2020. február 17., hétfő

Vuhan vírus: Egyre több fertőzött, de nem a vírus lett jobb

Először is már nem kéne Vuhan vírusnak hívnom a vírust, mert kapott egy saját nevet a Vírustaxonómia Nemzetközi Bizottságától (ICTV). Ez a nemzetközi kutatókból álló csapat hagyja jóvá a vírusok neveit.

A vírus hivatalos neve a SARS-CoV-2.

A SARS név, ami egy korábbi koronavírus neve, a "severe acute respiratory syndrome" kifejezésből ered, ami annyit tesz, hogy "súlyos akut légzőszervi szindróma". Ez a vírus által okozott betegségre utal. Ez amúgy jellemző a vírusnevekre. Egyes kínai kutatók szerint a névválasztás nem túl szerencsés (szerintem sem). A SARS koronavírusnak nem közeli rokona az új vírus, és nem szabadna a fejekben a kettőnek keverednie. A 2002-2003-ban kiteljesedő járvány körülbelül 8000 embert fertőzött meg és 774 ember halt meg. A mostani vírus sokkal gyorsabban terjed (a jelenlegi állapot szerint majdnem 70 ezer fertőzött van), de kevésbé halálos. De nem árt tudni, hogy aki a SARS-CoV-2-től beszél, az a jelenlegi emberi koronavírus járvány vírusáról szól.

SARS-CoV-2 elektormikroszkópos képe. Forrás NIAID


Sok hírportál rosszul hozta le, hogy a vírus neve COVID-19. Nem az, az a járvány neve.


Az első kimutatott fertőzött Afrikában


Pénteken az első Afrikában levő fertőzöttet is azonosították Egyiptomban, az illető nem egyiptomi. Ezzel valóra váltak a félelmek, hogy a járvánnyal kevésbé megküzdeni tudó Afrikába is bekerül a vírus. Kutatók szerint (erről majd egy másik bejegyzésben részletesebben) eleve már régen megjelent Afrikában a vírus, de ott nem tudják kimutatni. Ez nem technikai kérdés, mintsem pénzügyi. A kimutatás lassú, költséges a beteg gyógyulásához nem járul hozzá (annyiban igen, ha tudják, hogy bakteriális vagy virális problémáról van szó), ellenben a járvány megfékezéséhez elengedhetetlen.


Akik figyelik a John Hopkins kórház által frissített adatokat, észrevehették, hogy február 13-án nagyot ugrott a megbetegedettek száma: 44 ezerről 59 ezerre emelkedett a fertőzöttek száma. Meg kell nyugodni, nem a vírus lett durvább.


A kínai egészségügy Hupej tartományban engedélyezte, hogy a légzési problémákkal, lényegében tüdőgyulladással orvoshoz kerülőket koronavírussal fertőzöttnek lehessen nyilvánítani a vírus kitenyésztése nélkül.


Az, hogy valakinek tüdőgyulladása van és ezzel kórházba kerül nem jelenti, hogy a SARS-CoV-2-vel fertőződött. Azt előbb ki kell mutatni. Ott ahol kevés az eset, ezt az eljárást végig is viszik, de Hupej tartományban ez túl lassú Ugyanis, ha a valószínűleg koronavírussal fertőzötteket nem azonnal különítik el, illetve kezdik el kezelésüket, az a halálozást is növelheti, illetve a terjedés megfékezését nehezítheti.


Vírusokat lehet tenyészteni például sejtkultúrákban, és mikroszkóppal figyelni, hogy a sejtek szétesnek a vírussokszorozódás következtében. Ez a módszer viszont csak a vírus jelenlétét mutatná ki, sok esetben nem is alkalmazható. Modernebb technika, ha a vírus örökítőanyagát felszaporítjuk. Ehhez ismerni kell az adott vírust (ezért volt fontos, hogy a szekvenciáját megosztották). Ezt követően az egy reverz transzkripciós PCR-rel felszaporítható (azért a bonyodalom, mert RNS vírusról van szó). A keletkezett DNS (ezért reverz transzkripció, mert RNS-ről kell DNS-t másolni, míg a normál transzkripció során DNS íródik át RNS-sé) mennyiségét mérik. Amennyiben nincs a mintában a keresett vírus, úgy nincs mit felszaporítani, és nem keletkezik DNS. Ha van mit felszaporítani, akkor lesz DNS és az kimutatható.


Ez a módszer igen érzékeny. A SARS-CoV2 esetében a többi embert fertőző koronavírust, és más vírusokat nem mutat ki, ellenben a közeli, denevérekben megtalálhatóakat igen (lásd itt). Ez a módszer (nagyon felületesen), és ennek eredményére kell várni, hogy a fertőzést biztosan kimutassák. Az új vírus esetében a világ többi táján fontos, hogy biztosan kimutassuk a vírust!


Magyarországon a 6. héten több mint 30 ezer ember kereste fel orvosát influenzaszerű tünetekkel. Ezeket különböző influenzavírusok okozzák. Általában nem tudjuk meg, hogy pontosan mely vírus fertőzte a zömében gyermek megbetegedetteket, mert kevésnél kérik a kitenyésztést (indokolatlan is lenne). A magyar influenzahelyzetet azért írom sokszor le, hogy érzékeljük, hogy egy járvány milyen megbetegedésszámokat tud produkálni. Ez esetben lényegesen nagyobbakat, mint aminél a SARS-CoV-2 tart. Az új vírus viszont halálosabb a szezonális influenzánál, gyorsabban is terjed és újdonsága okán több figyelmet kap (ami egyrészt érthető és fontos, másrészt a média működésének mellékterméke).

2020. február 10., hétfő

Vuhan vírus: Tobzoskákról kerülhetett emberre

A Nature tudományos folyóirat kínai forrásra hivatkozva elképzelhetőnek tartja, hogy az 2019-nCoV névre keresztelt, jelenleg bizonyítottan 30 ezernél több embert megfertőző és 638 halálos áldozatot követelő vírus egy tobzoskáról ugrott át az emberre.

Jávai tobzoska


A január elején gyorsan közzétett vírusgenom összehasonlítása alapján ez a koronavírus természetes gazdája valamilyen denevér lehet. Ellenben már az első híresztelések is valamilyen más fajt feltételeznek, mint a fertőzés közvetlen forrását. A 2002–2003-as SARS járványnál ez cibetmacska volt, míg a Közel-Keleten kitört MERS járványé dromedár (egypúpú teve). A koronavírus fertőzés kitudódásakor a kígyót jelöltek meg, mint az esetleges forrás, de ezt a tudományos közösség gyorsan elvetette.

A Kuangcsou-ban levő Dél-Kínai Mezőgazdasági Egyetem munkatársai, Shen Yongyi és Xiao Lihua egy sajtótájékoztatón azt jelentették be, hogy tobzoskákból és fertőzött emberekből vett vírusminták genetikai összehasonlítása 99%-os egyezést mutat szemben a legközelebbi ismert denevér koronavíruséval, ami csak 96,2%-os egyezést mutat (Zhou et al. 2020), így lehetséges, hogy a közvetlen forrás egy tobzoska volt.
A kutató közösség nem zárja ki ennek igazát, de várják, hogy az eredmények közlemény formájában is megjelenjenek.

A tobzoskák húsa ínyencségnek számít, míg pikkelyeit a tradicionális gyógyászatban alkalmazzák. Mivel orvvadászok folyamatosan próbálkoznak minél több elejtésével, így egyedszámuk erősen lecsökkent és minden faja súlyosan veszélyeztetett. A kínai hatóságok keményen büntetik a tobzoskákkal való kereskedelmet, de ez legfeljebb csak nehezíti a csempészek dolgát.

Csempészett és a megmentésükre szervezett akciót túl nem élő, jávai tobzoskákból 2019-ben vettek mintát, amelyek egy részénél találtak koronavírusokat (Liu, Chen és Chen 2019). Így biztos, hogy a tobzoskákban ilyen típusú vírus lehetséges. Az óvatos fogalmazásmód azért szükséges, mert a talált koronavírusok távol állnak a mostani koronavírustól. A most bejelentett közlemény nélkül azt sem tudjuk, hogy a mintát jávai tobzoskából, vagy Dél-Ázsia valamely másik tobzoskafajából izolálták.

Az emberek a korábbi SARS járvány ellenére sem igazán változtatnak viselkedésükön. Egyszer már keletkezett egy lokális járvány a vadállatok fogyasztása miatt, de ez nem hagyott mély nyomokat az ilyen ínyencségeket kívánók körében. Egy tanulmány (Yang et al. 2007) a SARS járvány előtt konzervációs okokból felmért, majd a járvány kitörését követően az érdekes összehasonlítás okán újból felvett adatok alapján azt mutatják, hogy bár csökkent a vadállatok fogyasztásának mértéke, de nem drasztikusan. A nyulak, vaddisznók, fácánok, kígyók, békák, tobzoskák, medvemancs, stb. fogyasztása 20–15%-kal esett vissza. A cibetmacska fogyasztás alig lett kevesebb, annak ellenére, hogy a megkérdezettek 38%-a tudta, hogy ez a macskafaj volt a közvetlen átadója a SARS-nak.

A kínai hatóságok betiltották a vadállatok és vadhús értékesítését az egészségügyi válsághelyzet alatt. Bár mivel ezt az intézkedést a járvány lecsengését követően valószínűleg nem fogják fenntartani, és Dél-Kelet Ázsia más államaiban is igen gyakori a számunkra egzotikusabb vadhús fogyasztása (sőt ez világszinten az), így az emberiség továbbra is számolhat hasonló új járványokkal.

Hivatkozott irodalom

2020. február 1., szombat

Vuhan vírus: médiaparadicsom

A bizonyítottan 2019-nCoV vírussal fertőzöttek száma közel 10 ezer és a halottak száma 200 felett van. A WHO kihirdette az egészségügyi vészhelyzetet. Európában Olaszországban és Svédországban is találtak fertőzött személyt.


Ezek a hírek a legkülönbözőbb formában és hosszal jellemzik a tegnapi napot. Minden napra több cikk is jut (Index mai termés 1, 2), talán a Qubit visszafogottabb, csak napi egy cikk van a témáról (29., 29., 30., 31.) (na jó nem, több van).



Az új járvány szenzáció és lehet róla írni


Vegyük észre, hogy ez most minden mást feledtet. Az Egyesült Királyság kilép az EU-ból. Nem erről kéne szólnia mindennek? Közben egy távoli országban levő tízezer (biztos) betegről írunk és olvasunk. Még akkor is, ha a fertőzöttek számát modell számítások alapján (itt és itt) 39–190 ezer közé teszik jelenleg Vuhanban, miért kéne pánikolnunk? A korábbi évek statisztikái alapján ez alatt az idő alatt többen haltak meg Hupei tartományban (ahol ugye Vuhan is van) közúti szerencsétlenségben, mint az új vírusfertőzés okozta tüdőgyulladásban. És mégsem a kínai utakról, autókról vagy vezetési stílusról beszélgetünk.


Könnyű belátni a veszélyét


Egy vírusjárvány problémáit egyszerű belátni. Emberek betegek lesznek, napokig rosszul vannak, nyomják az ágyat, egyesek akár kórházba is kerülhetnek. Lehet, hogy kicsit más a lefolyása, de betegséget már láttunk. El tudjuk képzelni. A vírus a távolság ellenére elérhet ide, hiszen már Európában is jelen van. A járványoktól félünk. Jó okkal. Ez evolúciós múltunk része. Járványok mindig is voltak. És mindig veszélyesek voltak (sőt, sokkal veszélyesebbek, mint most).


Rájátszik az idegenekkel szembeni előítéleteinkre


A járványok terjedése ellen lehet tenni. Például az idegen kizárásával. Ugye ez reflex rögtön beütött? Hirtelen minden ázsiai (még csak ne is szorítkozzunk kínaira) gyanús lett. A kínai büfés, akit minden nap látunk a boltjában, nem hordozza a vírust. Nem, hiszen minden nap láttuk, itt él már évek, ha nem évtizedek óta. Nem ment rokonokat látogatni karácsonykor, mert esetleg a kínai újévkor szerette volna ezt tenni. És különben is Csilinből származik, ahol 14 ismert fertőzött van (a 27 millió lakosból). A gyerek iskolájába járó másik "ferdeszeművel" mi van? Persze tudjuk, hogy a nagyszülei költöztek ide Vietnámból (ilyen távolságból apróságra nem adunk), de miért írná ez felül a jól beidegzett idegengyűlöletünket? Az indiaiakról ne is beszéljünk! Biztosan annak az 1 ismert fertőzöttnek a rokona (a több mint 1 milliárd lakosból) az aki szembe jött az utcán.



No és ott vannak a kínai áruk, amelyek biztosan fertőzöttek. Ne zavarjon a tisztánlátásban, hogy ezek a vírusok nagyjából órákat léteznek fertőző formában a szabadban, a most megkapott áru meg két-három hetet utazott. Persze ahol a vírusfertőzésre antibiotikumot eszünk, ne is lepődjünk meg ezen a gondolatmeneten (a baktériumok akár ki is húzhatnák azt a hajóutat).


És kiélhetjük az összeesküvés elméletek iránti beteges vonzódásunkat


Rossz információs buborékban élek. Én csak a cáfolatait olvasom ezeknek az elméleteknek. Gondolom, a hívők meg pont azokat nem. És miért ne hinnénk el minden rosszat a háttérhatalmakról meg a gyógyszerlobbiról? Lehetőleg egyszerre azt, hogy a teszteletlen oltásaikkal au..., aut..., auzi... (nem mindegy? valamit) okoznak, de ha a meg nem levő vakcináról azt állítják, hogy biztonságos kifejlesztéshez kell legalább egy év, akkor meg a gyógyszerlobbi szeretne így meggazdagodni. Értsd úgy, hogy nem elad, hanem vár. Mert a várakozás pénzt termel, de legalábbis rózsát. Venezuela is azért áll olyan jól anyagilag, mert bár tömegével adhatna el olajat, de inkább kivár (szarkazmus). Bill Gates meg biztosan azért pénzelte ezt a járványt, hogy megmutassa, ha minden emberen is Windows futna, akkor nem terjednének rajtuk számítógépes kórokozók. Vagy valami ilyesmi. A fene érti a háttérhatalmakat.



Végre lehet egy kicsit a reflektorfényben lenni


És a lényeg. Nem csak jól kommunikálható a probléma, hanem olyan világban élünk, ahol a figyelemért versengünk leginkább. Még mi kutatók is. A mi teljesítményünket is lényegében figyelemben mérik (tanulmányokra kapott hivatkozások). Nekünk is reklámozni kell magunkat és az intézményünket is. És miért ne lovagolnánk meg a trendeket? Az elmúlt hetekben több, mint 50 szakcikk jelent meg az új koronavírusról (lásd a Nature összefoglalóját itt). Önmagában persze az is indikatív, hogy a legnagyobb tudományos szaklap is folyamatosan frissülő hírben tudósít a járványról.


Továbbá minden kutató adhat a történetnek egy olyan vetületet, ami a saját/intézménye kutatási területének fontosságát mutatja. Ne feledjük, hogy ingyenélőnek lettünk titulálva egész 2019-ben, aztán most milyen jól jön, hogy valaki mégiscsak tudja értelmezni a világot. Például Kemenesi Gáborral készített interjú rendkívül higgadt hangvételben tájékoztat a helyzetről egy olyan kutató által, aki ilyen vírusokkal foglalkozik. Müller Viktor barátom az ELTE elméleti biológusa, akinek a kutatási területe is a járványok, betegségek evolúciója szintén a pánik ellen szólt. Jövő szerdán (febr. 5.) az MTA épületében fog előadni újságíróknak az új járványról és, hogy hogyan kéne ezt kommunikálni. (Csak megjegyzem, hogy én pedig a klímaváltozásról fogok előadni ugyanott, de az úgy sem érdekel sokakat.)


De szűkebb pátriám, az Ökológiai Kutatóintézet munkatársai is nyilatkoztak az ügyben. Evolúciótudományi intézetünk kórokozók evolúciójával is foglalkozik, amely kutatásokat Rózsa Lajos vezeti. Ő és Garamszegi László (az Ökológiai és Botanikai Intézet igazgatója) volt a vendége január 29-én az M5 ez itt a kérdés műsorának. Garamszegi László a VálaszOnline-nak is nyilatkozott az ügyben, kiemelve az intézményi tervünket, hogy egy megfigyelőszolgálatot üzemeltessünk be, amely a klímaváltozás okán hazánkba újonnan megjelenő kórokozókra figyelmeztetne.


Tehát tudunk kapcsolódni a témához és így a higgadt tájékoztatás felé tudjuk terelni a diszkurzust (pánikot egyetlen kutató sem keltett) és el tudunk oszlatni félreértéseket. És nem mellesleg megmutatjuk az országnak, hogy van értelme tudományra és kutatókra költeni.


Én is valami ilyen indíttatásból írom ezeket a bejegyzéseket. Evolúcióbiológiát oktatóként tanítom az új kórokozók emberre való átugrásának kihívásait és lehetséges következményeit (ez nagyjából 3 hét múlva lesz terítéken a tavaszi félévben, most majd időben közeli példával szemléltethetem a témát). Elméleti biológusként láttam már azokat a SIR alapmodellre (lásd egy korábbi bejegyzésemet erről a modellről itt) épülő egyenletrendszereket, amelyekkel a járvány lefutásának paramétereit becslik. És mivel ezt most aktuális (és nagyobb olvasottságot is generál), így más érdekes hírek háttérbe szorulnak (pedig gyülekeznek egy alkönyvtárba mindenféle íráskezdemények és egy másikba az érdekes szakcikkek, amelyekről írni kéne).


Köszönöm, hogy olvastok!