Horizontális géntranszfer fűfélék között

A horizontális géntranszfer során egy másik fajú egyedtől szerez genetikai anyagot egy egyed. Ez markánsan eltér a megszokott és általános génátadástól, ami a szülőtől a gyermek felé történik. Baktériumok körében viszonylag gyakorinak tűnik a horizontális géntranszfer, az antibiotikum rezisztencia kialakulása mögött is ilyen folyamatok vannak. Magasabb rendű élőlények, így növények körében ritkább ez a fajta génátadás, de pár példát ismerünk. Ezek jellemzően gazda és növényi parazitája közötti géncserék.

Fűfélék között is lehet horizontális géntranszfer.

A perjevirágúak (Poales) rendjébe, a perjefélék (Poaceae) családjába és a kölesfélék (Panicoideae) alcsaládjába tartozó Alloteropsis semialata egy Afrika, Ázsia és Óceánia trópusi és szubtrópusi régiójában elterjedt növény. Ennek a növényfajnak egyik alfaja képes az úgynevezett C4-es növényekre jellemző fotoszintézisre, míg egy másik alfaja nem. A képességet minden bizonnyal horizontális géntranszferrel szerezte meg (Christin et al. 2012) egy muharfajból (Setaria) Dél-Afrikában és Themeda quadrivalvis fajtól Ausztráliában. Úgy tűnik ez a növény kimondottan könnyen szerez magának géneket más fűféléktől.

Alloteropsis semialata

A növény teljes 750 millió bázispár hosszú genomjának szekvenálását és összeállítását (manapság egy új faj genetikai anyagának meghatározása nem olyan nagy esemény, mint tíz évvel ezelőtt!) követően megvizsgálták, hogy van-e jele további horizontális géntranszfernek (Dunning et al. 2019). Először megnézték, hogy van-e olyan gén a 22043 darab azonosított gén között, amely valamely más zárvatermő génjére jobban hasonlít, mint a fajtársak vagy az egy nemzetségbe sorolt növények génjéhez. Ilyet nem találtak. Ezt követően a fűfélék körében folytatták csak a vizsgálatot. Olyan géneket kerestek, amelyek hasonlóbbak valamely távolabbi, megszekvenált fűféle génjéhez, mint a saját fajon belüli szekvenciákhoz, vagy a nemzetségen belüli szekvenciákhoz (a kettő összehasonlítás mást mond, mert lehetett a nemzetségen belüli diverzifikáció során is horizontális géntranszfer és a faj elterjedése során is). Így 1148 potenciálisan horizontális géntranszferrel szerzett gént azonosítottak. Ebben viszont még biztosan sok nem valódi átvett gén van. Például, ha egy gén elveszett a rokon fajokból, akkor az úgy tűnhet mintha máshonnan származó lenne.

A további finomításhoz rendszertani ismereteket vettek elő. A rendszertan renoméja nem túl jó. Egyfajta telefonkönyvként tekintenek rá, pedig maga a rendszerezés és az így kapott filogenetikai törzsfák a mai evolúciós és molekuláris vizsgálatokban szinte mindig előjönnek. Az evolúcióbiológiai szakirodalom olvasása közben bizony elég gyakran merenghetek törzsfák felett. Szóval az adatbázisokból előszedek 200 gént, ami egyszer fordul elő a növénygenomokban és minden ismert genomú fűfélében megvan. Ebből lett egy törzsfa, ami jobbára megfelel annak, amit ma gondolunk a fűfélék rendszertanáról. Ez a törzsfa lesz az alap, amihez hasonlítjuk a potenciálisan horizontális géntranszferrel megszerzett géneket.

Ez egy törzsfa a perjefélékre (azokra, amelyeknek a teljes genomját ismerjük). A BEP és a PACMAD a két nagy csoport a füveken belül. Az elsőbe tartozik a rizs (Oryza sativa), a búza (Tricitum aestivum) és az árpa (Hordeum vulgare). Ezek a növények mind a C3-as fotoszintetikus módot alkalmazzák. A másodikba tartozik a vizsgált növényünk és olyan ismert fajok, mint a kukorica (Zea mays), a tarka cirok (Sorghum bicolor), a teff (Eragrostis tef) vagy az olasz muhar (Setaria italica). A vastagon szedett fajok teljes genomja ismert, a többiből csak a kifejezésre kerülő gének szekvenciája. Sárga keretben van az Alloteropsis semialata, a vizsgált fajunk. A piros (vagy piros-kék) nyilak lehetséges géntranszfereket mutatnak a piros keretes kládokból.

És akkor most vegyük azoknak a géneknek a kladogramját, amelyek talán más növényből kerültek az A. semialata-ba. Amennyiben a gén egy meglevő, a rendszertanban jól ismert kládon belül levőnek tűnt úgy megtartották, amennyiben csak testvérkládja volt, úgy elvetették. Így végül 55 horizontális géntranszfer jelöltet tartottak meg.

Szemléltetése a módszernek. A konszenzus törzsfa az, ami az össze rendelkezésre álló információból együttesen jön ki. Legyen ez a bal oldali kladogram. Kék pöttyel jelöljük a vizsgált fajt. Amennyiben egy génre készített törzsfa megegyezik a konszenzus törzsfával (és zömében ezt várjuk), úgy az horizontális géntranszfer nélkül evolválódott. A horizontális géntranszfer (HGT) ismérve, hogy a vizsgált gén jobban hasonlít valami más csoport génjéhez, mint a saját rokonsági körének génjeire. Potenciálisan a középső és a jobb oldali ábrán pirossal jelölt a vizsgált fajból eredő gén is lehet HGT-vel szerzett. Viszont a jobb oldali ábrán egy nem túl ismert (kevés szekvenciát tartalmazó) csoport testvéreként jelentkezik a gén és nem egy jól feltárt csoport belsejében (középső ábra).

A native (kék) felirat mutatja, hogy hova tartozik az Alloteropsis semialata és a piros rész a C4-es növények fotoszintézisében fontos foszfoenol-piruvát karboxiláz (PEP) enzim helyzetét ugyanebből a növényből. Mivel teljesen máshova került a törzsfán és egy csoporton belülre (sőt egy fajon belülre, ahol az ausztrál változathoz közelebb van, mint az afrikaihoz), így ez szinte biztosan horizontális géntranszfer eredménye.

Több gént magába foglaló, hosszabb DNS részek is átkerülhetnek egyik fűféléből a másikba

Egy újabb vizsgálati körben minden meglevő genetikai adatot összeszedtek a füvek köréből, olyat is, ami nem teljes genomból van, csak részletekből, hogy így több szekvenciával vethessék össze az A. semialata génjeit. Öt gént kidobtak, mert túl kevés ismert szekvencia volt a környékén, így megbízhatatlan maga a törzsfa. 14 gént azért dobtak ki, mert maga a törzsfa egyéb része nem egyezett az ismert fajszintű törzsfával (tehát ott valami fura van génszinten). A maradék 26 gén a genom 23 különböző helyén található. Tehát van olyan horizontálisan átadott rész, amely több gént is tartalmaz. A lehetséges donorokat és több A. semialata populációt még részletesebben megszekvenáltak, hogy megnézhessék, hogy a más füvektől átvett DNS részletnek hol lehetnek a határai. Több esetben ezt sikerült meg is találni. Zömében 1-1 gént került át, de volt olyan DNS részlet, amelyben 10 gén volt egy blokkban. A horizontális géntranszferrel átvett DNS darabok 33 és 169 ezer bázis közötti hosszúságúak voltak.


A horizontális géntranszfer az A. semialata elterjedésének különböző szakaszában történt. Mivel több populációból is ismert a növény genomja, sőt közeli fajok genomja is, így amelyek a legtöbb populációban megvannak és a testvérfajban is, azok a gének a faj elterjedése előtt kerülhettek a genomba. Vannak viszont olyan gének, amelyek csak bizonyos régióra jellemzőek (például csak Ausztráliára és Óceániára), sőt van egy olyan, amely csak az Ausztrál populációban található meg.

A többi fűfélétől átvett gének egy része biztosan kifejeződik, így hozzájárulhat az új gazda életéhez.

A kutatócsoport nem csak bioinformatikai vizsgálatot végzett, hanem megnézte, hogy a horizontális géntranszferrel átvett gének kifejeződnek-e. Amennyiben ez így van, akkor lehet hatásuk. A legtöbb gén kifejeződik, de például a csak az Ausztrál populációban talált H részleten kódolt gén nem.

A horizontális géntranszfer mechanizmusa nem ismert. Lehetőségként az allopoliploid egyedek visszakereszteződése vagy a közel növő különböző fajú növények érintkezése merült fel.

A horizontális géntranszfer a genetikai változatosság előállításának igen speciális esete. Ilyenkor ugyanis teljesen működő gén vagy gének kerülhetnek át egy másik fajból, azonnal alkalmazható megoldást nyújtva egy szelekciós kihívásra. A horizontális géntranszferek hatását mikrobákban egyre jobban ismerjük és elismerjük. Többsejtűek között inkább kivételnek gondoltuk őket, de egyre több eredmény mutat arra, hogy ezen élőlények körében sem ritka.

Hivatkozott irodalom

Christin P-A, et al. 2012. Adaptive evolution of C4 photosynthesis through recurrent lateral gene transfer. Curr. Biol. 22(5):445–449.
Dunning LT, et al. 2019. Lateral transfers of large DNA fragments spread functional genes among grasses. Proceedings of the National Academy of Sciences 116(10):4416-4425.

ZIKA: Egy mutáció okozza a problémát

A fejlődési rendellenességet okozó  Zika-vírus fertőzés egy új jelenség. 2013 környékén jelent meg Francia Polinéziában és 2015-ben Dél-Amerikában. Minden bizonnyal a focimeccsek emberáradat hurcolta szét az Újvilágban. Egérmodellen kimutatták, hogy tényleg okozhat kisfejűséget.

A történetet valahol itt hagytuk abba. Közben persze a biológusok vizsgálják ezt az új vírust, mert újdonságról van szó. A vírus eredeti afrikai formája nem okoz problémát. Az ázsiai – ebből alakult ki a dél-amerikai forma – vírus sem kimondottan problémás. Akkor mi okozhatja az idegrendszeri fejlődési rendellenességet? A vírus nem túl nagy (11 kbázis). Több megszekvenált izolátuma ismert Dél-Amerikából és korábbi ázsiai minta is rendelkezésre áll. A 2010-ben Kambodzsából izolált változat fejlődő egerekben 16,7%-os halálozási rátát okozott. A Dél-Amerikai változatok mind 100%-osan halálosak voltak. Tehát időben és genetikai térben e két pont között történt olyan mutáció, ami az idegrendszeri elváltozást okozza. A szekvenciák összehasonlításával 14 mutációt azonosítottak.

Ezen mutációk közül hetet külön-külön beszerkesztettek a "vad típusnak" kinevezett kambodzsai változatba. Minden így kapott mutáns virulenciáját letesztelték. A 139. pozícióban a szerin aszparaginra való cseréje (S139N) növelte a legjobban az idegrendszeri rendellenesség mértékét. Továbbá a kisfejűséget okozó venezuelai vírusban a 139. aminosavhely visszaváltoztatása szerinné jelentősen csökkentette a virulenciát. Tehát ez a pozíció felelős az új kór megjelenéséért.

Darwin úgy gondolta, hogy apró változások útján halad az evolúció (gradualizmus), míg több paleontológus a nagyobb ugrások, a szaltáció, mellett kardoskodtak. A graduális evolúció és a fossziliák, sőt kezdetben a graduális evolúció és a mendeli genetika is ellentétben álltak egymással. Ez utóbbi szembenállást a mennyiségi jellegek genetikájának felfedezése oldotta fel. A fenotípusban érzékelt ugrások és az apró változatok közötti látszólagos ellentmondást pedig a fentebb említett eredmények oldják fel. A szerint aszparaginná változtató mutáció egy apró lépés. Fenotípusosan viszont egy addig enyhe tüneteket okozó vírusból, fejlődési rendellenességet okozó, s így komoly egészségügyi kockázatot jelentő kórokozó vált. Tehát a fenotípusban van egy ugrás. Azt gondoljuk, hogy az újfajta problémához nagy változás kell. Pedig nem. Nem a vírus lett komplexebb és tanult meg új trükköket, hanem az idegrendszer fejlődése egy nagyon összetett folyamat, amit nagyon egyszerű megbolygatni. A vírusburok apró változása elég, hogy az idegrendszer fejlődésében valamit nagyon elrontson.

Sokszor találkozunk azzal a jelenséggel, hogy egy mutáció okoz valami jelentős fenotípusos változást. Ilyen a nyírfaaraszoló fekete színét okozó transzpozon beékelődés, vagy a sarlósejtes vérszegénységet okozó glutamin -> valin mutáció. Azaz ritka mutációk mellett is lehet fenotípusos változás, és nem szükséges sok apró mutációs hatásra várni, hogy bármi jelentősebb változás történjen.

Van még egy pár ilyen példa a tankönyvemben. Lehet keresni! :)

Hivatkozott irodalom

Yuan, L., Huang, X.-Y., Liu, Z.-Y., Zhang, F., Zhu, X.-L., Yu, J.-Y., Ji, X., Xu, Y.-P., Li, G., Li, C., Wang, H.-J., Deng, Y.-Q., Wu, M., Cheng, M.-L., Ye, Q., Xie, D.-Y., Li, X.-F., Wang, X., Shi, W., Hu, B., Shi, P.-Y., Xu, Z. és Qin, C.-F. 2017. A single mutation in the prM protein of Zika virus contributes to fetal microcephaly. Science 358(6365): 933–936

A cukorbajos hal, aminek nincs semmi baja

Azt gondolnánk, hogy hasonló élettani problémák, hasonló betegségeket okoznak bennünk és más állatokban. Amikor nincs így, akkor találtunk egy példát, hogy a betegséggel együtt lehet élni és ez segíthet a gyógyításban.

A barlangi vaklazac (Astyanax mexicanus) nevével ellentétben nem csak barlangban él. Felszínen élő populációi teljesen normális halacskának néznek ki. A barlangban élők viszont szemtelenek (vakságukról itt) és világos színűek. Az itt élők egy igen más környezetben élnek, mint felszíni társaik: a barlangokban sokkal szegényesebb a környezet. És van még egy különbség: a vércukorszintjük rendkívül magas. Olyan magas, ami nem tűnik egészségesnek.

A barlangi vaklazac felszíni (felül) és barlangi formája. Csak a barlangi forma vak (szem nélküli).

Alapvetően nem kell sok cukor a vérben. Annyira van szükség, hogy a sejteket ellássa energiával. Amikor eszünk, akkor felveszünk cukrot (jobbára szénhidrátot eszünk, amiből szőlőcukor lesz) és a vércukorszintünk megemelkedik. Az inzulin hormon hatására  a cukor raktározódik és a vércukorszint csökken. Éhezés vagy jelentősebb cukorfelhasználás (aktív mozgás) hatására csökken a vércukorszint és a glukagon hormon hatására cukor szabadul fel. A vércukorszintünk így egy közel állandó értéken marad. A cukorbetegség az az állapot, amikor ez a szabályzás valamiért nem működik, és a vércukorszint tartósan magas.

Ezeknek a halaknak 2-es típusú cukorbetegsége van, azaz a sejtek ellenállóak az inzulinra. Az inzulintermelésük teljesen normális, de a magas vércukorszintjük sokkal lassabban csökken, s általában is magas a vércukorszintjük. Genetikailag az inzulin receptor-gén 211. aminosavja prolinról leucinra változott, s ez nagyobb részt magyarázza az inzulin rezisztenciát (a fenotípusok közti különbségért több gén felelős, de a többit még nem találták meg). Hasonló mutáció emberben cukorbetegséget (Rabson–Mendenhall szindrómát) okoz. A barlangi halak viszont nem mutatják a cukorbetegség tüneteit. Sőt, gyorsabban és nagyobbra nőnek. Minden bizonnyal a szegényes környezetükhöz való adaptáció számukra a megváltozott vércukorszint szabályzás.

Azt gondolhatnánk, hogy van valamilyen hátránya is ennek a nem egészséges állapotnak és ezek a barlangi halak például gyorsabban öregednek. A sok cukor a vérben elősegíti a cukrok kötődését fehérjékhez, amelyet emberben több öregedéssel összefüggő folyamatban megfigyeltek. Ez az egyik ok, amiért nem akarunk túl magas vércukorszintet. Gyorsabban öregednek ezek a barlangi halak, mint felszíni társaik? NEM! Sőt, lassabban öregednek. 15 éves korukra a felszíni halak mutatják már az öregedés jelét, amit viszont a barlangi fajtársaik nem.

Ez a felfedezés igazi érdekessége: hogyan kerülik el ezek a vaklazacok a magas vércukorszint öregedést gyorsító hatását? Nem tudjuk, de tudjuk, hogy képesek elkerülni, tehát vizsgálatukkal lehet, hogy megoldást találunk cukorbetegségben szenvedő embertársaink életkörülményeinek javításához.

Hivatkozott irodalom

Riddle, M. R., Aspiras, A. C., Gaudenz, K., Peuß, R., Sung, J. Y., Martineau, B., Peavey, M., Box, A. C., Tabin, J. A., McGaugh, S., Borowsky, R., Tabin, C. J. és Rohner, N. 2018. Insulin resistance in cavefish as an adaptation to a nutrient-limited environment. Nature 555: 647–651

A baktériumok mutációs rátája alacsonyabb, mint az eukariótáké

Ezzel a kijelentéssel tartoztam az igazságnak. Túl régóta tanítom, hogy a baktériumok kevéssé pontosan másolják genetikai állományukat (nagyobb a mutációs rátájuk), mint az eukarióták (pláne az ember). Az ember fia olvas és hitetlenkedik, de ha egyszer a tények makacsul ellentmondanak a prekoncepciómnak, akkor bizony a tényeken hiedelmemen kell változtatni.

Szóval most hamut szórok a fejemre és elnézést kérek hallgatóimtól, hogy rossz információval traktáltalak titeket!

 A mutációs ráta egyrészt függ a DNS-t másoló enzim pontosságától, másrészt az ezt követő hibajavítás hatékonyságától. A DNS alapú DNS polimerázok pontossága nagyjából 10^-5 – 10^-6 hiba / bázis / replikáció. Ez azt jelenti, hogy minden 10.000 vagy 100.000 bázis másolásakor vétenek egy hibát.

1. táblázat. A DNS alapú DNS polimerázok hibarátája.

DNS alapú DNS polimeráz	Élőlénycsoport	Hibaráta (mutáció/bázis/másolás)	Referencia
Taq	baktérium	3x10-5 5,6x10-5	(McInerney et al. 2014)
AccuPrime-Taq	baktérium	1x10-5	(McInerney et al. 2014)
KOD	baktérium	7,6x10-6	(McInerney et al. 2014)
Pfu	archaea	2,8x10-6	(McInerney et al. 2014)
Phusion	archaea	2,6x10-6	(McInerney et al. 2014)
Pwo	archaea	2,4x10-6	(McInerney et al. 2014)
T7 (módosított)	bakteriofág	3,4x10-5	(Keohavong és Thilly 1989)
T4	bakteriofág	3x10-6	(Keohavong és Thilly 1989)
pol α	eukarióta	9,6x10-5	(McCulloch és Kunkel 2008)
pol δ	eukarióta	1,3x10-5	(McCulloch és Kunkel 2008)
pol ε	eukarióta	2,4x10-4	(McCulloch és Kunkel 2008)
pol γ	mitokondrium	4,5x10-5	(McCulloch és Kunkel 2008)

Ez azért már gyártásban is elég jó pontosság lenne, de ez tovább javítják a hibajavító mechanizmusok. A végső mutációs ráta így 4-5 nagyságrenddel kisebb, azaz körülbelül 10^-9 - 10^-10 mutáció / bázis / másolás. Tehát 1 hiba jut 1 milliárd vagy 10 milliárd bázisra. Szóval elég pontos ez a DNS másolás.
Többsejtűekben - mint mi - viszont nem egy másolás választja el a generációkat, hanem lényegesen több. A zigóta és a belőle kifejlődő élőlény elég sok sejtosztódás után képes csak ivarsejteket létrehozni (akkor is, ha lényegesen kevesebb sejtosztódás kell hozzá, mint sok más szervünk kialakításához). Ez bizony növeli a mutációs rátát.

2. táblázat. Különböző szervezetek mutációs rátája.

Faj	Mutációs ráta (mutáció / bázis / generáció)	Mutációs ráta (mutáció / genom / generáció)	Élőlénycsoport	Hivatkozás
Escherichia coli B REL606	8,9 × 10-11	0,00041	Baktérium	(Wielgoss et al. 2011)
Escherichia coli K-12 MG1665	5 × 10-10			(Conrad et al. 2009, Lee és Palsson 2010)
Escherichia coli W3110	1,5×10-10			(Kishimoto et al. 2010)
Salmonella typhimurium LT2	7 × 10-10	0,0034		(Lind és Andersson 2008)
Myxococcus xanthus DK1622	3,3 – 4,5 ×10-10			(Velicer et al. 2006)
Saccharomyces cerevisiae	3,3 × 10-8	4,01	Egysejtű eukarióta	(Lynch et al. 2008, Kondrashov és Kondrashov 2010)
S. cerevisiae mitokondrium	1,2 × 10-8			(Kondrashov és Kondrashov 2010)
Chlamydomonas reinhardtii	3,23 × 10-10	0,389		(Ness et al. 2012)
Neurospora crassa	7,2 ×10-11		Gomba	(Drake et al. 1998)
Arabidopsis thaliana	7 × 10-9		Növény	(Ossowski et al. 2010)
Drosophila melanogaster	8,4 × 10-9	1,99	Állat	(Haag-Liautard et al. 2007)
Drosophila melanogaster mitokondrium	7,2 × 10-8			(Kondrashov és Kondrashov 2010)
Caenorhabditis elegans	2,1 × 10-8	2,1		(Denver et al. 2004)
Caenorhabditis elegans mitokondrium	1,6 × 10-7			(Kondrashov és Kondrashov 2010)
Egér	1,8 ×10-10			(Drake et al. 1998)
Csimpánz	1,2 × 10-8	35		(Venn et al. 2014)
Ember	1,2 × 10-8	74,4		(Kong et al. 2012)

Az adatok magukért beszélnek. A bakteriumok generációnkénti mutációs rátája 1-2 nagyságrenddel (!) kisebb, mint az eukariótáké. Ehhez hozzájön, hogy apróbb a genetikai állományuk, így azt akár generációk ezrein keresztül is képesek hiba nélkül átadni. Nálunk meg a lényegesen nagyobb génállományt (az ember diploid genomja 6 milliárd (10⁹) bázisból áll) kisebb pontossággal másoljuk így generációnként majdnem 100 bázisnyi változás is lehet.


Miért kevéssé pontos az eukarióta DNS továbbadás, mint a bakteriális? A korábban említett több sejtosztódás egy nagyságrend különbséget megválaszol. A többi még egyenlőre nem ismert. Van olyan elmélet, hogy mivel az összetettebb élőlényekből kevesebb van, így a szelekció sem olyan hatékony. Ez igaz. Talán meg is magyarázza, hogy miért adja át pontosabban a genetikai állományát egy egér az emberhez képest.

Bennem az is felmerült, hogy valamennyi változatra szükség van. Mi átlagosan 25-30 évente adjuk át DNS-ünket, tehát ez a kb. 100 bázisnyi változás ekkora időre esik. Ez alatt baktériumok több tízezer generációja váltja egymást. Ennyi idő alatt a pontos továbbadással is jócskán generálnak változatokat (pláne, hogy nagyon nagy populációméretük lehet).


És, ha ez ennyire ismert, akkor miért tanítottam/tudtam rosszul eddig? Vegyünk egy újabb pillantást a 1. táblázatra. Azok az enzimek nem csak élőlényekben működnek, de van olyan, amit biotechnológiai/biokémiai módszerekben alkalmaznak. Ezen polimerázok és a rájuk épülő módszerek pontossága ismert. Minden bizonnyal mindenkinek a fejében ezek a számok keringenek (mert eddig senki nem javított ki), míg emberről a tényleges generációnkénti mutációs ráta.


Itt az idő, hogy a jobb számokat jegyezzük meg. Azért nem írom, hogy a jókat, mert ezek becslések, s minél nagyobb genomú és hosszabb életű élőlényről van szó, annál nehézkesebb a ritka mutációkat megtalálni, s ez alapján mutációs rátát becsülni.

Hivatkozott irodalom

• McInerney, P., Adams, P. és Hadi, M. Z. 2014. Error rate comparison during polymerase chain reaction by DNA polymerase. Molecular Biology International 2014: 8
• Keohavong, P. és Thilly, W. G. 1989. Fidelity of DNA polymerases in DNA amplification. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 86(23): 9253–9257
• McCulloch, S. D. és Kunkel, T. A. 2008. The fidelity of DNA synthesis by eukaryotic replicative and translesion synthesis polymerases. Cell Research 18(1): 148–161
• Wielgoss, S., Barrick, J. E., Tenaillon, O., Cruveiller, S., Chane-Woon-Ming, B., Médigue, C., Lenski, R. E. és Schneider, D. 2011. Mutation rate inferred from synonymous substitutions in a long-term evolution experiment with Escherichia coli. G3: Genes|Genomes|Genetics 1(3): 183–186
• Conrad, T. M., Joyce, A. R., Applebee, M. K., Barrett, C. L., Xie, B., Gao, Y. és Palsson, B. Ø. 2009. Whole-genome resequencing of Escherichia coli K-12 MG1655 undergoing short-term laboratory evolution in lactate minimal media reveals flexible selection of adaptive mutations. Genome Biology 10(10): R118–R118
• Lee, D.-H. és Palsson, B. Ø. 2010. Adaptive evolution of Escherichia coli K-12 MG1655 during growth on a nonnative carbon source, l-1,2-propanediol. Applied and Environmental Microbiology 76(13): 4158–4168
• Kishimoto, T., Iijima, L., Tatsumi, M., Ono, N., Oyake, A., Hashimoto, T., Matsuo, M., Okubo, M., Suzuki, S., Mori, K., Kashiwagi, A., Furusawa, C., Ying, B.-W. és Yomo, T. 2010. Transition from positive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution. PLoS Genetics 6(10): e1001164
• Lind, P. A. és Andersson, D. I. 2008. Whole-genome mutational biases in bacteria. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 105(46): 17878–17883
• Lynch, M., Sung, W., Morris, K., Coffey, N., Landry, C. R., Dopman, E. B., Dickinson, W. J., Okamoto, K., Kulkarni, S., Hartl, D. L. és Thomas, W. K. 2008. A genome-wide view of the spectrum of spontaneous mutations in yeast. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 105(27): 9272–9277
• Kondrashov, F. A. és Kondrashov, A. S. 2010. Measurements of spontaneous rates of mutations in the recent past and the near future. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 365(1544): 1169–1176
• Zhu, Y. O., Siegal, M. L., Hall, D. W. és Petrov, D. A. 2014a. Precise estimates of mutation rate and spectrum in yeast. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 111(22): E2310–E2318
• Drake, J. W., Charlesworth, B., Charlesworth, D. és Crow, J. F. 1998. Rates of spontaneous mutation. Genetics 148(4): 1667–1686
• Ness, R. W., Morgan, A. D., Colegrave, N. és Keightley, P. D. 2012. Estimate of the spontaneous mutation rate in Chlamydomonas reinhardtii. Genetics 192(4): 1447–1454
• Ossowski, S., Schneeberger, K., Lucas-Lledó, J. I., Warthmann, N., Clark, R. M., Shaw, R. G., Weigel, D. és Lynch, M. 2010. The rate and molecular spectrum of spontaneous mutations in Arabidopsis thaliana. Science 327(5961): 92–94
• Haag-Liautard, C., Dorris, M., Maside, X., Macaskill, S., Halligan, D. L., Charlesworth, B. és Keightley, P. D. 2007. Direct estimation of per nucleotide and genomic deleterious mutation rates in Drosophila. Nature 445(7123): 82–85
• Keightley, P. D., Trivedi, U., Thomson, M., Oliver, F., Kumar, S. és Blaxter, M. L. 2009. Analysis of the genome sequences of three Drosophila melanogaster spontaneous mutation accumulation lines. Genome Research 19(7): 1195–1201
• Denver, D. R., Morris, K., Lynch, M. és Thomas, W. K. 2004. High mutation rate and predominance of insertions in the Caenorhabditis elegans nuclear genome. Nature 430(7000): 679–682
• Venn, O., Turner, I., Mathieson, I., de Groot, N., Bontrop, R. és McVean, G. 2014. Strong male bias drives germline mutation in chimpanzees. Science 344(6189): 1272–1275
• Kong, A., Frigge, M. L., Masson, G., Besenbacher, S., Sulem, P., Magnusson, G., Gudjonsson, S. A., Sigurdsson, A., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Wong, W. S. W., Sigurdsson, G., Walters, G. B., Steinberg, S., Helgason, H., Thorleifsson, G., Gudbjartsson, D. F., Helgason, A., Magnusson, O. T., Thorsteinsdottir, U. és Stefansson, K. 2012. Rate of de novo mutations and the importance of father's age to disease risk. Nature 488(7412): 471–475