COVID-19: Mikor találták ki hogy az legyen a neve hogy koronavírus?

Ezt a kérdést kaptam a VIBES YouTube videóm alatt ("régi" videó, még lezárás előtt készült)*. Erre a kérdésre van egy rendszertanász válasz. Bár nem vagyok rendszertanász, de szeretem a témát, és írtam egy picit vírusokról a könyvemben. Szóval hogy lesz elnevezve egy vírus, hogy lesz besorolva egy, ebben az esetben a koronavírusok közé?

Az első megismert koronavírus, bár akkor még nem így hívták, a madár fertőző hörghurut vírus (avian infectious bronchitis virus). A betegséget a 1930-as években írták le, a vírust 1937-ben izolálták (Beaudette & Hudson 1937). 1964-ben már elektormikroszkópos felvétel készült ilyen vírusról (Berry et al. 1964) és 1967-ben embert fertőző hasonló vírusokról is készül kép (Almeida és Tyrrell 1967). Ezek az eredmények, és hasonló viselkedésük okán merült fel, hogy ezen vírusok egy közös csoportba tartoznak.

Az embert fertőző 229E vírustörzs elektromikroszkópos képe Becker et al. 1967-es tanulmányából.

A korona a napkoronára utalás, és nem a királyi fejdíszre

A nevet 1968-ban vetették fel J. D. Almeida; D. M. Berry; C. H. Cunningham; D. Hamre; M. S. Hofstad; L. Mallucci; K. McIntosh; és D. A. J. Tyrrell virológusok (Nature 1968). Több vírus hasonlóan néz ki, hasonló méretű, RNS örökítőanyaggal rendelkeznek, van lipidburkuk és a sejtplazmában sokszorozódnak. Ilyen volt az akkor már ismert 229E emberi koronavírus (HCoV-229E) és a szintén embert fertőző B814-es vírustörzs (amiről nem tudjuk, hogy melyik ma ismert vírusnak felel meg, mert nem maradt belőle minta), az egér hepatitis vírus és az elsőnek leírt madár fertőző hörghurut vírus. Az ajánlás szerint az elektromikroszkópos kép alapján a vírusrészecskét a napkoronához hasonlónak találták, így egységesen a koronavírus nevet ajánlották a csoport elnevezésére. Akkor ez egy vírusnemzettséget jelentett.

A koronavírus elnevezés 1968-ból származik

A szabályok szerint a Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottságnak (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) kellett benyújtani ezt az ajánlást, ami 1975-ben vált az elfogadott nevezéktan részévé. Ekkor már az aktuális vírusrendszertan könyv (Peter Wildy 1971 Classification and Nomenclature of Viruses, 1st Report of the International Committee on Nomenclature of Viruses. Karger, Basel) így tartalmazza a csoport nevét, és az ICTV döntése is erre hivatkozik. A rendszertanban bevett, hogy bizottságok döntenek az elismert nevekről.

Coronaviridae család és Nidovirales rend

A linnéi rendszertanban a fajok nemzetségekbe (állatok esetén nemekbe), azok családokba, rendekbe és osztályokba sorolhatóak. Az élővilág rendszerezésénél jelenleg a vezérfonál az evolúciós leszármazás bemutatása. Vírusoknál viszont ilyen evolúciós kapcsolatokat nehéz bemutatni, mert igen gyorsan változnak, így hasonlóságaik elvesznek. A vírusok besorolása egyrészt az úgynevezett Baltimore osztályozáson alapult (Baltimore 1971), ami az örökítő anyag milyensége és az mRNS-hez vezető út alapján 7 csoportba sorolja a vírusokat. A koronavírusok az egyszálú + RNS vírusok körébe tartoznak. Ez azt jelenti, hogy örökítőanyaguk RNS, amely mRNS-ként funkcionálhat, azaz "értelmes" (+).**


Ezen fenotipikus osztályzáson kívül, ami nem jelent közös evolúció múltat, a vírusokat alapvetően családokba és nemzettségekbe osztották. Az 1975-ös ICTV döntés értelmében (Fenner 1976) a koronavírusok a Coronaviridae családba tartoztak. Akkor egyedüli nemzetségként a Coronavirus nemzetséget ismerték el. Később több nemzetségre osztották ezt (jelenleg 5 nemzetsége van) és 1996-tól bekerült a Nidovirales rendbe. A vírusokat ritkán osztották rendbe, csak, ha találtak a családok között valami hasonlóságot. A Nidovirales rendbe tartozó vírusok genetikai anyagában a 5' vég után mindig a replikáz enzimet kódoló régió jön, majd szerkezeti fehérjék és ezt követően egyéb segítő fehérjéket kódoló régiók jönnek. Ez az igen konzervált genomszerkezet alapján feltételezhető a közös eredet és így jogos az egy rendbe sorolás. Mára (2018-ban) a vírusrendszertan megirigyelte az élőlények rendszerének számos szintjét és bevezetett mindenféle szinteket (szerintem meggondolatlanul). Erről majd egy másik bejegyzésben írok.

A vírusok elnevezése nem követi a kettős elnevezést

A vírusok tudományos elnevezése nem követi a kettős elnevezést, ami a nemzettség- (genus) és a fajnévből (species) áll. Így az ember latin neve Homo sapiens, ahol a Homo a genus (állatoknál nem, csak azért, hogy bonyolult legyen), a sapiens pedig a fajt jelöli. A vírusoknak nincs ilyen nevük. Az első felfedezett vírus a dohánymozaikvirus, aminek a tudományos neve egyszerűen az angol neve "Tobacco mosaic virus". A vírusok neve ma is alapvetően arra a betegségre utal, amit okoznak.

A COVID-19 betegséget okozó vírus hivatalos neve: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

Az ICTV nem volt túlságosan fantáziadús az elnevezésnél (Gorbalenya et al. 2020): a fenti név fordításban Súlyos akut légúti szindrómával rokon koronavírust jelent, ami annyit tesz, hogy a vírus hasonló a 2002/03-ban járványt okozó SARS vírushoz (de az nem a legközelebbi rokona). A vírust a járvány elején 2019-nCOV-ként azaz 2019-es új koronavírusként nevezték, bár voltak, akik egyszerűen Vuhan vírusként emlegették (én is). Az ICTV mindenképpen el akarta kerülni a "kínai vírus" és az ezzel majdnem egyenértékű "Vuhan vírus" neveket. Ez egyszerűen politika. Van rá példa, hogy egy vírust földrajzi helyről neveznek el, például a Zika-vírus egy ugandai erdőről kapta a nevét. A SARS-CoV-2 viszont lássuk be fantáziátlan név és nagyon összekeverhető a SARS-al (SARS-CoV). Egy csapat kínai virológus például a HCoV-19 (Human coronavirus 2019) nevet javasolta (Jiang et al. 2020). De most már marad, amit kapott.


Szóval ez a "koronavírus" elnevezésének rövid története. Bár a média egyszerűen csak koronavírusként emlegeti, ez majdnem olyan, mintha az ember "valami főemlős" (emberszabású) címkével illetnénk. Olyan szempontból félrevezető, hogy négy embert is fertőző koronavírus szezonális náthát okoz, azaz sokunknak volt már koronavírus fertőzése, csak nem a SARS-COV-2-vel fertőződtünk.

* A kérdés nem csak az internet népét érdekelheti, mert bár ez a wikin is szerepel, de külön közlemény is van, ami a név eredetét felfedi (Henry 2020).
** Negatív értelmű (-) egyszálú vírusok esetében a vírus örökítőanyagát előbb másolni kell, és az így keletkezett komplementer szál működhet mRNS-ként.

Hivatkozott irodalom

• Beaudette FR & Hudson CB. 1937. Cultivation of the virus of infectious bronchitis. J Am Vet Med Assoc. 90:51–58.
• Berry, D. M., Cruickshank, J. G., Chu, H. P. és Wells, R. J. H. 1964. The structure of infectious bronchitis virus. Virology 23(3): 403–407
  
• Becker, W. B., McIntosh, K., Dees, J. H. és Chanock, R. M. 1967. Morphogenesis of avian infectious bronchitis virus and a related human virus (strain 229E). J. Virol. 1(5): 1019–1027
• Almeida, J. D. és Tyrrell, D. A. J. 1967. The morphology of three previously uncharacterized human respiratory viruses that grow in organ culture. J. Gen. Virol. 1(2): 175–178
  
• 1968. Virology: Coronaviruses. Nature 220(5168): 650–650
• Baltimore, D. 1971. Expression of animal virus genomes. Bacteriological Reviews 35(3): 235–241
  
• Fenner, F. 1976. The classification and nomenclature of viruses. J. Gen. Virol. 31(3): 463–470
• Gorbalenya, A. E., et al. 2020. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology 5(4): 536–544
• Jiang, S., et al. 2020. A distinct name is needed for the new coronavirus. Lancet 395(10228): 949
• Henry, R. 2020. Etymologia: Coronavirus. Emerging Infect. Dis. 26(5): 1027
  
  
  

Hihetetlenül felgyorsult a publikációs idő a járvánnyal kapcsolatos cikkeknél

A 2020-as év első 2,5 hónapjában, azaz január 1 és március 19 között megjelent, a COVID-19 járvánnyal vagy a SARS-CoV-2 vírussal kapcsolatos cikkek a benyújtás követő 9 nappal megjelentek (medián). A kutatási cikkeknél ez kicsit hosszabb volt (11 nap), az összefoglalóknál 13 nap, esettanulmányoknál 9 nap, és 7 nap minden más cikktípusnál (megjegyzés, perspektíva, vélemény, hírek, szerkesztői bevezető, stb.).

Ebből az időszakból 833 publikációt azonosítottam és dolgoztam fel. Ezekből 62 darab áttekintés/összefoglalás (7,4%), 136 kutatási eredmény (16,3%), 126 esetleírás (15,1%) és 509 egyéb típus (61.2%) (szerkesztői írás, hír, kitekintés, nézőpont, megjegyzés, vélemény, stb.). Az összes cikk medián elfogadási ideje 3 nap volt, a kutatási és összefoglaló cikkeknél 6 nap, esetleírásoknál 4 nap, egyéb cikkeknél 2 nap. Az írások tényleges megjelenéséhez további 4 napra volt szükség (kutatási eredményeknél 3,5 nap, esetleírásoknál 5 nap, összefoglalóknál 6 nap és egyéb cikkeknél 4 nap). Elmondható, hogy a publikációs sebesség a tízszeresésre nőtt a járvány elején a releváns cikkekre.

Ezek a száraz eredmények, itt most inkább a cikk történetéről írnék. Mert a tanulmányoknak van története is, de ezek nem jelennek meg a végleges formában, és általában ismeretlenek maradnak. Szóval ez egy a szokásos tématerületemen kívül eső tanulmány története:


Jogosan kérdezhetitek, hogy egy biológus miért ír publikálásról? Erre többféle válasz lehet, némelyik személyesebb, mások tudományosabban hangzanak.

Az írás egyfajta terápia is

Blogot is azért ír az ember, mert valamit ki akar írni magából. Az én szintemen ez nem pénzkeresés (ahhoz keveset írok és kevesen olvassák), csak egyfajta szellemi és lelki megnyugvás, hogy megoszthatom gondolataimat másokkal. Már január óta figyelemmel követem a járvány kiteljesedését és a tanulmányokat, amelyek kijönnek vele kapcsolatban. Némelyikről írtam is a blogomon, később a Qubiten is. Szóval kezdett némi olvasottságom lenni a témáról.


Aztán jött a karantén és az azzal járó mentális terheltség. Egyik napról a másikra itthon ragadtunk. Ha csak nekem kellett volna itthon lenni, és nem lett volna egyetemi oktatás, akkor ezt az időt nyugodt kutatással tölthettem volna. Az online oktatásról majd máskor (borzalmas), és ugye ott volt még az otthoni tanulás a gyerekeknél (amit átvett a nejem, mert én kb. egy hét után bedobtam a törölközőt, hogy ennek így nincs értelme a másodikos fiamnál). Ehhez adódott, hogy a munkahelyem megtiltotta, hogy a járványról engedély nélkül nyilatkozzunk és ha lehet inkább ne is nyilatkozzunk róla.


Szóval ott álltam sok cikk elolvasásával, amelyekről nem írhattam a nagyközönségnek, de tudományos tanulmányt mindig írhatok. Szóval tudományba kell csatornáznom az energiáimat.

Egy másik kutatásom rávilágított, hogy fontosak a publikálási idők

 
Az ősszel cikkeket gyűjtöttem emberi együttműködésről. Azok eredményeit szeretném összevetni gazdasági mutatókkal, de természetesen azon évből, amikor a kísérletet végezték. Viszont főleg a korábbi cikkek nem írják le, hogy mikor voltak a kísérletek. Egyedüli információ a cikk megjelenése és egyes esetekben az írásmű benyújtásának időpontja. A kísérlet biztosan ez előtt volt kivitelezve. Az ismert kísérleti és publikálási időkből próbáltuk becsülni, hogy a nem ismertek mikor voltak. Szóval az ősszel kénytelen voltam ilyen adatokat nézegetni.

Gondolkozz a dobozon kívül!

A fentebb említett őszi kutatást a Kőszegi Felsőbbfokú Tanulmányok Intézetében végeztem, amely intézet mottója, hogy gondolkozz a dobozon kívül (Think outside of the box!). Ez nagyjából azt jelenti, hogy a megoldás nem mindig azon kereteken belül van, amelyeket megszoktunk. Az én dobozom az evolúcióbiológia, elméleti biológia. Ezen gondolatvilágon belül a SARS-CoV-2-ről szekvenciaelemzést vagy esetleg valami járványtani modellt írhattam volna. De ezeket azok a csoportok, amelyek napi szinten ilyennel foglalkoznak gyorsabban tették meg és már márciusban is tömegével jelentek meg elméleti cikkek. Ez az út nem volt járható (bár dolgozunk egyfajta járványtani - evolúciós modellen olyanokkal, akik a számolás részében nagyon jók). És így jött az ötlet, hogy a publikációs viselkedésről írhatnék. Arról, hogy a publikáció volumene jelentősen megnőtt már voltak hírek, de a sebességéről még nem. Illetve mivel írtam már egy cikket publikációs kérdésekről (etikaiakról) így legalább tudtam merre fele kell olvasgatnom.

A "Big data" korát éljük

Olyan világban élünk, amelyben több az adat, mint amennyit fel tudunk dolgozni, meg tudunk érteni. Adat van, értelmeznünk kell őket. A cikkek beküldésének, elfogadásának és megjelenésének dátuma is ilyen adat. Az elméleti biológia, különösen a bioinformatika foglalkozik a nagy adatmennyiség feldolgozásával és elemzésével. Ilyen tekintetben ez a kutatás "testhezálló" volt számomra.

A publikációs folyamat most is pozitív élmény volt

Az adatok feldolgozásába március 4-én vágtam bele, a cikket április 8-án nyújtottam be, azaz kicsit több, mint egy hónap alatt kész volt az elemzés és a cikk megírása. Ez a legrövidebb tanulmány a részemről, pláne úgy, hogy teljesen egyedül végeztem.

A bírálási folyamat meglelően hosszú volt. Lényegében egy hónap múlva kaptam vissza a kéziratot bírálatokkal. Ez most lényegesen hosszabb, mint más járvánnyal kapcsolatos cikkeknél, de így is gyorsabb volt az átlagos időkhöz képest.

A bírálatok alapvetően pozitívak voltak, nem az alap adatokat és az elemzést kifogásolták, hanem annak prezentálását. Elsőre lényegesen bulvárosabbra fogtam a stílust, ami nem nyerte el a tetszésüket. Illetve kiegészítő adatokat kértek, amelyeket, ha megtaláltam boldogan beleírtam a cikkbe. Persze majdnem minden változtatáson képes az ember egy kicsit morogni. A helyesírási és nyelvtani hibák javításáért persze nem, sajnos az is maradt benne az első benyújtáskor. De vannak változtatások, amelyektől jobb lesz a cikk: jobban olvasható vagy teljesebb képet nyújt.

Bevallom ezen cikkel kapcsolatban legszívesebben kihagytam volna a megbeszélést. Tudományos közleményekben a bevezetés felveti a problémát és elhelyezi az eddigi ismeretekben. A módszer leírja, hogy mit csinált a szerző, míg az eredmények az elemzés kimenetelét mutatják be. Az újdonság lényegében idáig tart. A megbeszélés egy nehezebben megfogható rész. Ez hivatott bemutatni, hogy mit is jelent az új eredmény. Itt el lehet vetni a sulykot, és végül egy igen egyszerű elemzés végén beírni, hogy megoldottuk a világbékét IS. Illetve lehet az embernek olyan véleménye az eredmények kapcsán, amelyek nem következnek az adatokból, de azok utalnak rá.

Problémásan gyors lett a bírálati fázis

Egy tanulmány benyújtását követően a szerkesztőnek találnia kell 2-3 szakértőt, akik véleményt nyilvánítanak a tanulmányról. Néha ez is kihívás, volt olyan cikkünk, ami hónapokat állt, mert nem találtak senkit, akit elbírálná (szerintem a szerkesztő nagyon a témán kívül volt és nem ismert megfelelő embereket, akiket felkérhetett volna). A szakértőknek bár nem kell sok idő – nekem olyan 4–6 óra – egy bírálatra, de ezt valahogy bele kell illeszteni az amúgy is túlzsúfolt életünkbe (nekem most 2-3 bírálatot kéne elvégeznem a következő hetekben). Ez a része hosszú a folyamatnak, de ha értelmes bírálatot akarunk, akkor nem szabad siettetni. A siettetett bírálatok zöme egyszerűen elutasító, az a biztonságos, azért még nem hurcoltak meg senkit. Ezt követően vagy kell módosítani a szövegen, ami idő és utána újra ellenőriztetni kell a szakértőkkel vagy – jó esetben – elfogadott állapotba kerül a cikk. Az elfogadást követően jön az újság feladata, hogy a szöveget tördelje, felrakja a honlapra, stb. Ez technikai jellegű munka, elvileg akár gyors is lehet, illetve gyorsítható, hogy előbb lényegében formázatlan szöveg kerül fel, majd később a véglegesen betördelt. Az tehát, hogy ez a technikai idő lerövidült, nem meglepő és jó is lenne, pláne, amikor az információra azonnal szüksége van az orvosoknak, járványtanászoknak, döntéshozóknak.


Viszont a gyors bírálás, az esetleges negatív bírálatok kevéssé komolyan vétele, a cikkek gyors kiszórása okozhat olyan anomáliákat, hogy alapvetően rossz eredmények jelennek meg (ez különben is megtörténhet, de így még gyakoribb). Viszont nem bizonyítható, hogy bárki részéről direkt siettetés történt, vagy azért gyorsítanak be az újságok, hogy felüljenek a COVID-19 vonatra, ami most – a médiához hasonlóan – a tudományban is viszi a prímet. Valami ilyesmit írtam bele a következtetésekbe, ami még mindig benne van, bár igen óvatosan. Ami tény, hogy gyorsabb lett a bírálat. Hogy ez azért, mert a bírálók és a szerkesztők is tudják, hogy ezen emberélet múlhat vagy azért, mert ez jó az újságnak, azt nem lehet tudni. Lehet mindkettő, lehet cikkenként, újságonként és szerkesztőként eltérő a válasz. Véleményem van, de most akár magamba is tartottam volna.

A cikk pedig itt érhető el:

Kun, Á. 2020. Time to acceptance of 3 days for papers about COVID-19. Publications 8:30.