2020. július 13., hétfő

A nyakkendőcsomók matematikája

Nyakkendőtekergetés közben egy ideje azon elmélkedem, hogy ennek kell lennie valami matematikai (topológiai) leírásának. A csomók kétféleképpen kezdődnek és mindegyik azzal fejeződik be, hogy középen kifelé áthúzzuk a szélesebb részét és az ott levő hurokba beillesztjük. Mielőtt még újra felfedeztem volna a kereket (csomótant?) ráleltem Thomas Fink és Yong Mao (1999) tanulmányára, amely a nyakkendőcsomók matematikai leírását adja, egyben felsorolja az összes lehetségeset.


Nyakkendőcsomónak tekintsük azokat a csomókat, amelyekben a keskenyebb vég köré tekerjük a vastagabbat (a hagyományosabb, klasszikus csomók ilyenek). A vékonyabb vég így mindig kihúzható a csomóból, így lazítjuk meg a nyakkendőt és vesszük le azt.


Tegyük fel továbbá, hogy amikor a nyakkendőt megkötés előtt magunkra helyezzük a szélesebb fele van a jobb oldalunkon, a vékonyabb a balon. Minden ismertetett csomó tükörszimmetrikusan is megköthető az így új csomófajtát nem eredményez. Ezen alapállást követően minden csomó úgy kezdődik, hogy keresztezzük a két szárát a nyakkendőnek. Amennyiben a nyakkendő színe van előre (azaz az látszik), úgy a vékony szár előtt azt balra húzva keresztezzük őket. Amennyiben a varrás van előre (ne lepődjünk meg, sok csomó tényleg így kezdődik), úgy a vékony szár mögött balra húzva keresztezzük a vastagabb szárat. A vékony szárhoz képest így a vastag szárat vagy balra húzva, a mögé írányítjuk, vagy mögüle balra előrefelé. Ezt a két mozdulatot rögtön nevezzük el Balra-mögé (Left-in, Li) vagy Balra-előre (Left-out, Lo).




Ezt követően két lehetőségünk van vagy jobbra (Right) húzzuk a vastag szárat, vagy középen átbújtatjuk (Centre). Ha először előre húztuk, akkor most hátra fele mozgatjuk (in), ha először hátrafelé mozgattuk, akkor most előre (out) fogjuk. Ezekkel a mozdulatokkal fogjuk leírni a csomó kötésének folyamatát. A szabályok így azok, hogy két azonos irány egymás után nem ismételhető (nem tudjuk kétszer balra mozgatni a szárat), és minden előre után hátra jön és viszont.


A nyakkendő befejezésére két lehetőség van: jobbra ki, balra hátra (ez ugye lényegében a csomó előtt tett majdnem teljes kör), középen előre és hurokba bebújtatjuk a szárat ezzel befejezve a csomót. A hagyományos nyakkendőcsomót pontosan így fejezzük be. Másik lehetőség, hogy balra ki, jobbra hátra, középen előre és bebújtatjuk a hurokba. Tehát a legvége mindig az, hogy középen előre és bebújtatjuk a hurokba.


Minden mozdulatnak adtunk egy jelet: Lo (bal előre), Li (bal hátra), Co (közpen előre), Ci (középen hátra), Ro (jobb előre), Ri (jobb hátra). Ezeknek a sorozata egy csomó, úgy, hogy vagy Lo-val vagy Li-vel kezdődik, illetve RoLiCoT-vel vagy LoRiCoT-vel végzőik (a T a hurokba illesztés és befejezés, későbbiekben nem tekintjük külön lépésnek). A kettő között annyi a megkötés (ahogy korábban írtam), hogy L után R vagy C jön, R után L vagy C, és C után L vagy R. Illetve minden i után o, és o után i. Mivel ezek mindig váltakoznak, és mindig Co-val végződik a csomó, így a páratlan lépésből álló csomók Lo-val kezdődnek, míg a párosok Li-vel.


Az egyszerű csomó (keleti csomó) az egyetlen 3 lépéses csomó, ami lényegében az egyik befejező szekvencia: LoRiCoT. Teljesíti az Lo vagy Li kezdést és az LoRiCoT befejezést. Formájára nézve hasonlít a hagyományos csomóra, aszimmetrikus.




A hagyományos csomó "képlete" LiRoLiCoT. Mivel a csomók mindig L-lel kezdődnek, így egy közvetlenül utána jövő befejezés R-rel kell kezdődjön. Ez az egyetlen 4 lépésből álló csomó. A leggyakrabban használt csomó, eredete a XIX. század közepéig nyúlik vissza. Egészen apró csomót is tud képezni, aszimmetrikus.




Az 5 lépéses csomóknál már több lehetőség van. Az LoRiCoT befejezés elé két betűt rakhatunk, de az első mindig L, és mivel páratlan lépésből áll, így Lo-val kezdődik. Tehát LoXiLoRiCoT az általános képlet, ahol az Xi lehet Ri és Ci is. Lehet továbbá befejezés az RoLiCoT, viszont az  LoXiRoLiCoT képletben az Xi csak Ci lehet, mert két R vagy két L egymás mellett nem lehet. Tehát így összesen három 5 lépéses csomó van.


Formula Név
Lo Ri Lo Ri Co T Kelvin
Lo Ci Ro Li Co T Nicky
Lo Ci Lo Ri Co T Pratt


Kelvin csomó


Nicky csomó


Pratt csomó


A hat hosszú csomóból öt darab van, mindegyik Li-vel kezdődik. A hármas befejezés mellett két mozdulat ékelődik a kezdet és a befejezés közé. Innen már egyszerűbb egy gráfon szemléltetni a lehetséges lépéseket.




Formula Név
Li Ro Li Ro Li Co T Victoria
Li Ro Ci Lo Ri Co T Fél Windsor
Li Ro Ci Ro Li Co T Fél Windsor szerű (alternatív, önkioldó)
Li Co Ri Lo Ri Co T -
Li Co Li Ro Li Co T -


Victoria csomó


Fél Windsor csomó


A fél Windsor alternatív formája


A névtelen 9-es csomó. Alapvetően aszimmetrikus, hosszúkás csomó. Lehet, hogy egy szétálló gallérral még jól is nézhet ki.


A névtelen 10-es csomó. Alapvetően aszimmetrikus, hosszúkás csomó (az előzőhöz képest a másik oldal fele dől). Lehet, hogy egy szétálló gallérral még jól is nézhet ki.


Az első kettő ténylegesen elnevezett csomó. A harmadik egy – szerintem – rossz megkötési módja a fél Windsor-nak. A miért viszont már képek nélkül nehezen megmutatható, sőt inkább egy videót igényelne. A harmadik csomó előnye viszont, hogy önkioldó. Ez azt jelenti, hogy amikor a keskeny végét kihúzzuk a csomóból, a csomó szétesik és a nyakkendő egyszerűen levehető / eltehető. Minden RoLiCoT-re végződő csomó ilyen (a hagyományos és a Nicky volt ilyen eddig). A többi csomót, beleértve a fél Windosr-t is, viszont levételkor ki kell bogozni. Ez már topológia. Az egyik topológiailag csak egy körbetekerése a keskeny szárnak, míg a másik ezen felül egy tényleges bog is (a szó köznapi értelmében, azaz, hogy nem jön szét).


A következő érdekes kérdés, hogy miért nem neveztek el minden csomót? A tanulmány szerzői kritériumot állítottak fel, hogy mely csomók esztétikusak. A kritérium olyan volt, hogy a jobbra és balra lépések száma közel azonos legyen (ez egyfajta szimmetriát ad a csomónak), illetve a középen való áthúzás nagyjából egyenletesen legyen elosztva a szekvenciában. A két névtelen 6 lépéses csomó teltebb, de igen aszimmetrikus csomót eredményez. Aki szereti a hagyományos csomó féloldalasságát, de egy kicsit teltebb csomóra vágyik, az szerintem simán alkalmazhatja. Ezekben én elsőre nem látom a használhatatlanságot.


Van még egy érdekesség, amivel a csomók kinézete jelentősen változtatható ugyanazon szekvencián belül. Amenyiben egy szekvenciában van LRLRCT (vagy RLRLCT) úgy két hurok van a csomónkon és dönthetünk, hogy a vastag szár előrehozásakor a felső vagy az alsó mögött fejezzük be a csomót. Az alap legyen, hogy mindig a legfelső csomó mögött bújtatjuk át a vastagabb szárat. És jelöljük TT-vel azt a befejezést, ha kívülről a második alatt bújtatjuk át a szárat. Az eredeti tanulmányok erre nem térnek ki, de honlapjuk már igen. Párat ezek közül már el is neveztek, mint a Prince Albertet (Li Ro Li Ro Li Co T T), ami a Victoria változata vagy a van Wijk-et (Li Ro Li Ro Li Ro Li Co T T T).


Prince Albert csomó


Bár a 7, 8, 9 lépéses csomóknál még vannak érdekesek (például a 8 lépéses Windsor), de ezek felsorolásától most eltekintek. Kilenc lépés felett pedig már túl nagy lesz a csomó és egyszerűen elfogy a kötni való szár, miközben alakban és főleg szimmetriában javulást nehéz elérni.


Ami miatt nagyon megtetszett ez a tanulmány, az a matematika kompakt és egzakt nyelvén való leírás. Miközben a nyakkendő kötési videókat sasolva bizony figyelni kell, hogy ki merre tekeri a nyakkendőjét (és például a Windsor esetén többféle megoldást lehet látni), addig egy ilyen szekvencia videók nélkül is tökéletesen mutatja, hogy mit kéne csinálni és nagyban leegyszerűsíti a csomókról való beszélgetést.


Hivatkozott irodalom

Fink, T. M. és Mao, Y. 1999. Designing tie knots by random walks. Nature 398(6722): 31–32

Fink, T. M. A. és Mao, Y. 2000. Tie knots, random walks and topology. Physica A: Statistical Mechanics and its Applications 276(1): 109–121

2020. július 4., szombat

COVID-19: Hol tartunk az első és második hullámmal Európában?

Ahogy a lezárások megszűntek a legtöbb országban nem nőtt meg azonnal, még a két hetes eltéréssel sem az esetszám. De most, nagyjából egy-két hónappal később több országban újból egyre több fertőzöttet találtak.


A vírus nem tűnt el, csak nagyon lelassult az átadása itthon


Magyarország eddig alapvetően megúszta a járványt. Ez is hozzájárul, hogy többet beszélünk arról, hogy volt-e járvány vagy szükséges volt-e egyáltalán a lezárás. Ezzel szöges ellentétben az egyetem majd csak augusztus végén fog újból kinyitni, s bár személyes jelenlét mellett tervezzük elkezdeni a következő félévet, de felkészülünk, hogy bármikor vissza kell térnünk a távolsági oktatásra. Mindenki döntse el, hogy a megmondóembereknek vagy a természettudósoknak hisz.


A járványgörbének megfelelően az esetszám a járvány elején meredeken (exponenciálisan) emelkedik, majd a korlátozó intézkedések következtében csökken (az is exponenciális, ezért tűnhet úgy, hogy csak úgy eltűnt a vírus). Ez volt az első hullám. Viszont mivel a vírus nem tűnt el, csak a fertőzöttek száma lett nagyon alacsony, illetve a nemzetközi forgalom visszaállásával újból van honnan importálni a betegséget, így újabb gócok alakulhatnak ki. Kialakulhat egy második hullám, azaz megint emelkedhetnek az esetszámok.


A napi adatokat február-márciusban még naponta többször is megnéztem. Ekkor ez előbb csak a kínai járvány alakulását mutatta, a világ többi országában levő pár megbetegedés egy apró zajként adódott erre. Majd az olaszországi járvány dominálta a számokat. Most USA és Brazilia a dobogós a napi új felderített fertőzöttel. Tegnap (július 3) több mint 50 ezerrel nőtt a fertőzöttek száma az USA-ban, ez több mint ahány fertőzöttje összesen volt több európai országnak együtt. Éppen ezért az egész világra aggregált adatok már semmit nem jelentenek. Országonként kell megnézni, hogy mi történik.


Kontrollált járvány, második hullám vagy még az elsőnek az utóélete?


Osszuk az országokat három csoportba: amelyekben a járvány kontroll alatt van, második hullám van és nem volt kontroll alatt (lényegében az első hullámnál tartanak). Mi például kontroll alatt tartjuk a járványt, nem szökött fel a napi új esetszám.


Napi új esetszám Magyarországon (forrás Worldometers)


Második hullám van több szomszédunknál is, például Horvátországban. Horvátországban egy teljes elfojtást követően durrant be újból a járvány. Május második felében alig volt új fertőzött, de június vége óta emelkednek a számok.


Napi új esetszám Horvátországban (forrás Worldometers)


A nem csillapodás esetére Románia példa. Májusban is napi 200 esetet regisztráltak, ami körülbelül fele-harmada az első hullám csúcsának. Most viszont újból emelkedő esetszámokat jelentenek.


Napi új esetszám Romániában (forrás Worldometers)


A fenti önkényes és kvalitatív felosztást alkalmazom európai országokra.


Ország Járvány alakulása Forrás
Ausztria kontroll alatt
Belgium kontroll alatt
Bulgária emelkedőben
Horvátország második hullám
Ciprus kontroll alatt
Csehország második hullám
Dánia kontroll alatt
Észtország kontroll alatt
Finnország kontroll alatt
Franciaország kontroll alatt
Németország kontroll alatt
Görögország kontroll alatt
Magyarország kontroll alatt
Írország kontroll alatt
Olaszország kontroll alatt
Málta kontroll alatt
Lettország kontroll alatt
Litvánia kontroll alatt
Luxemburg emelkedőben
Hollandia kontroll alatt
Lengyelország kontroll alatt, de nem volt jelentős csúcs korábban sem, napi 200-400 eset
Portugália Alacsony csúcsot követően beállt napi 300-400-ra
Románia nem volt kontroll alatt
Szlovákia emelkedőben, bár alacsony bázisról
Szlovénia emelkedőben
Spanyolország kontroll alatt
Svédország nem volt kontroll alatt
Nagy Britannia csökkenőben az első hullám után
Szerbia második hullám
Ukrajna nem volt kontroll alatt és emelkedik
Norvégia kontroll alatt
Svájc kontroll alatt


A szomszédaink, akiket hozzánk hasonlóan az első hullámnak csak a szele csapott meg, most kezdenek visszaesni. Nem szeretnék riogatni, de a maszkviselést nem viccből tették kötelezővé egyes helyeken, sem a távolságtartásra való felszólítást.

2020. július 2., csütörtök

COIVD-19: Orvosi információt a YouTube-ról? Inkább ne!

Nem csak nekem jutott eszembe a járvány elején a YouTube videók világában megmerítkezni: egy lengyel kutatócsoport március elejéig megjelent, angol nyelvű videókat értékelt, hogy azok orvosilag mennyire releváns információval szolgálnak (Szmuda et al. 2020).


A következő kulcsszavakra kerestek rá “2019 nCoV,”, “SARS CoV-2”, “COVID-19 virus”, “coronavirus treatment”, “coronavirus explained”, “what is the coronavirus” és “coronavirus information”. Csak az első 30 találatot nézték, mert nagyon kevesen görgetnek lejjebb. Továbbá kihagyták az 1 óránál hosszabb videókat és a nem angol nyelvűeket. Végül 137 videót elemeztek.


A videók csekély százalékát készítették orvosok


A videók 48,2%-át hírportálok töltötték fel, 38,7%-át oktatási/tudománynépszerűsítő csatornák, 5,1%-át egészségügyi szervezetek, 5,1%-át kórházak és 2,9%-át orvosok. Nem végeztem az itthoni videókkal kapcsolatban hasonló százalékos elemzést, de az az érzésem, hogy nálunk ennél rosszabb arányok jönnének ki és a hírportálok és YouTube celebek sokkal felülreprezentáltabbak lennének.


A videók tartalmának pontozására egy DISCERN (megkülönböztetni) nevű kérdőívet alkalmaztak. Ennek a lényege, hogy minden olyan ismérven végigmegy, ami egy kellően átfogó, minden oldalt körbejáró és azt hivatkozásokkal ellátó tájékoztatástól elvárhatunk. Eredeti célja, hogy írásos orvosi kezelési alternatívák és más egészséggel kapcsolatos szövegek minőségkontrollját lehessen vele elvégezni.


A videók átlagos minősége: rossz


A legtöbb videó rossz minőségű mint egészségügyi információforrás. Ettől még persze hírforrásként lehet jó, de ezekből nem lehet a saját egészségünkre vonatkozó felelős döntéseket hoznunk. Nem véletlen, hogy "kérdezze meg kezelőorvosát vagy gyógyszerészét"! Bár a pontozásba nem nagyon ment bele a cikk, de pár dolgot említ, amit hiányolt a videókból: radiológiai eredmények, anatómiai ismeretek, diagnózis. Ez volt a három kategória, ami a legkevesebb videóban szerepelt. Bevallom megértem, hogy kevés hírportál gondolt a radiológiai felvételek elemzésének megosztására. A radiológia egy specializált szakma (az egész orvostudomány az, és nem a YouTube-on oktatják), és a "ground-glass opacity"-t nem gondolom, hogy sok kívülálló azonnal kiszúrja egy tüdőfelvételen.


Nem meglepő módon az orvosok videói bizonyultak a legjobbnak, elérve az átlagos közepes minősítést. Ezeket követte az egészségügyi szervezeteké, majd az oktatási csatornák videói, amelyek viszont már a rossz egészségügyi információ minősítést kapták. A majdnem a legrosszabb minősítési kategóriába eső hírportálok nem meglepőek, de hogy ilyen pontot kaptak a kórházak az legalábbis fura.


Az eredmények azért (is) ilyen rosszak, mert nincs gyógymód


Az eredményeket megfelelő óvatossággal kell kezelni. A pontozásba erősen számít, hogy a lehetséges kezelésekről mennyire átfogóan értekezik az adott forrás. Kezelések terén pedig – főleg márciusban – igen rosszul állunk. A betegség megértésének fázisában vagyunk. Kínában még szinte kórházról - kórházra alkalmazhattak más összetételű gyógyszeres kezelést, amelyek vagy segítettek vagy sem (március elejéről beszélünk, mintha egy másik évtizedben lett volna, pedig 4 hónapja volt), viszont ezek a kezelések kalauzolják azóta is a vizsgálatokat.


Vannak jó videók! Péládul a MedCram sorozata


A tanulmány az öt legmagasabb pontszámot elérő videót is listázza. Ebből a top3 kiváló, míg a következők jó minősítést értek el. Ezen videók közül három a MedCram sorozatból van. Ezen csatornán egy Dr. Seheult nevű, intenzív osztályon dolgozó orvos szemezget a COVID-19-es hírek között és magyarázza el a történéseket. Jelenleg (július 2) a 91. koronavírusos videónál tart. Én majdnem az elejétől rendszeres nézője vagyok a csatornának. Mindenkinek csak ajánlani tudom. Alább a cikkben legmagasabb pontszámot elért videó:




Az internet, beleértve a YouTube is lehet információforrás. De nagyon résen kell lenni, és tudni kell elválasztani a jó információt a rossztól. És ez nagyon nehéz. Diagnózist ne állítsunk fel Google keresés alapján, és ne kezdjük el kezelni magunkat a "orvosok eltitkolják" és hasonló felütésű oldalak tartalma alapján. Ne feledjük: Keresse fel kezelőorvosát vagy gyógyszerészét!


Hivatkozott irodalom

Szmuda, T., et al. 2020. YouTube as a source of patient information for Coronavirus Disease (COVID-19): A content-quality and audience engagement analysis. Rev. Med. Virol., e2132. DOI: 10.1002/rmv.2132

2020. június 24., szerda

COVID-19: Mikor találták ki hogy az legyen a neve hogy koronavírus?

Ezt a kérdést kaptam a VIBES YouTube videóm alatt ("régi" videó, még lezárás előtt készült)*. Erre a kérdésre van egy rendszertanász válasz. Bár nem vagyok rendszertanász, de szeretem a témát, és írtam egy picit vírusokról a könyvemben. Szóval hogy lesz elnevezve egy vírus, hogy lesz besorolva egy, ebben az esetben a koronavírusok közé?


Az első megismert koronavírus, bár akkor még nem így hívták, a madár fertőző hörghurut vírus (avian infectious bronchitis virus). A betegséget a 1930-as években írták le, a vírust 1937-ben izolálták (Beaudette & Hudson 1937). 1964-ben már elektormikroszkópos felvétel készült ilyen vírusról (Berry et al. 1964) és 1967-ben embert fertőző hasonló vírusokról is készül kép (Almeida és Tyrrell 1967). Ezek az eredmények, és hasonló viselkedésük okán merült fel, hogy ezen vírusok egy közös csoportba tartoznak.

Az embert fertőző 229E vírustörzs elektromikroszkópos képe Becker et al. 1967-es tanulmányából.


A korona a napkoronára utalás, és nem a királyi fejdíszre


A nevet 1968-ban vetették fel J. D. Almeida; D. M. Berry; C. H. Cunningham; D. Hamre; M. S. Hofstad; L. Mallucci; K. McIntosh; és D. A. J. Tyrrell virológusok (Nature 1968). Több vírus hasonlóan néz ki, hasonló méretű, RNS örökítőanyaggal rendelkeznek, van lipidburkuk és a sejtplazmában sokszorozódnak. Ilyen volt az akkor már ismert 229E emberi koronavírus (HCoV-229E) és a szintén embert fertőző B814-es vírustörzs (amiről nem tudjuk, hogy melyik ma ismert vírusnak felel meg, mert nem maradt belőle minta), az egér hepatitis vírus és az elsőnek leírt madár fertőző hörghurut vírus. Az ajánlás szerint az elektromikroszkópos kép alapján a vírusrészecskét a napkoronához hasonlónak találták, így egységesen a koronavírus nevet ajánlották a csoport elnevezésére. Akkor ez egy vírusnemzettséget jelentett.


A koronavírus elnevezés 1968-ból származik


A szabályok szerint a Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottságnak (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) kellett benyújtani ezt az ajánlást, ami 1975-ben vált az elfogadott nevezéktan részévé. Ekkor már az aktuális vírusrendszertan könyv (Peter Wildy 1971 Classification and Nomenclature of Viruses, 1st Report of the International Committee on Nomenclature of Viruses. Karger, Basel) így tartalmazza a csoport nevét, és az ICTV döntése is erre hivatkozik. A rendszertanban bevett, hogy bizottságok döntenek az elismert nevekről.


Coronaviridae család és Nidovirales rend


A linnéi rendszertanban a fajok nemzetségekbe (állatok esetén nemekbe), azok családokba, rendekbe és osztályokba sorolhatóak. Az élővilág rendszerezésénél jelenleg a vezérfonál az evolúciós leszármazás bemutatása. Vírusoknál viszont ilyen evolúciós kapcsolatokat nehéz bemutatni, mert igen gyorsan változnak, így hasonlóságaik elvesznek. A vírusok besorolása egyrészt az úgynevezett Baltimore osztályozáson alapult (Baltimore 1971), ami az örökítő anyag milyensége és az mRNS-hez vezető út alapján 7 csoportba sorolja a vírusokat. A koronavírusok az egyszálú + RNS vírusok körébe tartoznak. Ez azt jelenti, hogy örökítőanyaguk RNS, amely mRNS-ként funkcionálhat, azaz "értelmes" (+).**


Ezen fenotipikus osztályzáson kívül, ami nem jelent közös evolúció múltat, a vírusokat alapvetően családokba és nemzettségekbe osztották. Az 1975-ös ICTV döntés értelmében (Fenner 1976) a koronavírusok a Coronaviridae családba tartoztak. Akkor egyedüli nemzetségként a Coronavirus nemzetséget ismerték el. Később több nemzetségre osztották ezt (jelenleg 5 nemzetsége van) és 1996-tól bekerült a Nidovirales rendbe. A vírusokat ritkán osztották rendbe, csak, ha találtak a családok között valami hasonlóságot. A Nidovirales rendbe tartozó vírusok genetikai anyagában a 5' vég után mindig a replikáz enzimet kódoló régió jön, majd szerkezeti fehérjék és ezt követően egyéb segítő fehérjéket kódoló régiók jönnek. Ez az igen konzervált genomszerkezet alapján feltételezhető a közös eredet és így jogos az egy rendbe sorolás. Mára (2018-ban) a vírusrendszertan megirigyelte az élőlények rendszerének számos szintjét és bevezetett mindenféle szinteket (szerintem meggondolatlanul). Erről majd egy másik bejegyzésben írok.


A vírusok elnevezése nem követi a kettős elnevezést


A vírusok tudományos elnevezése nem követi a kettős elnevezést, ami a nemzettség- (genus) és a fajnévből (species) áll. Így az ember latin neve Homo sapiens, ahol a Homo a genus (állatoknál nem, csak azért, hogy bonyolult legyen), a sapiens pedig a fajt jelöli. A vírusoknak nincs ilyen nevük. Az első felfedezett vírus a dohánymozaikvirus, aminek a tudományos neve egyszerűen az angol neve "Tobacco mosaic virus". A vírusok neve ma is alapvetően arra a betegségre utal, amit okoznak.


A COVID-19 betegséget okozó vírus hivatalos neve: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus


Az ICTV nem volt túlságosan fantáziadús az elnevezésnél (Gorbalenya et al. 2020): a fenti név fordításban Súlyos akut légúti szindrómával rokon koronavírust jelent, ami annyit tesz, hogy a vírus hasonló a 2002/03-ban járványt okozó SARS vírushoz (de az nem a legközelebbi rokona). A vírust a járvány elején 2019-nCOV-ként azaz 2019-es új koronavírusként nevezték, bár voltak, akik egyszerűen Vuhan vírusként emlegették (én is). Az ICTV mindenképpen el akarta kerülni a "kínai vírus" és az ezzel majdnem egyenértékű "Vuhan vírus" neveket. Ez egyszerűen politika. Van rá példa, hogy egy vírust földrajzi helyről neveznek el, például a Zika-vírus egy ugandai erdőről kapta a nevét. A SARS-CoV-2 viszont lássuk be fantáziátlan név és nagyon összekeverhető a SARS-al (SARS-CoV). Egy csapat kínai virológus például a HCoV-19 (Human coronavirus 2019) nevet javasolta (Jiang et al. 2020). De most már marad, amit kapott.


Szóval ez a "koronavírus" elnevezésének rövid története. Bár a média egyszerűen csak koronavírusként emlegeti, ez majdnem olyan, mintha az ember "valami főemlős" (emberszabású) címkével illetnénk. Olyan szempontból félrevezető, hogy négy embert is fertőző koronavírus szezonális náthát okoz, azaz sokunknak volt már koronavírus fertőzése, csak nem a SARS-COV-2-vel fertőződtünk.




* A kérdés nem csak az internet népét érdekelheti, mert bár ez a wikin is szerepel, de külön közlemény is van, ami a név eredetét felfedi (Henry 2020).
** Negatív értelmű (-) egyszálú vírusok esetében a vírus örökítőanyagát előbb másolni kell, és az így keletkezett komplementer szál működhet mRNS-ként.

Hivatkozott irodalom




2020. június 20., szombat

Hihetetlenül felgyorsult a publikációs idő a járvánnyal kapcsolatos cikkeknél

A 2020-as év első 2,5 hónapjában, azaz január 1 és március 19 között megjelent, a COVID-19 járvánnyal vagy a SARS-CoV-2 vírussal kapcsolatos cikkek a benyújtás követő 9 nappal megjelentek (medián). A kutatási cikkeknél ez kicsit hosszabb volt (11 nap), az összefoglalóknál 13 nap, esettanulmányoknál 9 nap, és 7 nap minden más cikktípusnál (megjegyzés, perspektíva, vélemény, hírek, szerkesztői bevezető, stb.).


Ebből az időszakból 833 publikációt azonosítottam és dolgoztam fel. Ezekből 62 darab áttekintés/összefoglalás (7,4%), 136 kutatási eredmény (16,3%), 126 esetleírás (15,1%) és 509 egyéb típus (61.2%) (szerkesztői írás, hír, kitekintés, nézőpont, megjegyzés, vélemény, stb.). Az összes cikk medián elfogadási ideje 3 nap volt, a kutatási és összefoglaló cikkeknél 6 nap, esetleírásoknál 4 nap, egyéb cikkeknél 2 nap. Az írások tényleges megjelenéséhez további 4 napra volt szükség (kutatási eredményeknél 3,5 nap, esetleírásoknál 5 nap, összefoglalóknál 6 nap és egyéb cikkeknél 4 nap). Elmondható, hogy a publikációs sebesség a tízszeresésre nőtt a járvány elején a releváns cikkekre.


Ezek a száraz eredmények, itt most inkább a cikk történetéről írnék. Mert a tanulmányoknak van története is, de ezek nem jelennek meg a végleges formában, és általában ismeretlenek maradnak. Szóval ez egy a szokásos tématerületemen kívül eső tanulmány története:


Jogosan kérdezhetitek, hogy egy biológus miért ír publikálásról? Erre többféle válasz lehet, némelyik személyesebb, mások tudományosabban hangzanak.


Az írás egyfajta terápia is


Blogot is azért ír az ember, mert valamit ki akar írni magából. Az én szintemen ez nem pénzkeresés (ahhoz keveset írok és kevesen olvassák), csak egyfajta szellemi és lelki megnyugvás, hogy megoszthatom gondolataimat másokkal. Már január óta figyelemmel követem a járvány kiteljesedését és a tanulmányokat, amelyek kijönnek vele kapcsolatban. Némelyikről írtam is a blogomon, később a Qubiten is. Szóval kezdett némi olvasottságom lenni a témáról.


Aztán jött a karantén és az azzal járó mentális terheltség. Egyik napról a másikra itthon ragadtunk. Ha csak nekem kellett volna itthon lenni, és nem lett volna egyetemi oktatás, akkor ezt az időt nyugodt kutatással tölthettem volna. Az online oktatásról majd máskor (borzalmas), és ugye ott volt még az otthoni tanulás a gyerekeknél (amit átvett a nejem, mert én kb. egy hét után bedobtam a törölközőt, hogy ennek így nincs értelme a másodikos fiamnál). Ehhez adódott, hogy a munkahelyem megtiltotta, hogy a járványról engedély nélkül nyilatkozzunk és ha lehet inkább ne is nyilatkozzunk róla.


Szóval ott álltam sok cikk elolvasásával, amelyekről nem írhattam a nagyközönségnek, de tudományos tanulmányt mindig írhatok. Szóval tudományba kell csatornáznom az energiáimat.


Egy másik kutatásom rávilágított, hogy fontosak a publikálási idők

 
Az ősszel cikkeket gyűjtöttem emberi együttműködésről. Azok eredményeit szeretném összevetni gazdasági mutatókkal, de természetesen azon évből, amikor a kísérletet végezték. Viszont főleg a korábbi cikkek nem írják le, hogy mikor voltak a kísérletek. Egyedüli információ a cikk megjelenése és egyes esetekben az írásmű benyújtásának időpontja. A kísérlet biztosan ez előtt volt kivitelezve. Az ismert kísérleti és publikálási időkből próbáltuk becsülni, hogy a nem ismertek mikor voltak. Szóval az ősszel kénytelen voltam ilyen adatokat nézegetni.


Gondolkozz a dobozon kívül!


A fentebb említett őszi kutatást a Kőszegi Felsőbbfokú Tanulmányok Intézetében végeztem, amely intézet mottója, hogy gondolkozz a dobozon kívül (Think outside of the box!). Ez nagyjából azt jelenti, hogy a megoldás nem mindig azon kereteken belül van, amelyeket megszoktunk. Az én dobozom az evolúcióbiológia, elméleti biológia. Ezen gondolatvilágon belül a SARS-CoV-2-ről szekvenciaelemzést vagy esetleg valami járványtani modellt írhattam volna. De ezeket azok a csoportok, amelyek napi szinten ilyennel foglalkoznak gyorsabban tették meg és már márciusban is tömegével jelentek meg elméleti cikkek. Ez az út nem volt járható (bár dolgozunk egyfajta járványtani - evolúciós modellen olyanokkal, akik a számolás részében nagyon jók). És így jött az ötlet, hogy a publikációs viselkedésről írhatnék. Arról, hogy a publikáció volumene jelentősen megnőtt már voltak hírek, de a sebességéről még nem. Illetve mivel írtam már egy cikket publikációs kérdésekről (etikaiakról) így legalább tudtam merre fele kell olvasgatnom.


A "Big data" korát éljük


Olyan világban élünk, amelyben több az adat, mint amennyit fel tudunk dolgozni, meg tudunk érteni. Adat van, értelmeznünk kell őket. A cikkek beküldésének, elfogadásának és megjelenésének dátuma is ilyen adat. Az elméleti biológia, különösen a bioinformatika foglalkozik a nagy adatmennyiség feldolgozásával és elemzésével. Ilyen tekintetben ez a kutatás "testhezálló" volt számomra.


A publikációs folyamat most is pozitív élmény volt


Az adatok feldolgozásába március 4-én vágtam bele, a cikket április 8-án nyújtottam be, azaz kicsit több, mint egy hónap alatt kész volt az elemzés és a cikk megírása. Ez a legrövidebb tanulmány a részemről, pláne úgy, hogy teljesen egyedül végeztem.


A bírálási folyamat meglelően hosszú volt. Lényegében egy hónap múlva kaptam vissza a kéziratot bírálatokkal. Ez most lényegesen hosszabb, mint más járvánnyal kapcsolatos cikkeknél, de így is gyorsabb volt az átlagos időkhöz képest.


A bírálatok alapvetően pozitívak voltak, nem az alap adatokat és az elemzést kifogásolták, hanem annak prezentálását. Elsőre lényegesen bulvárosabbra fogtam a stílust, ami nem nyerte el a tetszésüket. Illetve kiegészítő adatokat kértek, amelyeket, ha megtaláltam boldogan beleírtam a cikkbe. Persze majdnem minden változtatáson képes az ember egy kicsit morogni. A helyesírási és nyelvtani hibák javításáért persze nem, sajnos az is maradt benne az első benyújtáskor. De vannak változtatások, amelyektől jobb lesz a cikk: jobban olvasható vagy teljesebb képet nyújt.


Bevallom ezen cikkel kapcsolatban legszívesebben kihagytam volna a megbeszélést. Tudományos közleményekben a bevezetés felveti a problémát és elhelyezi az eddigi ismeretekben. A módszer leírja, hogy mit csinált a szerző, míg az eredmények az elemzés kimenetelét mutatják be. Az újdonság lényegében idáig tart. A megbeszélés egy nehezebben megfogható rész. Ez hivatott bemutatni, hogy mit is jelent az új eredmény. Itt el lehet vetni a sulykot, és végül egy igen egyszerű elemzés végén beírni, hogy megoldottuk a világbékét IS. Illetve lehet az embernek olyan véleménye az eredmények kapcsán, amelyek nem következnek az adatokból, de azok utalnak rá.


Problémásan gyors lett a bírálati fázis


Egy tanulmány benyújtását követően a szerkesztőnek találnia kell 2-3 szakértőt, akik véleményt nyilvánítanak a tanulmányról. Néha ez is kihívás, volt olyan cikkünk, ami hónapokat állt, mert nem találtak senkit, akit elbírálná (szerintem a szerkesztő nagyon a témán kívül volt és nem ismert megfelelő embereket, akiket felkérhetett volna). A szakértőknek bár nem kell sok idő – nekem olyan 4–6 óra – egy bírálatra, de ezt valahogy bele kell illeszteni az amúgy is túlzsúfolt életünkbe (nekem most 2-3 bírálatot kéne elvégeznem a következő hetekben). Ez a része hosszú a folyamatnak, de ha értelmes bírálatot akarunk, akkor nem szabad siettetni. A siettetett bírálatok zöme egyszerűen elutasító, az a biztonságos, azért még nem hurcoltak meg senkit. Ezt követően vagy kell módosítani a szövegen, ami idő és utána újra ellenőriztetni kell a szakértőkkel vagy – jó esetben – elfogadott állapotba kerül a cikk. Az elfogadást követően jön az újság feladata, hogy a szöveget tördelje, felrakja a honlapra, stb. Ez technikai jellegű munka, elvileg akár gyors is lehet, illetve gyorsítható, hogy előbb lényegében formázatlan szöveg kerül fel, majd később a véglegesen betördelt. Az tehát, hogy ez a technikai idő lerövidült, nem meglepő és jó is lenne, pláne, amikor az információra azonnal szüksége van az orvosoknak, járványtanászoknak, döntéshozóknak.


Viszont a gyors bírálás, az esetleges negatív bírálatok kevéssé komolyan vétele, a cikkek gyors kiszórása okozhat olyan anomáliákat, hogy alapvetően rossz eredmények jelennek meg (ez különben is megtörténhet, de így még gyakoribb). Viszont nem bizonyítható, hogy bárki részéről direkt siettetés történt, vagy azért gyorsítanak be az újságok, hogy felüljenek a COVID-19 vonatra, ami most – a médiához hasonlóan – a tudományban is viszi a prímet. Valami ilyesmit írtam bele a következtetésekbe, ami még mindig benne van, bár igen óvatosan. Ami tény, hogy gyorsabb lett a bírálat. Hogy ez azért, mert a bírálók és a szerkesztők is tudják, hogy ezen emberélet múlhat vagy azért, mert ez jó az újságnak, azt nem lehet tudni. Lehet mindkettő, lehet cikkenként, újságonként és szerkesztőként eltérő a válasz. Véleményem van, de most akár magamba is tartottam volna.

A cikk pedig itt érhető el:

Kun, Á. 2020. Time to acceptance of 3 days for papers about COVID-19. Publications 8:30.

2020. március 18., szerda

A mindefélét összeesznek és az új fertőzések

Mostanság sokan beszélnek arról, hogy ha a világ különböző tájain nem ennének össze-vissza mindent, akkor ezt az egész koronavírus ügyet megúszhattuk volna. És jön az európai felsőbbrendűség, hogy bezzeg nálunk ilyen nem fordulhat elő, hiszen mi nem eszünk tobzoskát vagy denevért.



Én most – sok kutató társamhoz hasonlóan gondolom – a megszokotthoz képest több vírusokról és járványokról szóló cikket olvasok. Kezembe került egy a MERS-ről (Killerby et al. 2020). Ez a Közel-Keleti Légzőszervi Szindróma koronavírus által okozott betegség. Ez a hatodik ismert embert fertőző koronavírus (a hetedik tombol éppen Európában). 2012-ben Szaúd-Arábiában ütötte fel a fejét, >2400 fertőzöttet ismerünk, akik közül >850 meghalt (a halálozási rátája így 35% körüli). Ezen betegség kapcsán is felmerült a denevérek szerepe, de a közvetlen gazda az egypúpú teve (Camelus dromedarius). Egyes vidékeken a tevék igen jelentős részében megtalálható lehet a vírus (Reusken et al. 2013).


Hogyan került a MERS vírus állatról emberre?


A kézenfekvő magyarázat az lenne, hogy az emberek mindenfélét összeesznek, beleértve a tevét is. Igen, ahol tartanak tevét ott néha eszik is. Mi is eszünk lóhúst. Amúgy nem jellemző a tevehús evés, de tobzoska zabálás sem (az átlag kínai rizst eszik, és a pacalpörkölt hazájában a furcsaságért nem kell a szomszédba menni). A tevék vérében nem mutatható ki a vírus, a húsevésen keresztüli fertőződést nem valószínűsítik. A tevetejben elvileg megmaradhat a vírus (de az nem teljesen tisztázott, hogy oda hogyan kerülhet), de a felforralást nem bírja ki. A járványos MERS megbetegedésekben a tejivást sem találták kiváltó körülménynek. Az adott koronavírus a tevékben is légúti betegséget okoz, a takonyban, nyálban, garatváladékban a vírus kimutatható. Azaz a ritka (!) emberre való átkerülés mögött cseppfertőzés állhat. Az állatokat el kell látni, a gondozók közel vannak az állatokhoz, főleg, ha azok betegek (a jószág érték). Nem kell véres mészárszékeket, különleges állatok habzsolását vizionálni egy emberre való átfertőzés hátterében!

A MERS fertőzés továbbadásának lehetőségei. A folytonos nyilak a jellemző átadási formák.



Sok betegségünk mögött a háziállataink állnak


Az emberi történelem betegségei mögött nem kell mindig különleges állatokat (cibetmacskát, tobzoskát, majomagyat, kígyókat, stb.) képzelni. A kanyarót szarvasmarháktól kaphattuk el (oltás van ellene) ugyanúgy mint a TBC-t, a fekete himlőt rágcsálóktól, a szamárköhögést valami emlőstől, mumpszot akár disznótól (Wolfe et al. 2007). Ezek azok az élőlények, amelyekkel Eurázsiában igen közeli kapcsolatban élünk már több ezer éve.


Kaphatunk el betegséget a kedvenceinktől is, például macskakarmolásos lázat macskáktól, leptoszpirózis kutyától, ornitózis szárnyasoktól (papagájtól és galambtól is). Igaz, ezek egyelőre emberről, emberre nem terjednek.


Itt Európában biztos nem ugorhat át valami emberre?

Koronavírusos megbetegedés például kutyákból (wiki) és macskákból (wiki) is ismert, de van a disznóknak is sajátjuk. És mostanság a háziállatokat túlságosan is családtagnak tekintik egyesek. Nem tudom mekkora veszélyt jelent ez. De amikor túl egyszerűen a távoli kultúrák fura étkezési szokásaira kenjük bajainkat, gondolkodjunk el saját szokásainkon is.


 Hivatkozott irodalom