő járvány a spanyolnátha volt, ami 1918–1920 között becslések szerint 500 millió embert betegíthetett meg és 50–100 millió ember haláléért felelős. Ez az akkori lakosság 3–5%. Ez az az influenzajárvány, amelynek megismétlődésétől mindig rettegünk. Az emberiség negyedét betegítette meg, miközben messze nem volt annyira összekötve a Föld lakossága, mint most. A spanyolnátha rémképe az, ami miatt minden új, influenza szerű járványt nagyon komolyan kell vennünk.

A spanyolnátha számomra csak egy történelmi adat, nem sokban különbözve a fekete haláltól: mindkettő régen volt. De (potenciálisan) veszélyes járványból a saját életemből is lehet példát hozni. Az első ilyen példa a 1997-es H5N1 madárinfluenzavírus volt, ami átterjedt emberre. Fertőzéseket később is kimutattak és emberről-emberre való terjedése is dokumentált. Járványt még szerencsére nem tudott okozni. Mortalitási rátája 60% lenne. Járványként ez a vírus, ha megfertőzte volna az emberiség negyedét és 60% belehal, akkor 870 millió ember halálát követelte volna (1997-ben nagyjából 5.8 mrd ember élt a Földön).

A 2002–2003-as SARS járványt a vuhanihoz hasonló vírus okozta. A SARS kb. 8000 embert fertőzött meg, akiknek a 9,6%-a halt meg a fertőzéssel járó betegségben. Ez a vírus szintén egy koronavírus, így félő, hogy a mostani is képes lesz sokkal több ember megbetegítésére. A fertőzés kordában tartása a SARS esetében sikeres volt.

A 2009-es H1N1/09, közismertebb nevén sertésinfluenza, járvány a Föld lakosságának 11–21%-át fertőzhette meg (Kelly et al. 2011) és a hivatalos kb. 150–180 ezerhalálos áldozattal szemben akár fél millió ember is meghalhatott (Dawood et al. 2012). Ezen járvány különlegessége az volt, hogy zömében a fiatalabbakat támadta, miközben a szokásos influenzajárványok inkább az idősebbeket érintik. Tehát a virális hasonlóság és a tünetek egyezése ellenére merőben más hatása lehet. A jelenlegi járványban az eddigi halálos áldozatoknak mind volt valamilyen meglevő betegsége. De a H1N1 járvány példája mutatja, hogy egy új vírus támadhatja akár az erejük teljében levő ifjúságot. Képzeljünk el egy spanyolnáthához hasonlatosan virulens kórokozót, ami jellemzően a 18–25 korosztályból szedné az áldozatit. Belegondolni is borzalmas, hogy milyen világot hagyna maga után egy ilyen járvány.

Kell pánikolni?

Tehát adott egy betegség, ami minden évben végigsöpör az egész bolygón, ritkán, de súlyos szövődményei vannak (vírusos tüdőgyulladás, illetve felülfertőzés következtében bakteriális tüdőgyulladás), ami éves szinten fél millió ember haláláért felelős. És most jött egy új vírus (nem influenza, tünetei hasonlóak), ami éppen csak átugrott egy állatról az emberre. Meg tudta betegíteni az embert és úgy tűnik képes emberről-emberre terjedni. És az influenzáról tudjuk, hogy gyorsan terjed. A Föld lakossága olyan mértékben össze van kötve, hogy bármely vírus nagyon gyorsan az egész glóbuszon minden zugába eljuthat.

Bár volt némi ködösítés a fertőzés körül, maguktól a kínaiaktól is egyre többet lehet tudni az esetekről. Például az első 41 kórházban kezelt esetről részletes leírás jelent meg a Lancet-ben. A teljes genomját megszekvenálták és hozzáférhetővé tették (lásd itt). Így lehetőség van a vírus pontos kimutatására. Eddig jól vizsgázik a rendszer és az információáramlás példás.


Pánikolni nem kell! Nem is szabad. Jó tudni az eseményekről és észben tartani, hogy lehet probléma. Mint minden influenzaszerű megbetegedés esetén fontos, hogy mossunk kezet és arcot, ha lehet kerüljük a nagy embertömeget (tudom nehéz), ha elkaptunk valamit, akkor heverjük ki és ne próbáljuk meg lábon kihordani (bagoly mondja...).

Hivatkozott irodalom

• Kelly H, Peck HA, Laurie KL, Wu P, Nishiura H, Cowling BJ (2011) The age-specific cumulative incidence of infection with pandemic influenza H1N1 2009 was similar in various countries prior to vaccination. PLoS ONE 6(8): e21828 
• Dawood et al. 2012. Estimated global mortality associated with the first 12 months of 2009 pandemic influenza A H1N1 virus circulation: a modelling study. Lancet Infectious Disease 12:687–695
• Paget, J., Spreeuwenberg, P., Charu, V., Taylor, R. J., Iuliano, A. D., Bresee, J., Simonsen, L., Viboud, C., Global Seasonal Influenza-associated Mortality Collaborator Network és GLaMOR Collaborating Teams*. 2019. Global mortality associated with seasonal influenza epidemics: New burden estimates and predictors from the GLaMOR Project. Journal of Global Health 9(2):020421
• Gralinski, L. E. és Menachery, V. D. 2020. Return of the coronavirus: 2019-nCoV. Viruses 12(2): 135