2020. július 4., szombat

COVID-19: Hol tartunk az első és második hullámmal Európában?

Ahogy a lezárások megszűntek a legtöbb országban nem nőtt meg azonnal, még a két hetes eltéréssel sem az esetszám. De most, nagyjából egy-két hónappal később több országban újból egyre több fertőzöttet találtak.


A vírus nem tűnt el, csak nagyon lelassult az átadása itthon


Magyarország eddig alapvetően megúszta a járványt. Ez is hozzájárul, hogy többet beszélünk arról, hogy volt-e járvány vagy szükséges volt-e egyáltalán a lezárás. Ezzel szöges ellentétben az egyetem majd csak augusztus végén fog újból kinyitni, s bár személyes jelenlét mellett tervezzük elkezdeni a következő félévet, de felkészülünk, hogy bármikor vissza kell térnünk a távolsági oktatásra. Mindenki döntse el, hogy a megmondóembereknek vagy a természettudósoknak hisz.


A járványgörbének megfelelően az esetszám a járvány elején meredeken (exponenciálisan) emelkedik, majd a korlátozó intézkedések következtében csökken (az is exponenciális, ezért tűnhet úgy, hogy csak úgy eltűnt a vírus). Ez volt az első hullám. Viszont mivel a vírus nem tűnt el, csak a fertőzöttek száma lett nagyon alacsony, illetve a nemzetközi forgalom visszaállásával újból van honnan importálni a betegséget, így újabb gócok alakulhatnak ki. Kialakulhat egy második hullám, azaz megint emelkedhetnek az esetszámok.


A napi adatokat február-márciusban még naponta többször is megnéztem. Ekkor ez előbb csak a kínai járvány alakulását mutatta, a világ többi országában levő pár megbetegedés egy apró zajként adódott erre. Majd az olaszországi járvány dominálta a számokat. Most USA és Brazilia a dobogós a napi új felderített fertőzöttel. Tegnap (július 3) több mint 50 ezerrel nőtt a fertőzöttek száma az USA-ban, ez több mint ahány fertőzöttje összesen volt több európai országnak együtt. Éppen ezért az egész világra aggregált adatok már semmit nem jelentenek. Országonként kell megnézni, hogy mi történik.


Kontrollált járvány, második hullám vagy még az elsőnek az utóélete?


Osszuk az országokat három csoportba: amelyekben a járvány kontroll alatt van, második hullám van és nem volt kontroll alatt (lényegében az első hullámnál tartanak). Mi például kontroll alatt tartjuk a járványt, nem szökött fel a napi új esetszám.


Napi új esetszám Magyarországon (forrás Worldometers)


Második hullám van több szomszédunknál is, például Horvátországban. Horvátországban egy teljes elfojtást követően durrant be újból a járvány. Május második felében alig volt új fertőzött, de június vége óta emelkednek a számok.


Napi új esetszám Horvátországban (forrás Worldometers)


A nem csillapodás esetére Románia példa. Májusban is napi 200 esetet regisztráltak, ami körülbelül fele-harmada az első hullám csúcsának. Most viszont újból emelkedő esetszámokat jelentenek.


Napi új esetszám Romániában (forrás Worldometers)


A fenti önkényes és kvalitatív felosztást alkalmazom európai országokra.


Ország Járvány alakulása Forrás
Ausztria kontroll alatt
Belgium kontroll alatt
Bulgária emelkedőben
Horvátország második hullám
Ciprus kontroll alatt
Csehország második hullám
Dánia kontroll alatt
Észtország kontroll alatt
Finnország kontroll alatt
Franciaország kontroll alatt
Németország kontroll alatt
Görögország kontroll alatt
Magyarország kontroll alatt
Írország kontroll alatt
Olaszország kontroll alatt
Málta kontroll alatt
Lettország kontroll alatt
Litvánia kontroll alatt
Luxemburg emelkedőben
Hollandia kontroll alatt
Lengyelország kontroll alatt, de nem volt jelentős csúcs korábban sem, napi 200-400 eset
Portugália Alacsony csúcsot követően beállt napi 300-400-ra
Románia nem volt kontroll alatt
Szlovákia emelkedőben, bár alacsony bázisról
Szlovénia emelkedőben
Spanyolország kontroll alatt
Svédország nem volt kontroll alatt
Nagy Britannia csökkenőben az első hullám után
Szerbia második hullám
Ukrajna nem volt kontroll alatt és emelkedik
Norvégia kontroll alatt
Svájc kontroll alatt


A szomszédaink, akiket hozzánk hasonlóan az első hullámnak csak a szele csapott meg, most kezdenek visszaesni. Nem szeretnék riogatni, de a maszkviselést nem viccből tették kötelezővé egyes helyeken, sem a távolságtartásra való felszólítást.

2020. július 2., csütörtök

COIVD-19: Orvosi információt a YouTube-ról? Inkább ne!

Nem csak nekem jutott eszembe a járvány elején a YouTube videók világában megmerítkezni: egy lengyel kutatócsoport március elejéig megjelent, angol nyelvű videókat értékelt, hogy azok orvosilag mennyire releváns információval szolgálnak (Szmuda et al. 2020).


A következő kulcsszavakra kerestek rá “2019 nCoV,”, “SARS CoV-2”, “COVID-19 virus”, “coronavirus treatment”, “coronavirus explained”, “what is the coronavirus” és “coronavirus information”. Csak az első 30 találatot nézték, mert nagyon kevesen görgetnek lejjebb. Továbbá kihagyták az 1 óránál hosszabb videókat és a nem angol nyelvűeket. Végül 137 videót elemeztek.


A videók csekély százalékát készítették orvosok


A videók 48,2%-át hírportálok töltötték fel, 38,7%-át oktatási/tudománynépszerűsítő csatornák, 5,1%-át egészségügyi szervezetek, 5,1%-át kórházak és 2,9%-át orvosok. Nem végeztem az itthoni videókkal kapcsolatban hasonló százalékos elemzést, de az az érzésem, hogy nálunk ennél rosszabb arányok jönnének ki és a hírportálok és YouTube celebek sokkal felülreprezentáltabbak lennének.


A videók tartalmának pontozására egy DISCERN (megkülönböztetni) nevű kérdőívet alkalmaztak. Ennek a lényege, hogy minden olyan ismérven végigmegy, ami egy kellően átfogó, minden oldalt körbejáró és azt hivatkozásokkal ellátó tájékoztatástól elvárhatunk. Eredeti célja, hogy írásos orvosi kezelési alternatívák és más egészséggel kapcsolatos szövegek minőségkontrollját lehessen vele elvégezni.


A videók átlagos minősége: rossz


A legtöbb videó rossz minőségű mint egészségügyi információforrás. Ettől még persze hírforrásként lehet jó, de ezekből nem lehet a saját egészségünkre vonatkozó felelős döntéseket hoznunk. Nem véletlen, hogy "kérdezze meg kezelőorvosát vagy gyógyszerészét"! Bár a pontozásba nem nagyon ment bele a cikk, de pár dolgot említ, amit hiányolt a videókból: radiológiai eredmények, anatómiai ismeretek, diagnózis. Ez volt a három kategória, ami a legkevesebb videóban szerepelt. Bevallom megértem, hogy kevés hírportál gondolt a radiológiai felvételek elemzésének megosztására. A radiológia egy specializált szakma (az egész orvostudomány az, és nem a YouTube-on oktatják), és a "ground-glass opacity"-t nem gondolom, hogy sok kívülálló azonnal kiszúrja egy tüdőfelvételen.


Nem meglepő módon az orvosok videói bizonyultak a legjobbnak, elérve az átlagos közepes minősítést. Ezeket követte az egészségügyi szervezeteké, majd az oktatási csatornák videói, amelyek viszont már a rossz egészségügyi információ minősítést kapták. A majdnem a legrosszabb minősítési kategóriába eső hírportálok nem meglepőek, de hogy ilyen pontot kaptak a kórházak az legalábbis fura.


Az eredmények azért (is) ilyen rosszak, mert nincs gyógymód


Az eredményeket megfelelő óvatossággal kell kezelni. A pontozásba erősen számít, hogy a lehetséges kezelésekről mennyire átfogóan értekezik az adott forrás. Kezelések terén pedig – főleg márciusban – igen rosszul állunk. A betegség megértésének fázisában vagyunk. Kínában még szinte kórházról - kórházra alkalmazhattak más összetételű gyógyszeres kezelést, amelyek vagy segítettek vagy sem (március elejéről beszélünk, mintha egy másik évtizedben lett volna, pedig 4 hónapja volt), viszont ezek a kezelések kalauzolják azóta is a vizsgálatokat.


Vannak jó videók! Péládul a MedCram sorozata


A tanulmány az öt legmagasabb pontszámot elérő videót is listázza. Ebből a top3 kiváló, míg a következők jó minősítést értek el. Ezen videók közül három a MedCram sorozatból van. Ezen csatornán egy Dr. Seheult nevű, intenzív osztályon dolgozó orvos szemezget a COVID-19-es hírek között és magyarázza el a történéseket. Jelenleg (július 2) a 91. koronavírusos videónál tart. Én majdnem az elejétől rendszeres nézője vagyok a csatornának. Mindenkinek csak ajánlani tudom. Alább a cikkben legmagasabb pontszámot elért videó:




Az internet, beleértve a YouTube is lehet információforrás. De nagyon résen kell lenni, és tudni kell elválasztani a jó információt a rossztól. És ez nagyon nehéz. Diagnózist ne állítsunk fel Google keresés alapján, és ne kezdjük el kezelni magunkat a "orvosok eltitkolják" és hasonló felütésű oldalak tartalma alapján. Ne feledjük: Keresse fel kezelőorvosát vagy gyógyszerészét!


Hivatkozott irodalom

Szmuda, T., et al. 2020. YouTube as a source of patient information for Coronavirus Disease (COVID-19): A content-quality and audience engagement analysis. Rev. Med. Virol., e2132. DOI: 10.1002/rmv.2132

2020. június 24., szerda

COVID-19: Mikor találták ki hogy az legyen a neve hogy koronavírus?

Ezt a kérdést kaptam a VIBES YouTube videóm alatt ("régi" videó, még lezárás előtt készült)*. Erre a kérdésre van egy rendszertanász válasz. Bár nem vagyok rendszertanász, de szeretem a témát, és írtam egy picit vírusokról a könyvemben. Szóval hogy lesz elnevezve egy vírus, hogy lesz besorolva egy, ebben az esetben a koronavírusok közé?


Az első megismert koronavírus, bár akkor még nem így hívták, a madár fertőző hörghurut vírus (avian infectious bronchitis virus). A betegséget a 1930-as években írták le, a vírust 1937-ben izolálták (Beaudette & Hudson 1937). 1964-ben már elektormikroszkópos felvétel készült ilyen vírusról (Berry et al. 1964) és 1967-ben embert fertőző hasonló vírusokról is készül kép (Almeida és Tyrrell 1967). Ezek az eredmények, és hasonló viselkedésük okán merült fel, hogy ezen vírusok egy közös csoportba tartoznak.

Az embert fertőző 229E vírustörzs elektromikroszkópos képe Becker et al. 1967-es tanulmányából.


A korona a napkoronára utalás, és nem a királyi fejdíszre


A nevet 1968-ban vetették fel J. D. Almeida; D. M. Berry; C. H. Cunningham; D. Hamre; M. S. Hofstad; L. Mallucci; K. McIntosh; és D. A. J. Tyrrell virológusok (Nature 1968). Több vírus hasonlóan néz ki, hasonló méretű, RNS örökítőanyaggal rendelkeznek, van lipidburkuk és a sejtplazmában sokszorozódnak. Ilyen volt az akkor már ismert 229E emberi koronavírus (HCoV-229E) és a szintén embert fertőző B814-es vírustörzs (amiről nem tudjuk, hogy melyik ma ismert vírusnak felel meg, mert nem maradt belőle minta), az egér hepatitis vírus és az elsőnek leírt madár fertőző hörghurut vírus. Az ajánlás szerint az elektromikroszkópos kép alapján a vírusrészecskét a napkoronához hasonlónak találták, így egységesen a koronavírus nevet ajánlották a csoport elnevezésére. Akkor ez egy vírusnemzettséget jelentett.


A koronavírus elnevezés 1968-ból származik


A szabályok szerint a Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottságnak (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) kellett benyújtani ezt az ajánlást, ami 1975-ben vált az elfogadott nevezéktan részévé. Ekkor már az aktuális vírusrendszertan könyv (Peter Wildy 1971 Classification and Nomenclature of Viruses, 1st Report of the International Committee on Nomenclature of Viruses. Karger, Basel) így tartalmazza a csoport nevét, és az ICTV döntése is erre hivatkozik. A rendszertanban bevett, hogy bizottságok döntenek az elismert nevekről.


Coronaviridae család és Nidovirales rend


A linnéi rendszertanban a fajok nemzetségekbe (állatok esetén nemekbe), azok családokba, rendekbe és osztályokba sorolhatóak. Az élővilág rendszerezésénél jelenleg a vezérfonál az evolúciós leszármazás bemutatása. Vírusoknál viszont ilyen evolúciós kapcsolatokat nehéz bemutatni, mert igen gyorsan változnak, így hasonlóságaik elvesznek. A vírusok besorolása egyrészt az úgynevezett Baltimore osztályozáson alapult (Baltimore 1971), ami az örökítő anyag milyensége és az mRNS-hez vezető út alapján 7 csoportba sorolja a vírusokat. A koronavírusok az egyszálú + RNS vírusok körébe tartoznak. Ez azt jelenti, hogy örökítőanyaguk RNS, amely mRNS-ként funkcionálhat, azaz "értelmes" (+).**


Ezen fenotipikus osztályzáson kívül, ami nem jelent közös evolúció múltat, a vírusokat alapvetően családokba és nemzettségekbe osztották. Az 1975-ös ICTV döntés értelmében (Fenner 1976) a koronavírusok a Coronaviridae családba tartoztak. Akkor egyedüli nemzetségként a Coronavirus nemzetséget ismerték el. Később több nemzetségre osztották ezt (jelenleg 5 nemzetsége van) és 1996-tól bekerült a Nidovirales rendbe. A vírusokat ritkán osztották rendbe, csak, ha találtak a családok között valami hasonlóságot. A Nidovirales rendbe tartozó vírusok genetikai anyagában a 5' vég után mindig a replikáz enzimet kódoló régió jön, majd szerkezeti fehérjék és ezt követően egyéb segítő fehérjéket kódoló régiók jönnek. Ez az igen konzervált genomszerkezet alapján feltételezhető a közös eredet és így jogos az egy rendbe sorolás. Mára (2018-ban) a vírusrendszertan megirigyelte az élőlények rendszerének számos szintjét és bevezetett mindenféle szinteket (szerintem meggondolatlanul). Erről majd egy másik bejegyzésben írok.


A vírusok elnevezése nem követi a kettős elnevezést


A vírusok tudományos elnevezése nem követi a kettős elnevezést, ami a nemzettség- (genus) és a fajnévből (species) áll. Így az ember latin neve Homo sapiens, ahol a Homo a genus (állatoknál nem, csak azért, hogy bonyolult legyen), a sapiens pedig a fajt jelöli. A vírusoknak nincs ilyen nevük. Az első felfedezett vírus a dohánymozaikvirus, aminek a tudományos neve egyszerűen az angol neve "Tobacco mosaic virus". A vírusok neve ma is alapvetően arra a betegségre utal, amit okoznak.


A COVID-19 betegséget okozó vírus hivatalos neve: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus


Az ICTV nem volt túlságosan fantáziadús az elnevezésnél (Gorbalenya et al. 2020): a fenti név fordításban Súlyos akut légúti szindrómával rokon koronavírust jelent, ami annyit tesz, hogy a vírus hasonló a 2002/03-ban járványt okozó SARS vírushoz (de az nem a legközelebbi rokona). A vírust a járvány elején 2019-nCOV-ként azaz 2019-es új koronavírusként nevezték, bár voltak, akik egyszerűen Vuhan vírusként emlegették (én is). Az ICTV mindenképpen el akarta kerülni a "kínai vírus" és az ezzel majdnem egyenértékű "Vuhan vírus" neveket. Ez egyszerűen politika. Van rá példa, hogy egy vírust földrajzi helyről neveznek el, például a Zika-vírus egy ugandai erdőről kapta a nevét. A SARS-CoV-2 viszont lássuk be fantáziátlan név és nagyon összekeverhető a SARS-al (SARS-CoV). Egy csapat kínai virológus például a HCoV-19 (Human coronavirus 2019) nevet javasolta (Jiang et al. 2020). De most már marad, amit kapott.


Szóval ez a "koronavírus" elnevezésének rövid története. Bár a média egyszerűen csak koronavírusként emlegeti, ez majdnem olyan, mintha az ember "valami főemlős" (emberszabású) címkével illetnénk. Olyan szempontból félrevezető, hogy négy embert is fertőző koronavírus szezonális náthát okoz, azaz sokunknak volt már koronavírus fertőzése, csak nem a SARS-COV-2-vel fertőződtünk.




* A kérdés nem csak az internet népét érdekelheti, mert bár ez a wikin is szerepel, de külön közlemény is van, ami a név eredetét felfedi (Henry 2020).
** Negatív értelmű (-) egyszálú vírusok esetében a vírus örökítőanyagát előbb másolni kell, és az így keletkezett komplementer szál működhet mRNS-ként.

Hivatkozott irodalom




2020. június 20., szombat

Hihetetlenül felgyorsult a publikációs idő a járvánnyal kapcsolatos cikkeknél

A 2020-as év első 2,5 hónapjában, azaz január 1 és március 19 között megjelent, a COVID-19 járvánnyal vagy a SARS-CoV-2 vírussal kapcsolatos cikkek a benyújtás követő 9 nappal megjelentek (medián). A kutatási cikkeknél ez kicsit hosszabb volt (11 nap), az összefoglalóknál 13 nap, esettanulmányoknál 9 nap, és 7 nap minden más cikktípusnál (megjegyzés, perspektíva, vélemény, hírek, szerkesztői bevezető, stb.).


Ebből az időszakból 833 publikációt azonosítottam és dolgoztam fel. Ezekből 62 darab áttekintés/összefoglalás (7,4%), 136 kutatási eredmény (16,3%), 126 esetleírás (15,1%) és 509 egyéb típus (61.2%) (szerkesztői írás, hír, kitekintés, nézőpont, megjegyzés, vélemény, stb.). Az összes cikk medián elfogadási ideje 3 nap volt, a kutatási és összefoglaló cikkeknél 6 nap, esetleírásoknál 4 nap, egyéb cikkeknél 2 nap. Az írások tényleges megjelenéséhez további 4 napra volt szükség (kutatási eredményeknél 3,5 nap, esetleírásoknál 5 nap, összefoglalóknál 6 nap és egyéb cikkeknél 4 nap). Elmondható, hogy a publikációs sebesség a tízszeresésre nőtt a járvány elején a releváns cikkekre.


Ezek a száraz eredmények, itt most inkább a cikk történetéről írnék. Mert a tanulmányoknak van története is, de ezek nem jelennek meg a végleges formában, és általában ismeretlenek maradnak. Szóval ez egy a szokásos tématerületemen kívül eső tanulmány története:


Jogosan kérdezhetitek, hogy egy biológus miért ír publikálásról? Erre többféle válasz lehet, némelyik személyesebb, mások tudományosabban hangzanak.


Az írás egyfajta terápia is


Blogot is azért ír az ember, mert valamit ki akar írni magából. Az én szintemen ez nem pénzkeresés (ahhoz keveset írok és kevesen olvassák), csak egyfajta szellemi és lelki megnyugvás, hogy megoszthatom gondolataimat másokkal. Már január óta figyelemmel követem a járvány kiteljesedését és a tanulmányokat, amelyek kijönnek vele kapcsolatban. Némelyikről írtam is a blogomon, később a Qubiten is. Szóval kezdett némi olvasottságom lenni a témáról.


Aztán jött a karantén és az azzal járó mentális terheltség. Egyik napról a másikra itthon ragadtunk. Ha csak nekem kellett volna itthon lenni, és nem lett volna egyetemi oktatás, akkor ezt az időt nyugodt kutatással tölthettem volna. Az online oktatásról majd máskor (borzalmas), és ugye ott volt még az otthoni tanulás a gyerekeknél (amit átvett a nejem, mert én kb. egy hét után bedobtam a törölközőt, hogy ennek így nincs értelme a másodikos fiamnál). Ehhez adódott, hogy a munkahelyem megtiltotta, hogy a járványról engedély nélkül nyilatkozzunk és ha lehet inkább ne is nyilatkozzunk róla.


Szóval ott álltam sok cikk elolvasásával, amelyekről nem írhattam a nagyközönségnek, de tudományos tanulmányt mindig írhatok. Szóval tudományba kell csatornáznom az energiáimat.


Egy másik kutatásom rávilágított, hogy fontosak a publikálási idők

 
Az ősszel cikkeket gyűjtöttem emberi együttműködésről. Azok eredményeit szeretném összevetni gazdasági mutatókkal, de természetesen azon évből, amikor a kísérletet végezték. Viszont főleg a korábbi cikkek nem írják le, hogy mikor voltak a kísérletek. Egyedüli információ a cikk megjelenése és egyes esetekben az írásmű benyújtásának időpontja. A kísérlet biztosan ez előtt volt kivitelezve. Az ismert kísérleti és publikálási időkből próbáltuk becsülni, hogy a nem ismertek mikor voltak. Szóval az ősszel kénytelen voltam ilyen adatokat nézegetni.


Gondolkozz a dobozon kívül!


A fentebb említett őszi kutatást a Kőszegi Felsőbbfokú Tanulmányok Intézetében végeztem, amely intézet mottója, hogy gondolkozz a dobozon kívül (Think outside of the box!). Ez nagyjából azt jelenti, hogy a megoldás nem mindig azon kereteken belül van, amelyeket megszoktunk. Az én dobozom az evolúcióbiológia, elméleti biológia. Ezen gondolatvilágon belül a SARS-CoV-2-ről szekvenciaelemzést vagy esetleg valami járványtani modellt írhattam volna. De ezeket azok a csoportok, amelyek napi szinten ilyennel foglalkoznak gyorsabban tették meg és már márciusban is tömegével jelentek meg elméleti cikkek. Ez az út nem volt járható (bár dolgozunk egyfajta járványtani - evolúciós modellen olyanokkal, akik a számolás részében nagyon jók). És így jött az ötlet, hogy a publikációs viselkedésről írhatnék. Arról, hogy a publikáció volumene jelentősen megnőtt már voltak hírek, de a sebességéről még nem. Illetve mivel írtam már egy cikket publikációs kérdésekről (etikaiakról) így legalább tudtam merre fele kell olvasgatnom.


A "Big data" korát éljük


Olyan világban élünk, amelyben több az adat, mint amennyit fel tudunk dolgozni, meg tudunk érteni. Adat van, értelmeznünk kell őket. A cikkek beküldésének, elfogadásának és megjelenésének dátuma is ilyen adat. Az elméleti biológia, különösen a bioinformatika foglalkozik a nagy adatmennyiség feldolgozásával és elemzésével. Ilyen tekintetben ez a kutatás "testhezálló" volt számomra.


A publikációs folyamat most is pozitív élmény volt


Az adatok feldolgozásába március 4-én vágtam bele, a cikket április 8-án nyújtottam be, azaz kicsit több, mint egy hónap alatt kész volt az elemzés és a cikk megírása. Ez a legrövidebb tanulmány a részemről, pláne úgy, hogy teljesen egyedül végeztem.


A bírálási folyamat meglelően hosszú volt. Lényegében egy hónap múlva kaptam vissza a kéziratot bírálatokkal. Ez most lényegesen hosszabb, mint más járvánnyal kapcsolatos cikkeknél, de így is gyorsabb volt az átlagos időkhöz képest.


A bírálatok alapvetően pozitívak voltak, nem az alap adatokat és az elemzést kifogásolták, hanem annak prezentálását. Elsőre lényegesen bulvárosabbra fogtam a stílust, ami nem nyerte el a tetszésüket. Illetve kiegészítő adatokat kértek, amelyeket, ha megtaláltam boldogan beleírtam a cikkbe. Persze majdnem minden változtatáson képes az ember egy kicsit morogni. A helyesírási és nyelvtani hibák javításáért persze nem, sajnos az is maradt benne az első benyújtáskor. De vannak változtatások, amelyektől jobb lesz a cikk: jobban olvasható vagy teljesebb képet nyújt.


Bevallom ezen cikkel kapcsolatban legszívesebben kihagytam volna a megbeszélést. Tudományos közleményekben a bevezetés felveti a problémát és elhelyezi az eddigi ismeretekben. A módszer leírja, hogy mit csinált a szerző, míg az eredmények az elemzés kimenetelét mutatják be. Az újdonság lényegében idáig tart. A megbeszélés egy nehezebben megfogható rész. Ez hivatott bemutatni, hogy mit is jelent az új eredmény. Itt el lehet vetni a sulykot, és végül egy igen egyszerű elemzés végén beírni, hogy megoldottuk a világbékét IS. Illetve lehet az embernek olyan véleménye az eredmények kapcsán, amelyek nem következnek az adatokból, de azok utalnak rá.


Problémásan gyors lett a bírálati fázis


Egy tanulmány benyújtását követően a szerkesztőnek találnia kell 2-3 szakértőt, akik véleményt nyilvánítanak a tanulmányról. Néha ez is kihívás, volt olyan cikkünk, ami hónapokat állt, mert nem találtak senkit, akit elbírálná (szerintem a szerkesztő nagyon a témán kívül volt és nem ismert megfelelő embereket, akiket felkérhetett volna). A szakértőknek bár nem kell sok idő – nekem olyan 4–6 óra – egy bírálatra, de ezt valahogy bele kell illeszteni az amúgy is túlzsúfolt életünkbe (nekem most 2-3 bírálatot kéne elvégeznem a következő hetekben). Ez a része hosszú a folyamatnak, de ha értelmes bírálatot akarunk, akkor nem szabad siettetni. A siettetett bírálatok zöme egyszerűen elutasító, az a biztonságos, azért még nem hurcoltak meg senkit. Ezt követően vagy kell módosítani a szövegen, ami idő és utána újra ellenőriztetni kell a szakértőkkel vagy – jó esetben – elfogadott állapotba kerül a cikk. Az elfogadást követően jön az újság feladata, hogy a szöveget tördelje, felrakja a honlapra, stb. Ez technikai jellegű munka, elvileg akár gyors is lehet, illetve gyorsítható, hogy előbb lényegében formázatlan szöveg kerül fel, majd később a véglegesen betördelt. Az tehát, hogy ez a technikai idő lerövidült, nem meglepő és jó is lenne, pláne, amikor az információra azonnal szüksége van az orvosoknak, járványtanászoknak, döntéshozóknak.


Viszont a gyors bírálás, az esetleges negatív bírálatok kevéssé komolyan vétele, a cikkek gyors kiszórása okozhat olyan anomáliákat, hogy alapvetően rossz eredmények jelennek meg (ez különben is megtörténhet, de így még gyakoribb). Viszont nem bizonyítható, hogy bárki részéről direkt siettetés történt, vagy azért gyorsítanak be az újságok, hogy felüljenek a COVID-19 vonatra, ami most – a médiához hasonlóan – a tudományban is viszi a prímet. Valami ilyesmit írtam bele a következtetésekbe, ami még mindig benne van, bár igen óvatosan. Ami tény, hogy gyorsabb lett a bírálat. Hogy ez azért, mert a bírálók és a szerkesztők is tudják, hogy ezen emberélet múlhat vagy azért, mert ez jó az újságnak, azt nem lehet tudni. Lehet mindkettő, lehet cikkenként, újságonként és szerkesztőként eltérő a válasz. Véleményem van, de most akár magamba is tartottam volna.

A cikk pedig itt érhető el:

Kun, Á. 2020. Time to acceptance of 3 days for papers about COVID-19. Publications 8:30.

2020. március 18., szerda

A mindefélét összeesznek és az új fertőzések

Mostanság sokan beszélnek arról, hogy ha a világ különböző tájain nem ennének össze-vissza mindent, akkor ezt az egész koronavírus ügyet megúszhattuk volna. És jön az európai felsőbbrendűség, hogy bezzeg nálunk ilyen nem fordulhat elő, hiszen mi nem eszünk tobzoskát vagy denevért.



Én most – sok kutató társamhoz hasonlóan gondolom – a megszokotthoz képest több vírusokról és járványokról szóló cikket olvasok. Kezembe került egy a MERS-ről (Killerby et al. 2020). Ez a Közel-Keleti Légzőszervi Szindróma koronavírus által okozott betegség. Ez a hatodik ismert embert fertőző koronavírus (a hetedik tombol éppen Európában). 2012-ben Szaúd-Arábiában ütötte fel a fejét, >2400 fertőzöttet ismerünk, akik közül >850 meghalt (a halálozási rátája így 35% körüli). Ezen betegség kapcsán is felmerült a denevérek szerepe, de a közvetlen gazda az egypúpú teve (Camelus dromedarius). Egyes vidékeken a tevék igen jelentős részében megtalálható lehet a vírus (Reusken et al. 2013).


Hogyan került a MERS vírus állatról emberre?


A kézenfekvő magyarázat az lenne, hogy az emberek mindenfélét összeesznek, beleértve a tevét is. Igen, ahol tartanak tevét ott néha eszik is. Mi is eszünk lóhúst. Amúgy nem jellemző a tevehús evés, de tobzoska zabálás sem (az átlag kínai rizst eszik, és a pacalpörkölt hazájában a furcsaságért nem kell a szomszédba menni). A tevék vérében nem mutatható ki a vírus, a húsevésen keresztüli fertőződést nem valószínűsítik. A tevetejben elvileg megmaradhat a vírus (de az nem teljesen tisztázott, hogy oda hogyan kerülhet), de a felforralást nem bírja ki. A járványos MERS megbetegedésekben a tejivást sem találták kiváltó körülménynek. Az adott koronavírus a tevékben is légúti betegséget okoz, a takonyban, nyálban, garatváladékban a vírus kimutatható. Azaz a ritka (!) emberre való átkerülés mögött cseppfertőzés állhat. Az állatokat el kell látni, a gondozók közel vannak az állatokhoz, főleg, ha azok betegek (a jószág érték). Nem kell véres mészárszékeket, különleges állatok habzsolását vizionálni egy emberre való átfertőzés hátterében!

A MERS fertőzés továbbadásának lehetőségei. A folytonos nyilak a jellemző átadási formák.



Sok betegségünk mögött a háziállataink állnak


Az emberi történelem betegségei mögött nem kell mindig különleges állatokat (cibetmacskát, tobzoskát, majomagyat, kígyókat, stb.) képzelni. A kanyarót szarvasmarháktól kaphattuk el (oltás van ellene) ugyanúgy mint a TBC-t, a fekete himlőt rágcsálóktól, a szamárköhögést valami emlőstől, mumpszot akár disznótól (Wolfe et al. 2007). Ezek azok az élőlények, amelyekkel Eurázsiában igen közeli kapcsolatban élünk már több ezer éve.


Kaphatunk el betegséget a kedvenceinktől is, például macskakarmolásos lázat macskáktól, leptoszpirózis kutyától, ornitózis szárnyasoktól (papagájtól és galambtól is). Igaz, ezek egyelőre emberről, emberre nem terjednek.


Itt Európában biztos nem ugorhat át valami emberre?

Koronavírusos megbetegedés például kutyákból (wiki) és macskákból (wiki) is ismert, de van a disznóknak is sajátjuk. És mostanság a háziállatokat túlságosan is családtagnak tekintik egyesek. Nem tudom mekkora veszélyt jelent ez. De amikor túl egyszerűen a távoli kultúrák fura étkezési szokásaira kenjük bajainkat, gondolkodjunk el saját szokásainkon is.


 Hivatkozott irodalom



2020. március 2., hétfő

COVID-19: WHO összefoglalója a járványról

Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) kiadott egy Kínai-WHO közös összefoglalót (Report of the WHO-China Joint Missionon Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)). Ebből szemezgetek. Alant minden fordítás (dőlttel saját megjegyzéseim), de nem az egész dokumentumot fordítom le (40 oldal és sok része a Kínai intézkedésekről szól).
Egyes esetekben biztosan nem szakszerű az orvosi terminológia fordítása, ott bent hagytam az angol részt.
Az adatok február 20-ai állapotot tükrözik, a közlemény február 28-án (pénteken) jött ki.

A COVID-19 vírus egyedi az embert fertőző koronavírusok között abban, hogy egyszerre nagyon fertőzőképes, magas a halálozási rátája egyes rizikócsoportokban, és óriási társadalmi és gazdasági károkat okoz. A tervezés és felkészülés szempontjából úgy kell tekintetni, hogy a teljes emberiség fogékony a vírusra.


A fertőzöttek demográfiai jellemzői

A február 20-ig 55924 laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött eset alapján, a fertőzöttek életkorának mediánja 51 év (2 napostól a 100 évseig terjed a teljes intervallum). A legtöbb eset (77,8%) a 30–69 éves korosztályba tehető. A fertőzöttek 51,1%-a férfi.


A fertőzés lehetséges útjai

A COVID-19 cseppfertőzéssel terjed a fertőzött és a fertőzendő közeli, védelem nélküli érintkezésekor.
Levegőben való terjedést eddig nem jelentettek, és nem hisszük, hogy ez lenne a COVID-19 jellemző fertőzési útja a jelenlegi bizonyítékok alapján. Elképzelhető azonban a levegőben való terjedés, amennyiben egy egészségügyi intézményben bizonyos aeroszol előállító eljárásokat alkalmaznak. A vírus ürülékkel is távozhat, majd onnan a levegőbe kerülhet, és fertőző vírust mutattak ki néhány esetben, de nem ez tűnik az átadás jellemző módjának. Szerepét és jelentőségét még vizsgálják.


Otthoni vírusátadás

Kínában a vírus átadása (a fertőzés) jellemzően családon belül történik. A Kuangtungból és Szecsuánból jelentett 1836 esetből 1308 besorolható 344 csoportba, amelyből 78%–85% családi  csoport. Bár még az otthoni fertőződési rátákat vizsgálják, de az előzetes eredmények alapján (Kuangtung-ból) a másodlagos támadási rátára a becslés 3-10%.
Ez az a valószínűség, hogy valaki megkapja a fertőzést, ha egy háztartásban van egy fertőzöttel. Ennél magasabb valószínűséget is láttam, igaz az alig fél tucat közös étkezés során való átadásról ír.

Fogékonyság

A COVID-19 egy újonnan azonosított kórokozó, és nincs ismert, meglevő immunitás ellene emberekben. Az eddigi, Kínában tapasztalt járványtani jellemzők alapján mindenkit fogékonynak (fertőzhetőnek) kell tekintenünk, bár egyes rizikófaktorok növelhetik a fertőződésre való hajlamot. Ezt tovább kell tanulmányozni, ahogy azt is, hogy van-e semlegesítő immunitás a fertőzésből való felépülést követően.

Fertőzés / vírusátadás dinamikája

Az sokat emlegetett R0 2–2,5 ami azt jelenti, hogy egy fertőzés átlagosan hány új fertőzöttet generál egy teljesen fogékony és jól keveredő populációban. Ez a terjedési ráta kezdetben és óvintézkedések nélkül értendő.


Gyerekek

A 18 vagy fiatalabbakról rendelkezésre álló adatok alapján alacsony a "támadási ráta" a körükben, a jelentett esetek 2,4%-a. Vuhanban a rendszeres influenzatesztek újraelemzésekor ebből a korcsoportból senkit nem találtak fertőzöttnek november-december időszakban és január első két hetében. A rendelkezésre álló adatok alapján nem lehet megállapítani, hogy mennyire elterjedt a gyerekek körében a fertőzés, és hogy milyen szerepük van a fertőzés terjedésében. Az sem egyértelmű, hogy kevésbé fogékonyak vagy a betegség máshogy hat rájuk (a betegség lefolyása általában enyhébb náluk). Az összefoglalón dolgozók (van egy Joint Mission nevű panel, de ezt a nevet nem tudom értelmesen lefordítani) azt hallották, hogy a fertőzött gyerekeket zömében a fertőzött felnőttek kapcsolatainak feltérképezésekor találták meg. Megjegyezendő, hogy akikkel beszélt a panel, nem emlékeznek olyan eseményre, amikor a fertőzés gyerekről felnőttre terjedt volna.

Tünetek

Az 55924 laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött eset alapján a tipikus jelek és tünetek a következőek: láz (87,9%), száraz köhögés (67,7%), fáradság/kimerültség (38,1%), köpet termelés (mifelénk slejmnek hívják) (33,4%), légszomj (18,6%), torokfájás (13.9%), fejfájás (13,6%), izom- és ízületi fájdalom (14,8%), hidegrázás (11,4%), hányinger és hányás (5,0%), orrdugulás (nasal congestion) (4,8%), hasmenés (3,7%), vér felköhögése (hemoptysis) (0,9%), és bevérzett szemek (conjunctival congestion) (0,8%).

A COVID-19-ben szenvedő betegek a fertőzést követően általában 5-6 napon belül (átlagosan 5-6 nap, a teljes intervallum 1-14 nap) mutatják a tüneteket, beleértve az enyhe légzőszervi tüneteket és a lázat.
Egy esetet szoktak emlegetni 27 napos lappangással, illetve egyet 24 és egyet 19 napossal. A WHO fenntartja, hogy a lappangás legfeljebb két hét.


Betegség lefolyása

A legtöbb COVID-19-ben szenvedő személy enyhe lefolyású betegségen esik át és felépül.
Körülbelül a laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött esetek 80%-ban a betegség enyhe vagy mérsékelt, amiben van tüdőgyulladásos és nem tüdőgyulladásos eset is. Az esetek 13,8%-ban a betegség súlyos (légszomj, légzésvételi gyakoriság 30/percnél magasabb, a vér oxigéntelítettsége ≤93%, PaO2/FiO2 arány <300, és/vagy a tüdő teljes felszínének több mint 50% valami oda nem illővel telített (>50% of the lung field within 24-48 hours). Az esetek 6,1%-a kritikus (légzési elégtelenség, szeptikus sokk, és/vagy több szerv elégtelensége/működésképtelensége). Teljesen tünetmentes fertőzésről is van jelentés, de azon igen ritka esetekben, amikor a fertőzés azonosításakor az illető még tünetmentes, később általában kialakul a betegség. A ténylegesen tünetmentes fertőzöttek arányát nem ismerjük, de relatíve ritka lehet és nem tűnnek a fertőzés terjedésének meghatározó okozóinak.


A súlyos betegség és halál leginkább a 60 évesnél idősebbeket veszélyezteti és azokat, akiknek meglevő betegségeik vannak, mint magas vérnyomás, cukorbetegség, szív és érrendszeri betegség, krónikus légúti betegség és rák. A betegség gyerekekben ritka és enyhe, az összes jelentett eset 2,4% származik 19 év alatti személytől. Igen kis részüknél válik súlyossá (2,5%) vagy kritikussá (0,2%) a betegség.


Február 20-án laboratóriumi vizsgálat által is igazoltan fertőzött 55924 esetből 2114 halt meg  (durva halálozási arány, crude fatality ratio 3,8%). A halálozási ráta erősen függ a helytől és az járvány kiterjedésétől (pl. 5,8% Vuhanban és 0,7% Kína más területén). Kínában a halálozási ráta magasabb volt a járvány elején (17,3% a tünetek január 1-ei kezdetekor) és 0,7%-ra csökkent a február 1 utáni betegség kezdettel. A panel megjegyzi, hogy az egészségügyi szolgáltatás jelentősen javult a járvány alatt. Azaz a halálozási ráta nagyon függ az egészségügy fejlettségétől és kapacitásától.


A jelenleg elérhető előzetes adatok alapján a betegség kezdetétől a klinikai felépülésig eltelt idő medián értéke enyhe esetben körülbelül 2 hét, súlyos és kritikus esetekben pedig 3-6 hét. Az előzetes adatok alapján a kezdetektől 1 hétre alakul ki a súlyos betegség, beleértve a légszomj (hypoxia) is. Az elhunytak körében a tünetek jelentkezésétől a halál beálltáig 2-8 hét telt el.

Mit tegyünk?

  1. Vedd figyelembe, hogy a COVID-19 egy új és aggodalomra okot adó betegség, amelynek járványa a megfelelő intézkedésekkel kezelhető és a betegek túlnyomó többsége felépül.
  2. Már most kezd el a gyakori kézmosást és köhögés/tüsszentés esetén a szád eltakarását, ami a legfontosabb megelőző tevékenység.
  3. Figyeld a híreket és saját magadon a tüneteket (pl. magas láz és száraz köhögés), egyre többet tudunk a járványról, így ennek fényében változik a stratégia és a szükséges válaszlépések
  4. Légy kész, hogy támogasd a COVID-19-re adandó válaszokat a legkülönbözőbb módokon, legyen az egy szigorúbb "szociális távolság" tartás vagy a veszélyeztetett idősek segítése.


2020. február 23., vasárnap

COVID-19 és a gazdaság: Az összeesküvéselméleteknek még mindig semmi értelmük

A jelenlegi adatok alapján 79 ezren fertőződtek meg az új koronavírussal (SARS-CoV-2) és 2400-an haltak bele a fertőzésbe (az azzal járó tüdőgyulladásba és általános legyengülésbe). A világ továbbra is aggódva figyeli az eseményeket, főleg mert egyre több halálos áldozatról van tudomásunk Kínán kívülről.



Mivel a fertőzöttek száma túl van azon a határon, ami emberi ésszel felfogható, innentől már csak a nagy számot látjuk. Ez tovább erősítheti az összeesküvéselméletek híveit. Mivel próbálok minél több híradást olvasni a járvánnyal kapcsolatban, bizony belefutok a fura elképzelésekbe is.


Kína hazudik, ennyi emberért nem zárná le a gazdaságát. Biztosan már milliók haltak meg.


Mivel a halál végleges, így természetesen azt a számot nézzük alapvetően. Egy járvány viszont területi szinten nem a pár ezer halálos áldozat miatt problémás. Hupej tartományban, és persze leginkább Vuhanban tízezrek vannak kórházban. Azaz a szokásos sokszorosára emelkedett a kórházi ápolásra szorulók száma. Amennyiben nem kapnák meg a megfelelő kezelést, a halálozás is magasabb lenne. Továbbá, ha Kína nem próbálja meg megállítani a vírus terjedését, az leginkább a saját országát fogja érinteni. Hupej az ország közepén van, jelentős kereskedelmi csomópont, így onnan nagyon egyszerűen tovább terjedhet a járvány (ahogy terjed is). Kína gazdasága, de az egész világgazdaság megérzi a mostani leállást. Képzeljük el, ha ez a járvány szabadon tombolhat végig egész Kínán! Nem az a kérdés, hogy 1% vagy 4% a halálozási ráta. Az a kérdés, hogy mennyi munkaóra esik ki.

Magyarországon betegszabadságra nem igen szokás járni, sőt egyre kevésbé vesszük igénybe ezt (KSH), de így is átlagosan körülbelül 10 munkanap esik ki. Amerikai adatok alapján egy influenza megbetegedés miatt átlagosan 3,7–5,9 nap marad ki (Keech & Beardsworth 2008). Ez országos szinten már több millió munkanap kiesés jelent itt Magyarországon, ahol kevesebb ember él, mint Vuhanban! Ez Amerikában és Európában is milliárdos (dollárban és euróban) költséget jelent (Gasparinin et al. 2012; Klepser 2014). Egy ország reakcióját e szerint is kell megítélni.


A gazdasági racionalitás alapján is érdemes Kínának a járvány terjedését gátolni.


Irán hirtelen 28 fertőzöttet és 2 halottat ismert el (ez ma már 56 fertőzött és 8 halott, azaz Hepejen kívül a 3. legtöbb halálos áldozat). Nem tudni, hogy eddig nem ismerték fel a betegséget (ami egy influenzaidőszak közepén érthető lenne) vagy próbálták titkolni az esetleges járványt. Ez utóbbi is érthető lenne. Így is van pánik és a gazdaság meg fogja sínyleni. És a gazdaság sokkal jobban meg fogja sínyleni, mint önmagában a betegség tenné. A pánik hozadéka, hogy bizalmatlanok vagyunk az adott ország termékeivel szemben, akkor is, ha ennek biológiai alapja nincs (nem marad fertőzőképes a vírus egy több napos szállítást követően, sőt órákat sem bír ki1). Továbbá a turizmus is csökkenni fog, aminek újból van gazdasági következménye. Olaszország ma bejelentette, hogy felfüggeszti a velencei karnevált...

A fertőzés kiterjedését mutató naponta kétszer frissülő adatsor és térkép. Forrás itt.


Továbbá van olyan tanulmány, ami szinte biztosra veszi, hogy Indonéziában is van fertőzött, miközben az ország ilyet nem ismer el. A vélelmezés nem jelenti, hogy van fertőzött egy adott országban! Viszont egyértelmű, hogy van alapja annak, hogy egy ország eltitkolja a fertőzés tényét. Csak nem azért, amiért az összeesküvés elméleteket kedvelők képzelik.


Nem a halálozási ráta túl magas, hanem a gazdasági költség.


Viszont, amint egy fertőzöttet bevallottak, onnan mindegy, hogy hány fertőzött van a külső megítélés szempontjából. Figyeljük meg, hogy Európa területével majdnem azonos nagyságú Kína, amelynek lakossága Európa sokszorosa, számunkra egy nagy massza. Mindentől rettegünk, ami onnan származik. Miközben Európában országra lebontva figyeljük az esetek számát, a tőlünk távoli helyek egybeolvadnak. Csinghaj tartományban alig van fertőzött és azok is mind már meggyógyultak.



Bár sok helyen próbálják hangsúlyozni, hogy az ismert fertőzött turista, nem helyi, tehát helyben nincs probléma, a fertőzések terjednek. Van ahol úgy tűnik tudják kezelni a helyzetet és van ahol elszabadult a fertőzés. A mozgás korlátozása viszont mindenhol elemi érdek!

1 Erre a vírusra vonatkozólag nem tudjuk mennyi ideig marad fertőzőképes különböző felületeken. A becslés más hasonló vírusok ismeretéből ered.

Hivatkozott irodalom


2020. február 17., hétfő

COVID-19: Egyre több fertőzött, de nem a vírus lett jobb

Először is már nem kéne Vuhan vírusnak hívnom a vírust, mert kapott egy saját nevet a Vírustaxonómia Nemzetközi Bizottságától (ICTV). Ez a nemzetközi kutatókból álló csapat hagyja jóvá a vírusok neveit.

A vírus hivatalos neve a SARS-CoV-2.

A SARS név, ami egy korábbi koronavírus neve, a "severe acute respiratory syndrome" kifejezésből ered, ami annyit tesz, hogy "súlyos akut légzőszervi szindróma". Ez a vírus által okozott betegségre utal. Ez amúgy jellemző a vírusnevekre. Egyes kínai kutatók szerint a névválasztás nem túl szerencsés (szerintem sem). A SARS koronavírusnak nem közeli rokona az új vírus, és nem szabadna a fejekben a kettőnek keverednie. A 2002-2003-ban kiteljesedő járvány körülbelül 8000 embert fertőzött meg és 774 ember halt meg. A mostani vírus sokkal gyorsabban terjed (a jelenlegi állapot szerint majdnem 70 ezer fertőzött van), de kevésbé halálos. De nem árt tudni, hogy aki a SARS-CoV-2-től beszél, az a jelenlegi emberi koronavírus járvány vírusáról szól.

SARS-CoV-2 elektormikroszkópos képe. Forrás NIAID


Sok hírportál rosszul hozta le, hogy a vírus neve COVID-19. Nem az, az a járvány neve.


Az első kimutatott fertőzött Afrikában


Pénteken az első Afrikában levő fertőzöttet is azonosították Egyiptomban, az illető nem egyiptomi. Ezzel valóra váltak a félelmek, hogy a járvánnyal kevésbé megküzdeni tudó Afrikába is bekerül a vírus. Kutatók szerint (erről majd egy másik bejegyzésben részletesebben) eleve már régen megjelent Afrikában a vírus, de ott nem tudják kimutatni. Ez nem technikai kérdés, mintsem pénzügyi. A kimutatás lassú, költséges a beteg gyógyulásához nem járul hozzá (annyiban igen, ha tudják, hogy bakteriális vagy virális problémáról van szó), ellenben a járvány megfékezéséhez elengedhetetlen.


Akik figyelik a John Hopkins kórház által frissített adatokat, észrevehették, hogy február 13-án nagyot ugrott a megbetegedettek száma: 44 ezerről 59 ezerre emelkedett a fertőzöttek száma. Meg kell nyugodni, nem a vírus lett durvább.


A kínai egészségügy Hupej tartományban engedélyezte, hogy a légzési problémákkal, lényegében tüdőgyulladással orvoshoz kerülőket koronavírussal fertőzöttnek lehessen nyilvánítani a vírus kitenyésztése nélkül.


Az, hogy valakinek tüdőgyulladása van és ezzel kórházba kerül nem jelenti, hogy a SARS-CoV-2-vel fertőződött. Azt előbb ki kell mutatni. Ott ahol kevés az eset, ezt az eljárást végig is viszik, de Hupej tartományban ez túl lassú Ugyanis, ha a valószínűleg koronavírussal fertőzötteket nem azonnal különítik el, illetve kezdik el kezelésüket, az a halálozást is növelheti, illetve a terjedés megfékezését nehezítheti.


Vírusokat lehet tenyészteni például sejtkultúrákban, és mikroszkóppal figyelni, hogy a sejtek szétesnek a vírussokszorozódás következtében. Ez a módszer viszont csak a vírus jelenlétét mutatná ki, sok esetben nem is alkalmazható. Modernebb technika, ha a vírus örökítőanyagát felszaporítjuk. Ehhez ismerni kell az adott vírust (ezért volt fontos, hogy a szekvenciáját megosztották). Ezt követően az egy reverz transzkripciós PCR-rel felszaporítható (azért a bonyodalom, mert RNS vírusról van szó). A keletkezett DNS (ezért reverz transzkripció, mert RNS-ről kell DNS-t másolni, míg a normál transzkripció során DNS íródik át RNS-sé) mennyiségét mérik. Amennyiben nincs a mintában a keresett vírus, úgy nincs mit felszaporítani, és nem keletkezik DNS. Ha van mit felszaporítani, akkor lesz DNS és az kimutatható.


Ez a módszer igen érzékeny. A SARS-CoV2 esetében a többi embert fertőző koronavírust, és más vírusokat nem mutat ki, ellenben a közeli, denevérekben megtalálhatóakat igen (lásd itt). Ez a módszer (nagyon felületesen), és ennek eredményére kell várni, hogy a fertőzést biztosan kimutassák. Az új vírus esetében a világ többi táján fontos, hogy biztosan kimutassuk a vírust!


Magyarországon a 6. héten több mint 30 ezer ember kereste fel orvosát influenzaszerű tünetekkel. Ezeket különböző influenzavírusok okozzák. Általában nem tudjuk meg, hogy pontosan mely vírus fertőzte a zömében gyermek megbetegedetteket, mert kevésnél kérik a kitenyésztést (indokolatlan is lenne). A magyar influenzahelyzetet azért írom sokszor le, hogy érzékeljük, hogy egy járvány milyen megbetegedésszámokat tud produkálni. Ez esetben lényegesen nagyobbakat, mint aminél a SARS-CoV-2 tart. Az új vírus viszont halálosabb a szezonális influenzánál, gyorsabban is terjed és újdonsága okán több figyelmet kap (ami egyrészt érthető és fontos, másrészt a média működésének mellékterméke).

2020. február 10., hétfő

COVID-19: Tobzoskákról kerülhetett emberre

A Nature tudományos folyóirat kínai forrásra hivatkozva elképzelhetőnek tartja, hogy az 2019-nCoV névre keresztelt, jelenleg bizonyítottan 30 ezernél több embert megfertőző és 638 halálos áldozatot követelő vírus egy tobzoskáról ugrott át az emberre.

Jávai tobzoska


A január elején gyorsan közzétett vírusgenom összehasonlítása alapján ez a koronavírus természetes gazdája valamilyen denevér lehet. Ellenben már az első híresztelések is valamilyen más fajt feltételeznek, mint a fertőzés közvetlen forrását. A 2002–2003-as SARS járványnál ez cibetmacska volt, míg a Közel-Keleten kitört MERS járványé dromedár (egypúpú teve). A koronavírus fertőzés kitudódásakor a kígyót jelöltek meg, mint az esetleges forrás, de ezt a tudományos közösség gyorsan elvetette.

A Kuangcsou-ban levő Dél-Kínai Mezőgazdasági Egyetem munkatársai, Shen Yongyi és Xiao Lihua egy sajtótájékoztatón azt jelentették be, hogy tobzoskákból és fertőzött emberekből vett vírusminták genetikai összehasonlítása 99%-os egyezést mutat szemben a legközelebbi ismert denevér koronavíruséval, ami csak 96,2%-os egyezést mutat (Zhou et al. 2020), így lehetséges, hogy a közvetlen forrás egy tobzoska volt.
A kutató közösség nem zárja ki ennek igazát, de várják, hogy az eredmények közlemény formájában is megjelenjenek.

A tobzoskák húsa ínyencségnek számít, míg pikkelyeit a tradicionális gyógyászatban alkalmazzák. Mivel orvvadászok folyamatosan próbálkoznak minél több elejtésével, így egyedszámuk erősen lecsökkent és minden faja súlyosan veszélyeztetett. A kínai hatóságok keményen büntetik a tobzoskákkal való kereskedelmet, de ez legfeljebb csak nehezíti a csempészek dolgát.

Csempészett és a megmentésükre szervezett akciót túl nem élő, jávai tobzoskákból 2019-ben vettek mintát, amelyek egy részénél találtak koronavírusokat (Liu, Chen és Chen 2019). Így biztos, hogy a tobzoskákban ilyen típusú vírus lehetséges. Az óvatos fogalmazásmód azért szükséges, mert a talált koronavírusok távol állnak a mostani koronavírustól. A most bejelentett közlemény nélkül azt sem tudjuk, hogy a mintát jávai tobzoskából, vagy Dél-Ázsia valamely másik tobzoskafajából izolálták.

Az emberek a korábbi SARS járvány ellenére sem igazán változtatnak viselkedésükön. Egyszer már keletkezett egy lokális járvány a vadállatok fogyasztása miatt, de ez nem hagyott mély nyomokat az ilyen ínyencségeket kívánók körében. Egy tanulmány (Yang et al. 2007) a SARS járvány előtt konzervációs okokból felmért, majd a járvány kitörését követően az érdekes összehasonlítás okán újból felvett adatok alapján azt mutatják, hogy bár csökkent a vadállatok fogyasztásának mértéke, de nem drasztikusan. A nyulak, vaddisznók, fácánok, kígyók, békák, tobzoskák, medvemancs, stb. fogyasztása 20–15%-kal esett vissza. A cibetmacska fogyasztás alig lett kevesebb, annak ellenére, hogy a megkérdezettek 38%-a tudta, hogy ez a macskafaj volt a közvetlen átadója a SARS-nak.

A kínai hatóságok betiltották a vadállatok és vadhús értékesítését az egészségügyi válsághelyzet alatt. Bár mivel ezt az intézkedést a járvány lecsengését követően valószínűleg nem fogják fenntartani, és Dél-Kelet Ázsia más államaiban is igen gyakori a számunkra egzotikusabb vadhús fogyasztása (sőt ez világszinten az), így az emberiség továbbra is számolhat hasonló új járványokkal.

Hivatkozott irodalom

2020. február 1., szombat

COVID-19: médiaparadicsom

A bizonyítottan 2019-nCoV vírussal fertőzöttek száma közel 10 ezer és a halottak száma 200 felett van. A WHO kihirdette az egészségügyi vészhelyzetet. Európában Olaszországban és Svédországban is találtak fertőzött személyt.


Ezek a hírek a legkülönbözőbb formában és hosszal jellemzik a tegnapi napot. Minden napra több cikk is jut (Index mai termés 1, 2), talán a Qubit visszafogottabb, csak napi egy cikk van a témáról (29., 29., 30., 31.) (na jó nem, több van).



Az új járvány szenzáció és lehet róla írni


Vegyük észre, hogy ez most minden mást feledtet. Az Egyesült Királyság kilép az EU-ból. Nem erről kéne szólnia mindennek? Közben egy távoli országban levő tízezer (biztos) betegről írunk és olvasunk. Még akkor is, ha a fertőzöttek számát modell számítások alapján (itt és itt) 39–190 ezer közé teszik jelenleg Vuhanban, miért kéne pánikolnunk? A korábbi évek statisztikái alapján ez alatt az idő alatt többen haltak meg Hupei tartományban (ahol ugye Vuhan is van) közúti szerencsétlenségben, mint az új vírusfertőzés okozta tüdőgyulladásban. És mégsem a kínai utakról, autókról vagy vezetési stílusról beszélgetünk.


Könnyű belátni a veszélyét


Egy vírusjárvány problémáit egyszerű belátni. Emberek betegek lesznek, napokig rosszul vannak, nyomják az ágyat, egyesek akár kórházba is kerülhetnek. Lehet, hogy kicsit más a lefolyása, de betegséget már láttunk. El tudjuk képzelni. A vírus a távolság ellenére elérhet ide, hiszen már Európában is jelen van. A járványoktól félünk. Jó okkal. Ez evolúciós múltunk része. Járványok mindig is voltak. És mindig veszélyesek voltak (sőt, sokkal veszélyesebbek, mint most).


Rájátszik az idegenekkel szembeni előítéleteinkre


A járványok terjedése ellen lehet tenni. Például az idegen kizárásával. Ugye ez reflex rögtön beütött? Hirtelen minden ázsiai (még csak ne is szorítkozzunk kínaira) gyanús lett. A kínai büfés, akit minden nap látunk a boltjában, nem hordozza a vírust. Nem, hiszen minden nap láttuk, itt él már évek, ha nem évtizedek óta. Nem ment rokonokat látogatni karácsonykor, mert esetleg a kínai újévkor szerette volna ezt tenni. És különben is Csilinből származik, ahol 14 ismert fertőzött van (a 27 millió lakosból). A gyerek iskolájába járó másik "ferdeszeművel" mi van? Persze tudjuk, hogy a nagyszülei költöztek ide Vietnámból (ilyen távolságból apróságra nem adunk), de miért írná ez felül a jól beidegzett idegengyűlöletünket? Az indiaiakról ne is beszéljünk! Biztosan annak az 1 ismert fertőzöttnek a rokona (a több mint 1 milliárd lakosból) az aki szembe jött az utcán.



No és ott vannak a kínai áruk, amelyek biztosan fertőzöttek. Ne zavarjon a tisztánlátásban, hogy ezek a vírusok nagyjából órákat léteznek fertőző formában a szabadban, a most megkapott áru meg két-három hetet utazott. Persze ahol a vírusfertőzésre antibiotikumot eszünk, ne is lepődjünk meg ezen a gondolatmeneten (a baktériumok akár ki is húzhatnák azt a hajóutat).


És kiélhetjük az összeesküvés elméletek iránti beteges vonzódásunkat


Rossz információs buborékban élek. Én csak a cáfolatait olvasom ezeknek az elméleteknek. Gondolom, a hívők meg pont azokat nem. És miért ne hinnénk el minden rosszat a háttérhatalmakról meg a gyógyszerlobbiról? Lehetőleg egyszerre azt, hogy a teszteletlen oltásaikkal au..., aut..., auzi... (nem mindegy? valamit) okoznak, de ha a meg nem levő vakcináról azt állítják, hogy biztonságos kifejlesztéshez kell legalább egy év, akkor meg a gyógyszerlobbi szeretne így meggazdagodni. Értsd úgy, hogy nem elad, hanem vár. Mert a várakozás pénzt termel, de legalábbis rózsát. Venezuela is azért áll olyan jól anyagilag, mert bár tömegével adhatna el olajat, de inkább kivár (szarkazmus). Bill Gates meg biztosan azért pénzelte ezt a járványt, hogy megmutassa, ha minden emberen is Windows futna, akkor nem terjednének rajtuk számítógépes kórokozók. Vagy valami ilyesmi. A fene érti a háttérhatalmakat.



Végre lehet egy kicsit a reflektorfényben lenni


És a lényeg. Nem csak jól kommunikálható a probléma, hanem olyan világban élünk, ahol a figyelemért versengünk leginkább. Még mi kutatók is. A mi teljesítményünket is lényegében figyelemben mérik (tanulmányokra kapott hivatkozások). Nekünk is reklámozni kell magunkat és az intézményünket is. És miért ne lovagolnánk meg a trendeket? Az elmúlt hetekben több, mint 50 szakcikk jelent meg az új koronavírusról (lásd a Nature összefoglalóját itt). Önmagában persze az is indikatív, hogy a legnagyobb tudományos szaklap is folyamatosan frissülő hírben tudósít a járványról.


Továbbá minden kutató adhat a történetnek egy olyan vetületet, ami a saját/intézménye kutatási területének fontosságát mutatja. Ne feledjük, hogy ingyenélőnek lettünk titulálva egész 2019-ben, aztán most milyen jól jön, hogy valaki mégiscsak tudja értelmezni a világot. Például Kemenesi Gáborral készített interjú rendkívül higgadt hangvételben tájékoztat a helyzetről egy olyan kutató által, aki ilyen vírusokkal foglalkozik. Müller Viktor barátom az ELTE elméleti biológusa, akinek a kutatási területe is a járványok, betegségek evolúciója szintén a pánik ellen szólt. Jövő szerdán (febr. 5.) az MTA épületében fog előadni újságíróknak az új járványról és, hogy hogyan kéne ezt kommunikálni. (Csak megjegyzem, hogy én pedig a klímaváltozásról fogok előadni ugyanott, de az úgy sem érdekel sokakat.)


De szűkebb pátriám, az Ökológiai Kutatóintézet munkatársai is nyilatkoztak az ügyben. Evolúciótudományi intézetünk kórokozók evolúciójával is foglalkozik, amely kutatásokat Rózsa Lajos vezeti. Ő és Garamszegi László (az Ökológiai és Botanikai Intézet igazgatója) volt a vendége január 29-én az M5 ez itt a kérdés műsorának. Garamszegi László a VálaszOnline-nak is nyilatkozott az ügyben, kiemelve az intézményi tervünket, hogy egy megfigyelőszolgálatot üzemeltessünk be, amely a klímaváltozás okán hazánkba újonnan megjelenő kórokozókra figyelmeztetne.


Tehát tudunk kapcsolódni a témához és így a higgadt tájékoztatás felé tudjuk terelni a diszkurzust (pánikot egyetlen kutató sem keltett) és el tudunk oszlatni félreértéseket. És nem mellesleg megmutatjuk az országnak, hogy van értelme tudományra és kutatókra költeni.


Én is valami ilyen indíttatásból írom ezeket a bejegyzéseket. Evolúcióbiológiát oktatóként tanítom az új kórokozók emberre való átugrásának kihívásait és lehetséges következményeit (ez nagyjából 3 hét múlva lesz terítéken a tavaszi félévben, most majd időben közeli példával szemléltethetem a témát). Elméleti biológusként láttam már azokat a SIR alapmodellre (lásd egy korábbi bejegyzésemet erről a modellről itt) épülő egyenletrendszereket, amelyekkel a járvány lefutásának paramétereit becslik. És mivel ezt most aktuális (és nagyobb olvasottságot is generál), így más érdekes hírek háttérbe szorulnak (pedig gyülekeznek egy alkönyvtárba mindenféle íráskezdemények és egy másikba az érdekes szakcikkek, amelyekről írni kéne).


Köszönöm, hogy olvastok!